data_6FMS # _model_server_result.job_id 8pObSeXvaGHZ58jndNkECA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 12:12:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6fms # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":201}' # _entry.id 6FMS # _exptl.entry_id 6FMS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 356.54 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate' _entity.pdbx_number_of_molecules 22 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.08 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6FMS _cell.length_a 112.75 _cell.length_b 110.13 _cell.length_c 85.99 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6FMS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,I,J,K,L,M,AA,EA 1 1 B,F,N,O,P,Q,R,S,BA 2 1 C,G,T,U,V,W,X,CA,FA 3 1 D,H,Y,Z,DA,GA,HA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C SER 54 A SER 35 1_555 A N MSE 55 A MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale2 A C MSE 55 A MSE 36 1_555 A N TYR 56 A TYR 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale3 A C ARG 135 A ARG 116 1_555 A N MSE 136 A MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale4 A C MSE 136 A MSE 117 1_555 A N VAL 137 A VAL 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale5 A C VAL 170 A VAL 151 1_555 A N MSE 171 A MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale6 A C MSE 171 A MSE 152 1_555 A N LEU 172 A LEU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale7 A C ASP 175 A ASP 156 1_555 A N MSE 176 A MSE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 A C MSE 176 A MSE 157 1_555 A N PHE 177 A PHE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale9 B C SER 54 B SER 35 1_555 B N MSE 55 B MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 B C MSE 55 B MSE 36 1_555 B N TYR 56 B TYR 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale11 B C ARG 135 B ARG 116 1_555 B N MSE 136 B MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale12 B C MSE 136 B MSE 117 1_555 B N VAL 137 B VAL 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale13 B C VAL 170 B VAL 151 1_555 B N MSE 171 B MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale14 B C MSE 171 B MSE 152 1_555 B N LEU 172 B LEU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale15 B C ASP 175 B ASP 156 1_555 B N MSE 176 B MSE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale16 B C MSE 176 B MSE 157 1_555 B N PHE 177 B PHE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale17 C C SER 54 C SER 35 1_555 C N MSE 55 C MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale18 C C MSE 55 C MSE 36 1_555 C N TYR 56 C TYR 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale19 C C ARG 135 C ARG 116 1_555 C N MSE 136 C MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale20 C C MSE 136 C MSE 117 1_555 C N VAL 137 C VAL 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale21 C C VAL 170 C VAL 151 1_555 C N MSE 171 C MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale22 C C MSE 171 C MSE 152 1_555 C N LEU 172 C LEU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale23 C C ASP 175 C ASP 156 1_555 C N MSE 176 C MSE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale24 C C MSE 176 C MSE 157 1_555 C N PHE 177 C PHE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale25 D C SER 54 D SER 35 1_555 D N MSE 55 D MSE 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale26 D