data_6GDR # _model_server_result.job_id ZvYlfwqt9wtVvRusjbYHRw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:41:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6gdr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":102}' # _entry.id 6GDR # _exptl.entry_id 6GDR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 94.971 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 94.82 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6GDR _cell.length_a 65.024 _cell.length_b 71.207 _cell.length_c 117.16 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GDR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C OP2 DC 1 D DC 32 1_555 G P AMP . D AMP 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.616 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DT 1 B DT 1 1_555 C N1 DA 11 D DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 DT 1 B DT 1 1_555 C N6 DA 11 D DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N3 DT 2 B DT 2 1_555 C N1 DA 10 D DA 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A O4 DT 2 B DT 2 1_555 C N6 DA 10 D DA 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N3 DC 3 B DC 3 1_555 C N1 DG 9 D DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N4 DC 3 B DC 3 1_555 C O6 DG 9 D DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O2 DC 3 B DC 3 1_555 C N2 DG 9 D DG 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 DC 4 B DC 4 1_555 C N1 DG 8 D DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N4 DC 4 B DC 4 1_555 C O6 DG 8 D DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O2 DC 4 B DC 4 1_555 C N2 DG 8 D DG 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 DG 5 B DG 5 1_555 C N3 DC 7 D DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 DG 5 B DG 5 1_555 C O2 DC 7 D DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 DG 5 B DG 5 1_555 C N4 DC 7 D DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 DA 6 B DA 6 1_555 C N3 DT 6 D DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N6 DA 6 B DA 6 1_555 C O4 DT 6 D DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DT 7 B DT 7 1_555 C N1 DA 5 D DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O4 DT 7 B DT 7 1_555 C N6 DA 5 D DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N1 DA 8 B DA 8 1_555 C N3 DT 4 D DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N6 DA 8 B DA 8 1_555 C O4 DT 4 D DT 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 DG 9 B DG 9 1_555 C N3 DC 3 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N2 DG 9 B DG 9 1_555 C O2 DC 3 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O6 DG 9 B DG 9 1_555 C N4 DC 3 D DC 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 DT 10 B DT 10 1_555 C N1 DA 2 D DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O4 DT 10 B DT 10 1_555 C N6 DA 2 D DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 DG 11 B DG 11 1_555 C N3 DC 1 D DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N2 DG 11 B DG 11 1_555 C O2 DC 1 D DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O6 DG 11 B DG 11 1_555 C N4 DC 1 D DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N1 DG 12 B DG 12 1_555 B N3 DC 10 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N2 DG 12 B DG 12 1_555 B O2 DC 10 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O6 DG 12 B DG 12 1_555 B N4 DC 10 C DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 DG 13 B DG 13 1_555 B N3 DC 9 C DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N2 DG 13 B DG 13 1_555 B O2 DC 9 C DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O6 DG 13 B DG 13 1_555 B N4 DC 9 C DC 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N1 DG 14 B DG 14 1_555 B N3 DC 8 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N2 DG 14 B DG 14 1_555 B O2 DC 8 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O6 DG 14 B DG 14 1_555 B N4 DC 8 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 DT 15 B DT 15 1_555 B N1 DA 7 C DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O4 DT 15 B DT 15 1_555 B N6 DA 7 C DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N3 DC 16 B DC 16 1_555 B N1 DG 6 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N4 DC 16 B DC 16 1_555 B O6 DG 6 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A O2 DC 16 B DC 16 1_555 B N2 DG 6 C DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N1 DG 17 B DG 17 1_555 B N3 DC 5 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N2 DG 17 B DG 17 1_555 B O2 DC 5 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O6 DG 17 B DG 17 1_555 B N4 DC 5 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N3 DC 18 B DC 18 1_555 B N1 DG 4 C DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N4 DC 18 B DC 18 1_555 B O6 DG 4 C DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O2 DC 18 B DC 18 1_555 B N2 DG 4 C DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N1 DA 19 B DA 19 1_555 B N3 DT 3 C DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N6 DA 19 B DA 19 1_555 B O4 DT 3 C DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N1 DA 20 B DA 20 1_555 B N3 DT 2 C DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N6 DA 20 B DA 20 1_555 B O4 DT 2 C DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N3 DT 21 B DT 21 1_555 B N1 DA 1 C DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A O4 DT 21 B DT 21 1_555 B N6 DA 1 C DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'O4 P -3' _chem_comp.formula_weight 94.971 _chem_comp.id PO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1 PO4 doub 435 n n P O2 PO4 sing 436 n n P O3 PO4 sing 437 n n P O4 PO4 sing 438 n n # _atom_sites.entry_id 6GDR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015379 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001297 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014044 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008566 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 PO4 B 1 101 1 PO4 PO4 . F 5 PO4 B 1 102 2 PO4 PO4 . G 6 AMP D 1 300 300 AMP AMP . H 7 HOH B 1 201 2 HOH HOH . H 7 HOH B 2 202 46 HOH HOH . H 7 HOH B 3 203 48 HOH HOH . H 7 HOH B 4 204 66 HOH HOH . H 7 HOH B 5 205 4 HOH HOH . H 7 HOH B 6 206 17 HOH HOH . H 7 HOH B 7 207 3 HOH HOH . H 7 HOH B 8 208 47 HOH HOH . H 7 HOH B 9 209 29 HOH HOH . H 7 HOH B 10 210 11 HOH HOH . H 7 HOH B 11 211 36 HOH HOH . H 7 HOH B 12 212 63 HOH HOH . H 7 HOH B 13 213 57 HOH HOH . H 7 HOH B 14 214 69 HOH HOH . H 7 HOH B 15 215 13 HOH HOH . H 7 HOH B 16 216 37 HOH HOH . H 7 HOH B 17 217 55 HOH HOH . H 7 HOH B 18 218 24 HOH HOH . H 7 HOH B 19 219 40 HOH HOH . I 7 HOH C 1 101 51 HOH HOH . I 7 HOH C 2 102 21 HOH HOH . I 7 HOH C 3 103 22 HOH HOH . I 7 HOH C 4 104 25 HOH HOH . J 7 HOH D 1 401 1 HOH HOH . J 7 HOH D 2 402 33 HOH HOH . J 7 HOH D 3 403 14 HOH HOH . J 7 HOH D 4 404 5 HOH HOH . J 7 HOH D 5 405 28 HOH HOH . J 7 HOH D 6 406 62 HOH HOH . J 7 HOH D 7 407 12 HOH HOH . J 7 HOH D 8 408 38 HOH HOH . K 7 HOH A 1 301 68 HOH HOH . K 7 HOH A 2 302 39 HOH HOH . K 7 HOH A 3 303 65 HOH HOH . K 7 HOH A 4 304 54 HOH HOH . K 7 HOH A 5 305 53 HOH HOH . K 7 HOH A 6 306 20 HOH HOH . K 7 HOH A 7 307 41 HOH HOH . K 7 HOH A 8 308 64 HOH HOH . K 7 HOH A 9 309 50 HOH HOH . K 7 HOH A 10 310 9 HOH HOH . K 7 HOH A 11 311 59 HOH HOH . K 7 HOH A 12 312 61 HOH HOH . K 7 HOH A 13 313 45 HOH HOH . K 7 HOH A 14 314 10 HOH HOH . K 7 HOH A 15 315 70 HOH HOH . K 7 HOH A 16 316 27 HOH HOH . K 7 HOH A 17 317 23 HOH HOH . K 7 HOH A 18 318 49 HOH HOH . K 7 HOH A 19 319 18 HOH HOH . K 7 HOH A 20 320 31 HOH HOH . K 7 HOH A 21 321 7 HOH HOH . K 7 HOH A 22 322 8 HOH HOH . K 7 HOH A 23 323 58 HOH HOH . K 7 HOH A 24 324 56 HOH HOH . K 7 HOH A 25 325 35 HOH HOH . K 7 HOH A 26 326 44 HOH HOH . K 7 HOH A 27 327 19 HOH HOH . K 7 HOH A 28 328 16 HOH HOH . K 7 HOH A 29 329 32 HOH HOH . K 7 HOH A 30 330 52 HOH HOH . K 7 HOH A 31 331 43 HOH HOH . K 7 HOH A 32 332 26 HOH HOH . K 7 HOH A 33 333 6 HOH HOH . K 7 HOH A 34 334 67 HOH HOH . K 7 HOH A 35 335 42 HOH HOH . K 7 HOH A 36 336 60 HOH HOH . K 7 HOH A 37 337 30 HOH HOH . K 7 HOH A 38 338 15 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P PO4 . . . F 5 -3.071 25.236 -14.898 1 120.03 ? P PO4 102 B 1 HETATM 2 O O1 PO4 . . . F 5 -3.751 24.776 -16.165 1 73.39 ? O1 PO4 102 B 1 HETATM 3 O O2 PO4 . . . F 5 -2.638 26.676 -15.051 1 66.88 ? O2 PO4 102 B 1 HETATM 4 O O3 PO4 . . . F 5 -1.864 24.366 -14.636 1 72.4 ? O3 PO4 102 B 1 HETATM 5 O O4 PO4 . . . F 5 -4.036 25.118 -13.741 1 81.49 ? O4 PO4 102 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 5 #