data_6GCS # _model_server_result.job_id 9TmlVIgWuclbPeUtm4K0pg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 12:01:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6gcs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6GCS # _exptl.entry_id 6GCS _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6GCS _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GCS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 42-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 42 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 45 _struct_asym.id UA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 S SG CYS 46 U CYS 46 1_555 S SG CYS 78 U CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf2 S SG CYS 90 U CYS 90 1_555 S SG CYS 121 U CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 S SG CYS 100 U CYS 100 1_555 S SG CYS 111 U CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf4 AA SG CYS 51 d CYS 51 1_555 AA SG CYS 63 d CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf5 OA SG CYS 26 8 CYS 26 1_555 OA SG CYS 57 8 CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 OA SG CYS 36 8 CYS 36 1_555 OA SG CYS 47 8 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf7 PA SG CYS 15 9 CYS 15 1_555 PA SG CYS 47 9 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf8 PA SG CYS 25 9 CYS 25 1_555 PA SG CYS 37 9 CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? covale ? covale1 N OG SER 66 O SER 66 1_555 BB P1 ZMP . O ZMP 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 69 A CYS 69 1_555 SA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 80 A CYS 80 1_555 SA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 83 A CYS 83 1_555 SA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 97 A CYS 97 1_555 SA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 129 A HIS 129 1_555 QA FE3 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 QA FE2 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 QA FE4 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 QA FE1 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 183 A CYS 183 1_555 RA FE2 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 186 A CYS 186 1_555 RA FE1 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 189 A CYS 189 1_555 RA FE3 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 233 A CYS 233 1_555 RA FE4 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 TA FE3 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 384 B CYS 384 1_555 TA FE1 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 387 B CYS 387 1_555 TA FE2 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 427 B CYS 427 1_555 TA FE4 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc17 H SG CYS 127 H CYS 127 1_555 WA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc18 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 WA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc19 H SG CYS 168 H CYS 168 1_555 WA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc20 H SG CYS 172 H CYS 172 1_555 WA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc21 I SG CYS 130 I CYS 130 1_555 YA FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc22 I SG CYS 133 I CYS 133 1_555 YA FE4 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc23 I SG CYS 136 I CYS 136 1_555 YA FE2 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc24 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 XA FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 169 I CYS 169 1_555 XA FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 172 I CYS 172 1_555 XA FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 175 I CYS 175 1_555 XA FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 179 I CYS 179 1_555 YA FE1 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc29 K SG CYS 85 K CYS 85 1_555 ZA FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc30 K SG CYS 86 K CYS 86 1_555 ZA FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc31 K SG CYS 150 K CYS 150 1_555 ZA FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc32 K SG CYS 180 K CYS 180 1_555 ZA FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc33 M SG CYS 97 M CYS 97 1_555 AB ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc34 M NE2 HIS 110 M HIS 110 1_555 AB ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc35 M SG CYS 125 M CYS 125 1_555 AB ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc36 M SG CYS 128 M CYS 128 1_555 AB ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 FMN sing 474 n n N1 C10 FMN doub 475 n n C2 O2 FMN doub 476 n n C2 N3 FMN sing 477 n n N3 C4 FMN sing 478 n n N3 HN3 FMN sing 479 n n C4 O4 FMN doub 480 n n C4 C4A FMN sing 481 n n C4A N5 FMN doub 482 n n C4A C10 FMN sing 483 n n N5 C5A FMN sing 484 n n C5A C6 FMN doub 485 n y C5A C9A FMN sing 486 n y C6 C7 FMN sing 487 n y C6 H6 FMN sing 488 n n C7 C7M FMN sing 489 n n C7 C8 FMN doub 490 n y C7M HM71 FMN sing 491 n n C7M HM72 FMN sing 492 n n C7M