data_6GLY
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_model_server_result.job_id            '_Wx9W3f4KeXkASbjqQfZrQ' 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 05:59:16' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6gly 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":605}' 
#
_entry.id    6GLY 
#
_exptl.entry_id    6GLY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.4 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6GLY 
_cell.length_a            89.74 
_cell.length_b            72.17 
_cell.length_c            103.05 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6GLY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,R 1 1 
B,K,L,M,N,O,P,Q,S 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 34 A CYS 34 1_555 H FE2 FES . A FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASN 40 A ASN 40 1_555 J MG MG . A MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 42 A ASP 42 1_555 J MG MG . A MG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 46 A CYS 46 1_555 H FE2 FES . A FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 49 A CYS 49 1_555 H FE1 FES . A FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 H FE1 FES . A FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc7 A NE2 HIS 94 A HIS 94 1_555 G FE1 SF4 . A SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 98 A CYS 98 1_555 G FE4 SF4 . A SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 101 A CYS 101 1_555 G FE3 SF4 . A SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 107 A CYS 107 1_555 G FE2 SF4 . A SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 147 A CYS 147 1_555 F FE3 SF4 . A SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 F FE2 SF4 . A SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc13 A SG CYS 153 A CYS 153 1_555 F FE4 SF4 . A SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc14 A SG CYS 157 A CYS 157 1_555 E FE2 SF4 . A SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc15 A SG CYS 190 A CYS 190 1_555 E FE4 SF4 . A SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc16 A SG CYS 193 A CYS 193 1_555 E FE1 SF4 . A SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc17 A SG CYS 196 A CYS 196 1_555 E FE3 SF4 . A SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc18 A SG CYS 200 A CYS 200 1_555 F FE1 SF4 . A SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? 
metalc ? metalc19 A O LEU 218 A LEU 218 1_555 I MG MG . A MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc20 A SG CYS 300 A CYS 300 1_555 D FE3 SF4 . A SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc21 A SG CYS 355 A CYS 355 1_555 D FE1 SF4 . A SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? 
metalc ? metalc22 A SG CYS 499 A CYS 499 1_555 D FE2 SF4 . A SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc23 A SG CYS 503 A CYS 503 1_555 C FE1 402 . A 402 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc24 A SG CYS 503 A CYS 503 1_555 D FE4 SF4 . A SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc25 I MG MG . A MG 607 1_555 R O HOH . A HOH 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc26 I MG MG . A MG 607 1_555 R O HOH . A HOH 777 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc27 I MG MG . A MG 607 1_555 R O HOH . A HOH 780 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc28 I MG MG . A MG 607 1_555 R O HOH . A HOH 824 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc29 I MG MG . A MG 607 1_555 R O HOH . A HOH 839 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc30 J MG MG . A MG 608 1_555 R O HOH . A HOH 755 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? 
metalc ? metalc31 J MG MG . A MG 608 1_555 R O HOH . A HOH 776 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc32 J MG MG . A MG 608 1_555 R O HOH . A HOH 855 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc33 J MG MG . A MG 608 1_555 R O HOH . A HOH 889 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? 
metalc ? metalc34 B SG CYS 34 B CYS 34 1_555 P FE2 FES . B FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? 
metalc ? metalc35 B SG CYS 46 B CYS 46 1_555 P FE2 FES . B FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc36 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 P FE1 FES . B FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc37 B SG CYS 62 B CYS 62 1_555 P FE1 FES . B FES 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
metalc ? metalc38 B NE2 HIS 94 B HIS 94 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc39 B SG CYS 98 B CYS 98 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc40 B SG CYS 101 B CYS 101 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc41 B SG CYS 107 B CYS 107 1_555 O FE2 SF4 . B SF4 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc42 B SG CYS 147 B CYS 147 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc43 B SG CYS 150 B CYS 150 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc44 B SG CYS 153 B CYS 153 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc45 B SG CYS 157 B CYS 157 1_555 M FE2 SF4 . B SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc46 B SG CYS 190 B CYS 190 1_555 M FE4 SF4 . B SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc47 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 M FE1 SF4 . B SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc48 B SG CYS 196 B CYS 196 1_555 M FE3 SF4 . B SF4 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? 
