data_6FZV # _model_server_result.job_id BA7fYSl-u2iT-wcmMCovhg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:49:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6fzv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":302}' # _entry.id 6FZV # _exptl.entry_id 6FZV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 189.1 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CITRATE ANION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6FZV _cell.length_a 89.09 _cell.length_b 144.12 _cell.length_c 158.74 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6FZV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 F N N ? 4 H N N ? 4 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 52 A CYS 41 1_555 A SG CYS 84 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 58 A CYS 47 1_555 C SG CYS 75 C CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 75 A CYS 64 1_555 B SG CYS 58 B CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 92 A CYS 81 1_555 A SG CYS 254 A CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 162 A CYS 151 1_555 A SG CYS 207 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 52 B CYS 41 1_555 B SG CYS 84 B CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 75 B CYS 64 1_555 C SG CYS 58 C CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 92 B CYS 81 1_555 B SG CYS 254 B CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 162 B CYS 151 1_555 B SG CYS 207 B CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 52 C CYS 41 1_555 C SG CYS 84 C CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 92 C CYS 81 1_555 C SG CYS 254 C CYS 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 162 C CYS 151 1_555 C SG CYS 207 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf13 D SG CYS 16 D CYS 12 1_555 D SG CYS 42 D CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf14 D SG CYS 69 D CYS 65 1_555 D SG CYS 91 D CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf15 D SG CYS 138 D CYS 134 1_555 D SG CYS 165 D CYS 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf16 D SG CYS 192 D CYS 188 1_555 D SG CYS 215 D CYS 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 70 A ASP 59 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 70 A ASP 59 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 72 A ASN 61 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc4 A O GLN 73 A GLN 62 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc5 A O CYS 75 A CYS 64 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 78 A ASP 67 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 70 B ASP 59 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 70 B ASP 59 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASN 72 B ASN 61 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc10 B O GLN 73 B GLN 62 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc11 B O CYS 75 B CYS 64 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 78 B ASP 67 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 78 B ASP 67 1_555 G CA CA . B CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 70 C ASP 59 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 70 C ASP 59 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc16 C OD1 ASN 72 C ASN 61 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? metalc ? metalc17 C O GLN 73 C GLN 62 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc18 C O CYS 75 C CYS 64 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc19 C OD1 ASP 78 C ASP 67 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 78 C ASP 67 1_555 J CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc21 D OE1 GLU 64 D GLU 60 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc22 D OD1 ASP 72 D ASP 68 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc23 D OD2 ASP 72 D ASP 68 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc24 D OD1 ASP 113 D ASP 109 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc25 D O GLY 115 D GLY 111 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc26 D O THR 116 D THR 112 1_555 M CA CA . D CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc27 D OE1 GLU 187 D GLU 183 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASP 195 D ASP 191 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 195 D ASP 191 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc30 D OD1 ASP 237 D ASP 233 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc31 D O SER 239 D SER 235 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc32 D O VAL 240 D VAL 236 1_555 N CA CA . D CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? # _chem_comp.formula 'C6 H5 O7 -3' _chem_comp.formula_weight 189.1 _chem_comp.id FLC _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CITRATE ANION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CAC CA FLC sing 83 n n CAC OA1 FLC doub 84 n n CAC OA2 FLC sing 85 n n CA CB FLC sing 86 n n CA HA1 FLC sing 87 n n CA HA2 FLC sing 88 n n CB CBC FLC sing 89 n n CB CG FLC sing 90 n n CB OHB FLC sing 91 n n CBC OB1 FLC doub 92 n n CBC OB2 FLC sing 93 n n CG CGC FLC sing 94 n n CG HG1 FLC sing 95 n n CG HG2 FLC sing 96 n n CGC OG1 FLC doub 97 n n CGC OG2 FLC sing 98 n n OHB HOB FLC sing 99 n n # _atom_sites.entry_id 6FZV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011225 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006939 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.0063 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 301 1 CA CA . F 4 FLC A 1 302 1 FLC FLC . G 3 CA B 1 301 2 CA CA . H 4 FLC B 1 302 2 FLC FLC . I 5 CL B 1 303 1 CL CL . J 3 CA C 1 301 3 CA CA . K 4 FLC C 1 302 3 FLC FLC . L 5 CL C 1 303 3 CL CL . M 3 CA D 1 301 4 CA CA . N 3 CA D 1 302 5 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CAC FLC . . . K 4 -8.982 -35.737 -11.609 1 96.43 ? CAC FLC 302 C 1 HETATM 2 C CA FLC . . . K 4 -10.299 -36.474 -11.448 1 96.49 ? CA FLC 302 C 1 HETATM 3 C CB FLC . . . K 4 -11.403 -35.525 -11.017 1 92.9 ? CB FLC 302 C 1 HETATM 4 C CBC FLC . . . K 4 -10.789 -34.261 -10.449 1 96.82 ? CBC FLC 302 C 1 HETATM 5 C CG FLC . . . K 4 -12.251 -35.169 -12.224 1 92.89 ? CG FLC 302 C 1 HETATM 6 C CGC FLC . . . K 4 -13.305 -34.14 -11.861 1 89.86 ? CGC FLC 302 C 1 HETATM 7 O OA1 FLC . . . K 4 -8.821 -34.919 -12.555 1 96.71 ? OA1 FLC 302 C 1 HETATM 8 O OA2 FLC . . . K 4 -8.037 -35.95 -10.805 1 97.5 ? OA2 FLC 302 C 1 HETATM 9 O OB1 FLC . . . K 4 -10.546 -33.279 -11.202 1 95.86 ? OB1 FLC 302 C 1 HETATM 10 O OB2 FLC . . . K 4 -10.52 -34.184 -9.221 1 96.27 ? OB2 FLC 302 C 1 HETATM 11 O OG1 FLC . . . K 4 -13.282 -33.008 -12.414 1 88.22 ? OG1 FLC 302 C 1 HETATM 12 O OG2 FLC . . . K 4 -14.202 -34.412 -11.018 1 89.07 ? OG2 FLC 302 C 1 HETATM 13 O OHB FLC . . . K 4 -12.213 -36.151 -10.045 1 94.56 ? OHB FLC 302 C 1 HETATM 14 H HA1 FLC . . . K 4 -10.195 -37.171 -10.773 1 115.79 ? HA1 FLC 302 C 1 HETATM 15 H HA2 FLC . . . K 4 -10.543 -36.884 -12.299 1 115.79 ? HA2 FLC 302 C 1 HETATM 16 H HG1 FLC . . . K 4 -12.691 -35.975 -12.556 1 111.47 ? HG1 FLC 302 C 1 HETATM 17 H HG2 FLC . . . K 4 -11.676 -34.806 -12.924 1 111.47 ? HG2 FLC 302 C 1 HETATM 18 H HOB FLC . . . K 4 -11.815 -36.103 -9.253 1 113.48 ? HOB FLC 302 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 22 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 28 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 18 #