HM73 FMN sing 493 n n C8 C8M FMN sing 494 n n C8 C9 FMN sing 495 n y C8M HM81 FMN sing 496 n n C8M HM82 FMN sing 497 n n C8M HM83 FMN sing 498 n n C9 C9A FMN doub 499 n y C9 H9 FMN sing 500 n n C9A N10 FMN sing 501 n n N10 C10 FMN sing 502 n n N10 C1' FMN sing 503 n n C1' C2' FMN sing 504 n n C1' "H1'1" FMN sing 505 n n C1' "H1'2" FMN sing 506 n n C2' O2' FMN sing 507 n n C2' C3' FMN sing 508 n n C2' H2' FMN sing 509 n n O2' HO2' FMN sing 510 n n C3' O3' FMN sing 511 n n C3' C4' FMN sing 512 n n C3' H3' FMN sing 513 n n O3' HO3' FMN sing 514 n n C4' O4' FMN sing 515 n n C4' C5' FMN sing 516 n n C4' H4' FMN sing 517 n n O4' HO4' FMN sing 518 n n C5' O5' FMN sing 519 n n C5' "H5'1" FMN sing 520 n n C5' "H5'2" FMN sing 521 n n O5' P FMN sing 522 n n P O1P FMN doub 523 n n P O2P FMN sing 524 n n P O3P FMN sing 525 n n O2P HOP2 FMN sing 526 n n O3P HOP3 FMN sing 527 n n # _atom_sites.entry_id 6GCS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code QA 43 SF4 A 1 801 801 SF4 SF4 . RA 43 SF4 A 1 802 802 SF4 SF4 . SA 44 FES A 1 803 803 FES FES . TA 43 SF4 B 1 501 501 SF4 SF4 . UA 45 FMN B 1 502 502 FMN FMN . VA 46 NDP E 1 401 401 NDP NDP . WA 44 FES H 1 301 301 FES FES . XA 43 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . YA 43 SF4 I 1 302 302 SF4 SF4 . ZA 43 SF4 K 1 301 301 SF4 SF4 . AB 47 ZN M 1 201 201 ZN ZN . BB 48 ZMP O 1 201 201 ZMP ZMP . CB 49 CDL g 1 201 201 CDL CDL . DB 50 3PE g 1 202 202 3PE 3PE . EB 50 3PE 1 1 401 401 3PE 3PE . FB 50 3PE 4 1 501 501 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . UA 45 185.816 294.874 338.681 1 171.21 ? N1 FMN 502 B 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . UA 45 185.245 296.032 339.397 1 171.21 ? C2 FMN 502 B 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . UA 45 184.764 295.877 340.457 1 171.21 ? O2 FMN 502 B 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . UA 45 185.263 297.389 338.797 1 171.21 ? N3 FMN 502 B 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . UA 45 185.859 297.562 337.49 1 171.21 ? C4 FMN 502 B 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . UA 45 185.904 298.616 336.964 1 171.21 ? O4 FMN 502 B 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . UA 45 186.438 296.379 336.783 1 171.21 ? C4A FMN 502 B 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . UA 45 187.018 296.591 335.49 1 171.21 ? N5 FMN 502 B 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . UA 45 187.598 295.444 334.767 1 171.21 ? C5A FMN 502 B 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . UA 45 188.157 295.658 333.527 1 171.21 ? C6 FMN 502 B 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . UA 45 188.696 294.58 332.858 1 171.21 ? C7 FMN 502 B 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . UA 45 189.275 294.944 331.508 1 171.21 ? C7M FMN 502 B 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . UA 45 188.681 293.303 333.417 1 171.21 ? C8 FMN 502 B 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . UA 45 189.294 292.185 332.602 1 171.21 ? C8M FMN 502 B 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . UA 45 188.12 293.096 334.653 1 171.21 ? C9 FMN 502 B 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . UA 45 187.584 294.173 335.333 1 171.21 ? C9A FMN 502 B 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . UA 45 186.981 293.96 336.659 1 171.21 ? N10 FMN 502 B 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . UA 45 186.416 295.069 337.375 1 171.21 ? C10 FMN 502 B 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . UA 45 186.981 292.626 337.225 1 171.21 ? C1' FMN 502 B 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . UA 45 188.189 292.509 338.143 1 171.21 ? C2' FMN 502 B 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . UA 45 189.084 291.591 337.598 1 171.21 ? O2' FMN 502 B 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . UA 45 187.674 292.051 339.492 1 171.21 ? C3' FMN 502 B 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . UA 45 188.389 292.719 340.483 1 171.21 ? O3' FMN 502 B 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . UA 45 187.877 290.551 339.623 1 171.21 ? C4' FMN 502 B 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . UA 45 186.821 289.888 338.997 1 171.21 ? O4' FMN 502 B 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . UA 45 187.845 290.192 341.09 1 171.21 ? C5' FMN 502 B 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . UA 45 187.022 289.075 341.2 1 171.21 ? O5' FMN 502 B 1 HETATM 28 P P FMN . . . UA 45 185.9 289.175 342.382 1 171.21 ? P FMN 502 B 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . UA 45 184.574 289.663 341.857 1 171.21 ? O1P FMN 502 B 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . UA 45 185.748 287.842 343.062 1 171.21 ? O2P FMN 502 B 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . UA 45 186.449 290.178 343.343 1 171.21 ? O3P FMN 502 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 94 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 31 #