metalc ? metalc49 B SG CYS 200 B CYS 200 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc50 B O LEU 218 B LEU 218 1_555 Q MG MG . B MG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc51 B SG CYS 300 B CYS 300 1_555 L FE3 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? 
metalc ? metalc52 B SG CYS 355 B CYS 355 1_555 L FE1 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc53 B SG CYS 499 B CYS 499 1_555 L FE2 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc54 B SG CYS 503 B CYS 503 1_555 K FE1 402 . B 402 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc55 B SG CYS 503 B CYS 503 1_555 L FE4 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc56 Q MG MG . B MG 607 1_555 S O HOH . B HOH 778 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc57 Q MG MG . B MG 607 1_555 S O HOH . B HOH 780 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? 
metalc ? metalc58 Q MG MG . B MG 607 1_555 S O HOH . B HOH 782 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? 
metalc ? metalc59 Q MG MG . B MG 607 1_555 S O HOH . B HOH 886 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc60 Q MG MG . B MG 607 1_555 S O HOH . B HOH 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 318 n n 
FE1 S3 SF4 sing 319 n n 
FE1 S4 SF4 sing 320 n n 
FE2 S1 SF4 sing 321 n n 
FE2 S3 SF4 sing 322 n n 
FE2 S4 SF4 sing 323 n n 
FE3 S1 SF4 sing 324 n n 
FE3 S2 SF4 sing 325 n n 
FE3 S4 SF4 sing 326 n n 
FE4 S1 SF4 sing 327 n n 
FE4 S2 SF4 sing 328 n n 
FE4 S3 SF4 sing 329 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6GLY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011143 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001447 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013856 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009785 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 402 A 1 601 601 402 402 . 
D 3 SF4 A 1 602 602 SF4 SF4 . 
E 3 SF4 A 1 603 603 SF4 SF4 . 
F 3 SF4 A 1 604 604 SF4 SF4 . 
G 3 SF4 A 1 605 605 SF4 SF4 . 
H 4 FES A 1 606 606 FES FES . 
I 5 MG A 1 607 607 MG MG . 
J 5 MG A 1 608 608 MG MG . 
K 2 402 B 1 601 601 402 402 . 
L 3 SF4 B 1 602 602 SF4 SF4 . 
M 3 SF4 B 1 603 603 SF4 SF4 . 
N 3 SF4 B 1 604 604 SF4 SF4 . 
O 3 SF4 B 1 605 605 SF4 SF4 . 
P 4 FES B 1 606 606 FES FES . 
Q 5 MG B 1 607 607 MG MG . 
R 6 HOH A 1 701 701 HOH HOH . 
R 6 HOH A 2 702 702 HOH HOH . 
R 6 HOH A 3 703 703 HOH HOH . 
R 6 HOH A 4 704 704 HOH HOH . 
R 6 HOH A 5 705 705 HOH HOH . 
R 6 HOH A 6 706 706 HOH HOH . 
R 6 HOH A 7 707 707 HOH HOH . 
R 6 HOH A 8 708 708 HOH HOH . 
R 6 HOH A 9 709 709 HOH HOH . 
R 6 HOH A 10 710 710 HOH HOH . 
R 6 HOH A 11 711 711 HOH HOH . 
R 6 HOH A 12 712 712 HOH HOH . 
R 6 HOH A 13 713 713 HOH HOH . 
R 6 HOH A 14 714 714 HOH HOH . 
R 6 HOH A 15 715 715 HOH HOH . 
R 6 HOH A 16 716 716 HOH HOH . 
R 6 HOH A 17 717 717 HOH HOH . 
R 6 HOH A 18 718 718 HOH HOH . 
R 6 HOH A 19 719 719 HOH HOH . 
R 6 HOH A 20 720 720 HOH HOH . 
R 6 HOH A 21 721 721 HOH HOH . 
R 6 HOH A 22 722 722 HOH HOH . 
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HETATM 5 S S1 SF4 . . . O 3 -8.306 -9.245 -0.318 1 28.49 ? S1 SF4 605 B 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . O 3 -9.75 -12.524 0.212 1 28.92 ? S2 SF4 605 B 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . O 3 -7.916 -10.889 2.872 0.95 31.55 ? S3 SF4 605 B 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . O 3 -11.161 -9.623 1.868 1 27.18 ? S4 SF4 605 B 1 
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