C MSE 55 D MSE 36 1_555 D N TYR 56 D TYR 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale27 D C ARG 135 D ARG 116 1_555 D N MSE 136 D MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale28 D C MSE 136 D MSE 117 1_555 D N VAL 137 D VAL 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale29 D C VAL 170 D VAL 151 1_555 D N MSE 171 D MSE 152 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale30 D C MSE 171 D MSE 152 1_555 D N LEU 172 D LEU 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale31 D C ASP 175 D ASP 156 1_555 D N MSE 176 D MSE 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale32 D C MSE 176 D MSE 157 1_555 D N PHE 177 D PHE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale33 E C MLE 1 E MLE 201 1_555 E N IIL 2 E IIL 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale34 E N MLE 1 E MLE 201 1_555 E C 5BV 5 E 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale35 E C IIL 2 E IIL 202 1_555 E N SER 3 E SER 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale36 E C SER 3 E SER 203 1_555 E N ALO 4 E ALO 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale37 E C ALO 4 E ALO 204 1_555 E N 5BV 5 E 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale38 F C MLE 1 F MLE 201 1_555 F N IIL 2 F IIL 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale39 F N MLE 1 F MLE 201 1_555 F C 5BV 5 F 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale40 F C IIL 2 F IIL 202 1_555 F N SER 3 F SER 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale41 F C SER 3 F SER 203 1_555 F N ALO 4 F ALO 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale42 F C ALO 4 F ALO 204 1_555 F N 5BV 5 F 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale43 G C MLE 1 G MLE 201 1_555 G N IIL 2 G IIL 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale44 G N MLE 1 G MLE 201 1_555 G C 5BV 5 G 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale45 G C IIL 2 G IIL 202 1_555 G N SER 3 G SER 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale46 G C SER 3 G SER 203 1_555 G N ALO 4 G ALO 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale47 G C ALO 4 G ALO 204 1_555 G N 5BV 5 G 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale48 H C MLE 1 H MLE 201 1_555 H N IIL 2 H IIL 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale49 H N MLE 1 H MLE 201 1_555 H C 5BV 5 H 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale50 H C IIL 2 H IIL 202 1_555 H N SER 3 H SER 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale51 H C SER 3 H SER 203 1_555 H N ALO 4 H ALO 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale52 H C ALO 4 H ALO 204 1_555 H N 5BV 5 H 5BV 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? # _chem_comp.formula 'C21 H40 O4' _chem_comp.formula_weight 356.54 _chem_comp.id OLC _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 1-Oleoyl-R-glycerol # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C18 C17 OLC sing 324 n n C10 C9 OLC doub 325 n n C10 C11 OLC sing 326 n n C9 C8 OLC sing 327 n n C17 C16 OLC sing 328 z n C11 C12 OLC sing 329 n n C8 C7 OLC sing 330 n n C24 C22 OLC sing 331 n n C24 O25 OLC sing 332 n n C16 C15 OLC sing 333 n n C12 C13 OLC sing 334 n n C7 C6 OLC sing 335 n n C15 C14 OLC sing 336 n n C13 C14 OLC sing 337 n n C6 C5 OLC sing 338 n n C5 C4 OLC sing 339 n n C4 C3 OLC sing 340 n n C3 C2 OLC sing 341 n n C2 C1 OLC sing 342 n n C21 C22 OLC sing 343 n