data_6FM4 # _model_server_result.job_id vcQBXL4QvGYlxcyfLPBYIA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 15:16:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6fm4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1501}' # _entry.id 6FM4 # _exptl.entry_id 6FM4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6FM4 _cell.length_a 92.951 _cell.length_b 92.951 _cell.length_c 407.03 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6FM4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 D P DG 1 F DG 2 1_555 J O3' 5UA . F 5UA 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.418 ? metalc ? metalc1 A O TYR 523 B TYR 1322 1_555 E MN MN . B MN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc2 C O3' DG 7 E DG 8 1_555 F MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc3 C P DG 8 E DG 9 1_555 F MN MN . E MN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc4 D O3' DG 7 F DG 8 1_555 I MN MN . F MN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc5 D OP1 DG 8 F DG 9 1_555 I MN MN . F MN 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.892 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 1 E DG 2 1_555 D N3 DC 18 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 1 E DG 2 1_555 D O2 DC 18 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 1 E DG 2 1_555 D N4 DC 18 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DC 2 E DC 3 1_555 D N1 DG 17 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N4 DC 2 E DC 3 1_555 D O6 DG 17 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C O2 DC 2 E DC 3 1_555 D N2 DG 17 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N3 DC 3 E DC 4 1_555 D N1 DG 16 F DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N4 DC 3 E DC 4 1_555 D O6 DG 16 F DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O2 DC 3 E DC 4 1_555 D N2 DG 16 F DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N1 DG 4 E DG 5 1_555 D N3 DC 15 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N2 DG 4 E DG 5 1_555 D O2 DC 15 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O6 DG 4 E DG 5 1_555 D N4 DC 15 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N3 DT 5 E DT 6 1_555 D N1 DA 14 F DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O4 DT 5 E DT 6 1_555 D N6 DA 14 F DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N1 DA 6 E DA 7 1_555 D N3 DT 13 F DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C N6 DA 6 E DA 7 1_555 D O4 DT 13 F DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N1 DG 7 E DG 8 1_555 D N3 DC 12 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N2 DG 7 E DG 8 1_555 D O2 DC 12 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O6 DG 7 E DG 8 1_555 D N4 DC 12 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N1 DG 8 E DG 9 1_555 D N3 DC 11 F DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N2 DG 8 E DG 9 1_555 D O2 DC 11 F DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C O6 DG 8 E DG 9 1_555 D N4 DC 11 F DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N1 DG 9 E DG 10 1_555 D N3 DC 10 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N2 DG 9 E DG 10 1_555 D O2 DC 10 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C O6 DG 9 E DG 10 1_555 D N4 DC 10 F DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N3 DC 10 E DC 11 1_555 D N1 DG 9 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N4 DC 10 E DC 11 1_555 D O6 DG 9 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C O2 DC 10 E DC 11 1_555 D N2 DG 9 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N3 DC 11 E DC 12 1_555 D N1 DG 8 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N4 DC 11 E DC 12 1_555 D O6 DG 8 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O2 DC 11 E DC 12 1_555 D N2 DG 8 F DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N3 DC 12 E DC 13 1_555 D N1 DG 7 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N4 DC 12 E DC 13 1_555 D O6 DG 7 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O2 DC 12 E DC 13 1_555 D N2 DG 7 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N3 DT 13 E DT 14 1_555 D N1 DA 6 F DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C O4 DT 13 E DT 14 1_555 D N6 DA 6 F DA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N1 DA 14 E DA 15 1_555 D N3 DT 5 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C N6 DA 14 E DA 15 1_555 D O4 DT 5 F DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N3 DC 15 E DC 16 1_555 D N1 DG 4 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N4 DC 15 E DC 16 1_555 D O6 DG 4 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O2 DC 15 E DC 16 1_555 D N2 DG 4 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C N1 DG 16 E DG 17 1_555 D N3 DC 3 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 C N2 DG 16 E DG 17 1_555 D O2 DC 3 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C O6 DG 16 E DG 17 1_555 D N4 DC 3 F DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N1 DG 17 E DG 18 1_555 D N3 DC 2 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C N2 DG 17 E DG 18 1_555 D O2 DC 2 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C O6 DG 17 E DG 18 1_555 D N4 DC 2 F DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C N3 DC 18 E DC 19 1_555 D N1 DG 1 F DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N4 DC 18 E DC 19 1_555 D O6 DG 1 F DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C O2 DC 18 E DC 19 1_555 D N2 DG 1 F DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6FM4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010758 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006211 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012423 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002457 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 MN B 1 1501 2492 MN MN . F 4 MN E 1 101 2493 MN MN . G 5 5UA E 1 102 1 5UA 5UA . H 6 DU5 E 1 103 1 DU5 DRG . I 4 MN F 1 1501 2491 MN MN . J 5 5UA F 1 1502 1 5UA 5UA . K 7 HOH B 1 1601 176 HOH HOH . K 7 HOH B 2 1602 17 HOH HOH . K 7 HOH B 3 1603 304 HOH HOH . K 7 HOH B 4 1604 315 HOH HOH . K 7 HOH B 5 1605 1 HOH HOH . K 7 HOH B 6 1606 309 HOH HOH . K 7 HOH B 7 1607 3 HOH HOH . K 7 HOH B 8 1608 26 HOH HOH . K 7 HOH B 9 1609 85 HOH HOH . K 7 HOH B 10 1610 268 HOH HOH . K 7 HOH B 11 1611 6 HOH HOH . K 7 HOH B 12 1612 427 HOH HOH . K 7 HOH B 13 1613 22 HOH HOH . K 7 HOH B 14 1614 491 HOH HOH . K 7 HOH B 15 1615 57 HOH HOH . K 7 HOH B 16 1616 11 HOH HOH . K 7 HOH B 17 1617 248 HOH HOH . K 7 HOH B 18 1618 9 HOH HOH . K 7 HOH B 19 1619 498 HOH HOH . K 7 HOH B 20 1620 499 HOH HOH . K 7 HOH B 21 1621 487 HOH HOH . L 7 HOH D 1 1601 2 HOH HOH . L 7 HOH D 2 1602 237 HOH HOH . L 7 HOH D 3 1603 106 HOH HOH . L 7 HOH D 4 1604 504 HOH HOH . L 7 HOH D 5 1605 495 HOH HOH . L 7 HOH D 6 1606 68 HOH HOH . L 7 HOH D 7 1607 27 HOH HOH . L 7 HOH D 8 1608 41 HOH HOH . L 7 HOH D 9 1609 46 HOH HOH . L 7 HOH D 10 1610 23 HOH HOH . L 7 HOH D 11 1611 13 HOH HOH . L 7 HOH D 12 1612 4 HOH HOH . L 7 HOH D 13 1613 502 HOH HOH . L 7 HOH D 14 1614 14 HOH HOH . L 7 HOH D 15 1615 392 HOH HOH . L 7 HOH D 16 1616 51 HOH HOH . L 7 HOH D 17 1617 42 HOH HOH . L 7 HOH D 18 1618 359 HOH HOH . L 7 HOH D 19 1619 249 HOH HOH . L 7 HOH D 20 1620 28 HOH HOH . L 7 HOH D 21 1621 439 HOH HOH . L 7 HOH D 22 1622 500 HOH HOH . L 7 HOH D 23 1623 441 HOH HOH . L 7 HOH D 24 1624 338 HOH HOH . L 7 HOH D 25 1625 10 HOH HOH . L 7 HOH D 26 1626 493 HOH HOH . L 7 HOH D 27 1627 303 HOH HOH . L 7 HOH D 28 1628 488 HOH HOH . L 7 HOH D 29 1629 291 HOH HOH . L 7 HOH D 30 1630 503 HOH HOH . L 7 HOH D 31 1631 48 HOH HOH . L 7 HOH D 32 1632 282 HOH HOH . L 7 HOH D 33 1633 474 HOH HOH . L 7 HOH D 34 1634 501 HOH HOH . L 7 HOH D 35 1635 496 HOH HOH . L 7 HOH D 36 1636 276 HOH HOH . L 7 HOH D 37 1637 492 HOH HOH . M 7 HOH E 1 201 21 HOH HOH . M 7 HOH E 2 202 5 HOH HOH . M 7 HOH E 3 203 7 HOH HOH . N 7 HOH F 1 1601 12 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -67.618 _atom_site.Cartn_y -6.615 _atom_site.Cartn_z 39.967 _atom_site.occupancy 0 _atom_site.B_iso_or_equiv 53.29 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 1501 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 26 _model_server_stats.query_time_ms 275 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #