data_6GG6 # _model_server_result.job_id HrIDbCTpmnVBQcpR7xW7iw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-03 04:20:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6gg6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":603}' # _entry.id 6GG6 # _exptl.entry_id 6GG6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 105.093 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description SERINE _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 89.72 _cell.angle_beta 71.13 _cell.angle_gamma 66.94 _cell.entry_id 6GG6 _cell.length_a 93.35 _cell.length_b 108.94 _cell.length_c 124.34 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GG6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 E,F,G,H,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 K N N ? 4 O N N ? 4 S N N ? 4 W N N ? 4 AA N N ? 4 EA N N ? 4 IA N N ? 4 MA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C LEU 493 A LEU 473 1_555 A N CSO 494 A CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale2 A C CSO 494 A CSO 474 1_555 A N LYS 495 A LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale3 B C LEU 493 B LEU 473 1_555 B N CSO 494 B CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale4 B C CSO 494 B CSO 474 1_555 B N LYS 495 B LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale5 C C LEU 493 C LEU 473 1_555 C N CSO 494 C CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale6 C C CSO 494 C CSO 474 1_555 C N LYS 495 C LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale7 D C LEU 493 D LEU 473 1_555 D N CSO 494 D CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale8 D C CSO 494 D CSO 474 1_555 D N LYS 495 D LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale9 E C LEU 493 E LEU 473 1_555 E N CSO 494 E CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale10 E C CSO 494 E CSO 474 1_555 E N LYS 495 E LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale11 F C LEU 493 F LEU 473 1_555 F N CSO 494 F CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale12 F C CSO 494 F CSO 474 1_555 F N LYS 495 F LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale13 G C LEU 493 G LEU 473 1_555 G N CSO 494 G CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale14 G C CSO 494 G CSO 474 1_555 G N LYS 495 G LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale15 H C LEU 493 H LEU 473 1_555 H N CSO 494 H CSO 474 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale16 H C CSO 494 H CSO 474 1_555 H N LYS 495 H LYS 475 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 95 A ASN 75 1_555 I K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc2 A OG SER 97 A SER 77 1_555 I K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.899 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 133 A ASP 113 1_555 I K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc4 A O THR 134 A THR 114 1_555 I K K . A K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 292 A GLU 272 1_555 J MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 316 A ASP 296 1_555 J MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASN 95 B ASN 75 1_555 M K K . B K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.048 ? metalc ? metalc8 B OG SER 97 B SER 77 1_555 M K K . B K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 133 B ASP 113 1_555 M K K . B K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? metalc ? metalc10 B O THR 134 B THR 114 1_555 M K K . B K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.115 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 138 B GLU 118 1_555 M K K . B K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.301 ? metalc ? metalc12 C OD1 ASN 95 C ASN 75 1_555 Q K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.171 ? metalc ? metalc13 C OG SER 97 C SER 77 1_555 Q K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 133 C ASP 113 1_555 Q K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc15 C O THR 134 C THR 114 1_555 Q K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.014 ? metalc ? metalc16 C OE2 GLU 138 C GLU 118 1_555 Q K K . C K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.251 ? metalc ? metalc17 C OE1 GLU 292 C GLU 272 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 316 C ASP 296 1_555 R MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASN 95 D ASN 75 1_555 U K K . D K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.013 ? metalc ? metalc20 D OG SER 97 D SER 77 1_555 U K K . D K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.922 ? metalc ? metalc21 D OD1 ASP 133 D ASP 113 1_555 U K K . D K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.011 ? metalc ? metalc22 D O THR 134 D THR 114 1_555 U K K . D K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.159 ? metalc ? metalc23 D OE1 GLU 292 D GLU 272 1_555 V MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASN 95 E ASN 75 1_555 Y K K . E K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc25 E OG SER 97 E SER 77 1_555 Y K K . E K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? metalc ? metalc26 E OD1 ASP 133 E ASP 113 1_555 Y K K . E K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc27 E O THR 134 E THR 114 1_555 Y K K . E K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASN 95 F ASN 75 1_555 CA K K . F K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc29 F OG SER 97 F SER 77 1_555 CA K K . F K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc30 F OD1 ASP 133 F ASP 113 1_555 CA K K . F K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc31 F O THR 134 F THR 114 1_555 CA K K . F K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? metalc ? metalc32 F OE1 GLU 292 F GLU 272 1_555 DA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc33 F OD2 ASP 316 F ASP 296 1_555 DA MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc34 G OD1 ASN 95 G ASN 75 1_555 GA K K . G K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc35 G OG SER 97 G SER 77 1_555 GA K K . G K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc36 G OD1 ASP 133 G ASP 113 1_555 GA K K . G K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.926 ? metalc ? metalc37 G O THR 134 G THR 114 1_555 GA K K . G K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.168 ? metalc ? metalc38 G OE2 GLU 138 G GLU 118 1_555 GA K K . G K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.419 ? metalc ? metalc39 G OE1 GLU 292 G GLU 272 1_555 HA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc40 G OD2 ASP 316 G ASP 296 1_555 HA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? metalc ? metalc41 H OD1 ASN 95 H ASN 75 1_555 KA K K . H K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc42 H OG SER 97 H SER 77 1_555 KA K K . H K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc43 H OD1 ASP 133 H ASP 113 1_555 KA K K . H K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc44 H O THR 134 H THR 114 1_555 KA K K . H K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.15 ? metalc ? metalc45 H OE2 GLU 138 H GLU 118 1_555 KA K K . H K 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.416 ? metalc ? metalc46 H OE1 GLU 292 H GLU 272 1_555 LA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc47 H OD2 ASP 316 H ASP 296 1_555 LA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? # _chem_comp.formula 'C3 H7 N O3' _chem_comp.formula_weight 105.093 _chem_comp.id SER _chem_comp.mon_nstd_flag y _chem_comp.name SERINE _chem_comp.type 'l-peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SER sing 293 n n N H SER sing 294 n n N H2 SER sing 295 n n CA C SER sing 296 n n CA CB SER sing 297 n n CA HA SER sing 298 n n C O SER doub 299 n n C OXT SER sing 300 n n CB OG SER sing 301 n n CB HB2 SER sing 302 n n CB HB3 SER sing 303 n n OG HG SER sing 304 n n OXT HXT SER sing 305 n n # _atom_sites.entry_id 6GG6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010712 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.00456 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.004342 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009977 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.001409 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008584 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 K A 1 601 601 K K . J 3 MG A 1 602 602 MG MG . K 4 SER A 1 603 603 SER SER . L 5 PO4 A 1 604 604 PO4 PO4 . M 2 K B 1 601 601 K K . N 3 MG B 1 602 602 MG MG . O 4 SER B 1 603 603 SER SER . P 5 PO4 B 1 604 604 PO4 PO4 . Q 2 K C 1 601 601 K K . R 3 MG C 1 602 602 MG MG . S 4 SER C 1 603 603 SER SER . T 5 PO4 C 1 604 604 PO4 PO4 . U 2 K D 1 601 601 K K . V 3 MG D 1 602 602 MG MG . W 4 SER D 1 603 603 SER SER . X 5 PO4 D 1 604 604 PO4 PO4 . Y 2 K E 1 601 601 K K . Z 3 MG E 1 602 602 MG MG . AA 4 SER E 1 603 603 SER SER . BA 5 PO4 E 1 604 604 PO4 PO4 . CA 2 K F 1 601 601 K K . DA 3 MG F 1 602 602 MG MG . EA 4 SER F 1 603 603 SER SER . FA 5 PO4 F 1 604 604 PO4 PO4 . GA 2 K G 1 601 601 K K . HA 3 MG G 1 602 602 MG MG . IA 4 SER G 1 603 603 SER SER . JA 5 PO4 G 1 604 604 PO4 PO4 . KA 2 K H 1 601 601 K K . LA 3 MG H 1 602 602 MG MG . MA 4 SER H 1 603 603 SER SER . NA 5 PO4 H 1 604 604 PO4 PO4 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SER . . . W 4 -74.713 0.573 -53.13 1 74.97 ? N SER 603 D 1 HETATM 2 C CA SER . . . W 4 -74.066 0.28 -54.443 1 74.55 ? CA SER 603 D 1 HETATM 3 C C SER . . . W 4 -74.095 1.51 -55.342 1 72.63 ? C SER 603 D 1 HETATM 4 O O SER . . . W 4 -73.067 1.939 -55.853 1 72.21 ? O SER 603 D 1 HETATM 5 C CB SER . . . W 4 -74.775 -0.892 -55.134 1 75.84 ? CB SER 603 D 1 HETATM 6 O OG SER . . . W 4 -74.099 -1.326 -56.302 1 76.9 ? OG SER 603 D 1 HETATM 7 O OXT SER . . . W 4 -75.139 2.1 -55.589 1 69.55 ? OXT SER 603 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 81 _model_server_stats.parse_time_ms 35 _model_server_stats.create_model_time_ms 256 _model_server_stats.query_time_ms 355 _model_server_stats.encode_time_ms 48 _model_server_stats.element_count 7 #