n C21 O20 OLC sing 344 n n C1 O19 OLC doub 345 n n C1 O20 OLC sing 346 n n C22 O23 OLC sing 347 n n C18 H18 OLC sing 348 n n C18 H18A OLC sing 349 n n C18 H18B OLC sing 350 n n C10 H10 OLC sing 351 n n C9 H9 OLC sing 352 n n C17 H17 OLC sing 353 n n C17 H17A OLC sing 354 n n C11 H11 OLC sing 355 n n C11 H11A OLC sing 356 n n C8 H8 OLC sing 357 n n C8 H8A OLC sing 358 n n C24 H24 OLC sing 359 n n C24 H24A OLC sing 360 n n C16 H16 OLC sing 361 n n C16 H16A OLC sing 362 n n C12 H12 OLC sing 363 n n C12 H12A OLC sing 364 n n C7 H7 OLC sing 365 n n C7 H7A OLC sing 366 n n C15 H15 OLC sing 367 n n C15 H15A OLC sing 368 n n C13 H13 OLC sing 369 n n C13 H13A OLC sing 370 n n C6 H6 OLC sing 371 n n C6 H6A OLC sing 372 n n C14 H14 OLC sing 373 n n C14 H14A OLC sing 374 n n C5 H5 OLC sing 375 n n C5 H5A OLC sing 376 n n C4 H4 OLC sing 377 n n C4 H4A OLC sing 378 n n C3 H3 OLC sing 379 n n C3 H3A OLC sing 380 n n C2 H2 OLC sing 381 n n C2 H2A OLC sing 382 n n C21 H21 OLC sing 383 n n C21 H21A OLC sing 384 n n C22 H22 OLC sing 385 n n O25 HO25 OLC sing 386 n n O23 HO23 OLC sing 387 n n # _atom_sites.entry_id 6FMS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008869 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001102 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00908 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011719 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 OLC A 1 201 5 OLC OLC . J 3 OLC A 1 202 6 OLC OLC . K 3 OLC A 1 203 7 OLC OLC . L 3 OLC A 1 204 8 OLC OLC . M 3 OLC A 1 205 9 OLC OLC . N 3 OLC B 1 201 10 OLC OLC . O 3 OLC B 1 202 12 OLC OLC . P 3 OLC B 1 203 13 OLC OLC . Q 3 OLC B 1 204 14 OLC OLC . R 3 OLC B 1 205 15 OLC OLC . S 3 OLC B 1 206 23 OLC OLC . T 3 OLC C 1 201 4 OLC OLC . U 3 OLC C 1 202 17 OLC OLC . V 3 OLC C 1 203 18 OLC OLC . W 3 OLC C 1 204 19 OLC OLC . X 3 OLC C 1 205 20 OLC OLC . Y 3 OLC D 1 201 21 OLC OLC . Z 3 OLC D 1 202 22 OLC OLC . AA 3 OLC E 1 301 1 OLC OLC . BA 3 OLC F 1 301 2 OLC OLC . CA 3 OLC G 1 301 16 OLC OLC . DA 3 OLC H 1 301 3 OLC OLC . EA 4 HOH A 1 301 28 HOH HOH . EA 4 HOH A 2 302 4 HOH HOH . EA 4 HOH A 3 303 17 HOH HOH . EA 4 HOH A 4 304 22 HOH HOH . FA 4 HOH C 1 301 11 HOH HOH . GA 4 HOH D 1 301 1 HOH HOH . GA 4 HOH D 2 302 16 HOH HOH . GA 4 HOH D 3 303 15 HOH HOH . GA 4 HOH D 4 304 27 HOH HOH . HA 4 HOH H 1 401 18 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C24 OLC . . . Y 3 -31.087 16.051 -1.918 1 109.03 ? C24 OLC 201 D 1 HETATM 2 C C6 OLC . . . Y 3 -27.247 24.621 0.893 1 85.21 ? C6 OLC 201 D 1 HETATM 3 C C5 OLC . . . Y 3 -27.205 23.595 -0.22 1 97.16 ? C5 OLC 201 D 1 HETATM 4 C C4 OLC . . . Y 3 -28.505 22.82 -0.261 1 69.62 ? C4 OLC 201 D 1 HETATM 5 C C3 OLC . . . Y 3 -28.228 21.4 -0.705 1 75.76 ? C3 OLC 201 D 1 HETATM 6 C C2 OLC . . . Y 3 -29.472 20.801 -1.325 1 92.65 ? C2 OLC 201 D 1 HETATM 7 C C21 OLC . . . Y 3 -31.678 18.118 -0.694 1 104.59 ? C21 OLC 201 D 1 HETATM 8 C C1 OLC . . . Y 3 -29.725 19.426 -0.742 1 97.05 ? C1 OLC 201 D 1 HETATM 9 C C22 OLC . . . Y 3 -31.803 16.611 -0.709 1 109.76 ? C22 OLC 201 D 1 HETATM 10 O O19 OLC . . . Y 3 -29.226 19.113 0.32 1 110.42 ? O19 OLC 201 D 1 HETATM 11 O O25 OLC . . . Y 3 -31.769 14.908 -2.382 1 123.58 ? O25 OLC 201 D 1 HETATM 12 O O23 OLC . . . Y 3 -31.219 16.09 0.461 1 116.03 ? O23 OLC 201 D 1 HETATM 13 O O20 OLC . . . Y 3 -30.536 18.503 -1.422 1 107.85 ? O20 OLC 201 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 13 #