data_6GZE # _model_server_result.job_id HduLMWmyNUFALtzrqHusgg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 20:18:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6gze # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":505}' # _entry.id 6GZE # _exptl.entry_id 6GZE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 195.237 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6GZE _cell.length_a 104.176 _cell.length_b 156.744 _cell.length_c 180.587 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6GZE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 9 _struct_asym.id N _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc8 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 502 1_555 V O HOH . A HOH 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc13 I CA CA . A CA 503 1_555 V O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc14 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 111 B GLU 113 1_555 L CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc17 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc18 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc19 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc20 K MG MG . B MG 502 1_555 W O HOH . B HOH 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc21 K MG MG . B MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc22 M MG MG . B MG 504 1_555 W O HOH . B HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? metalc ? metalc23 M MG MG . B MG 504 1_555 W O HOH . B HOH 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc24 M MG MG . B MG 504 1_555 X O HOH . C HOH 606 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc25 M MG MG . B MG 504 1_555 X O HOH . C HOH 624 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc28 C O THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc29 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc30 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 Q CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc33 O O1G GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc34 O O1B GTP . C GTP 501 1_555 P MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc35 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc36 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc37 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc38 P MG MG . C MG 502 1_555 X O HOH . C HOH 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc39 Q CA CA . C CA 503 1_555 X O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc40 R O1B GDP . D GDP 501 1_555 S MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc41 R O3B GDP . D GDP 501 1_555 T BE BEF . D BEF 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.4 ? metalc ? metalc42 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc43 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc44 S MG MG . D MG 502 1_555 Y O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? # _chem_comp.formula 'C6 H13 N O4 S' _chem_comp.formula_weight 195.237 _chem_comp.id MES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O1 C2 MES sing 367 n n O1 C6 MES sing 368 n n C2 C3 MES sing 369 n n C2 H21 MES sing 370 n n C2 H22 MES sing 371 n n C3 N4 MES sing 372 n n C3 H31 MES sing 373 n n C3 H32 MES sing 374 n n N4 C5 MES sing 375 n n N4 C7 MES sing 376 n n N4 HN4 MES sing 377 n n C5 C6 MES sing 378 n n C5 H51 MES sing 379 n n C5 H52 MES sing 380 n n C6 H61 MES sing 381 n n C6 H62 MES sing 382 n n C7 C8 MES sing 383 n n C7 H71 MES sing 384 n n C7 H72 MES sing 385 n n C8 S MES sing 386 n n C8 H81 MES sing 387 n n C8 H82 MES sing 388 n n S O1S MES doub 389 n n S O2S MES doub 390 n n S O3S MES sing 391 n n # _atom_sites.entry_id 6GZE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009599 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00638 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005537 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 600 MG MG . I 7 CA A 1 503 601 CA CA . J 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . K 6 MG B 1 502 600 MG MG . L 7 CA B 1 503 601 CA CA . M 6 MG B 1 504 602 MG MG . N 9 MES B 1 505 604 MES MES . O 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . P 6 MG C 1 502 600 MG MG . Q 7 CA C 1 503 601 CA CA . R 8 GDP D 1 501 501 GDP GDP . S 6 MG D 1 502 600 MG MG . T 10 BEF D 1 503 603 BEF BEF . U 11 ACP F 1 401 401 ACP ACP . V 12 HOH A 1 601 36 HOH HOH . V 12 HOH A 2 602 21 HOH HOH . V 12 HOH A 3 603 41 HOH HOH . V 12 HOH A 4 604 34 HOH HOH . V 12 HOH A 5 605 18 HOH HOH . V 12 HOH A 6 606 35 HOH HOH . W 12 HOH B 1 601 47 HOH HOH . W 12 HOH B 2 602 37 HOH HOH . W 12 HOH B 3 603 23 HOH HOH . W 12 HOH B 4 604 50 HOH HOH . W 12 HOH B 5 605 24 HOH HOH . W 12 HOH B 6 606 8 HOH HOH . W 12 HOH B 7 607 4 HOH HOH . W 12 HOH B 8 608 46 HOH HOH . W 12 HOH B 9 609 51 HOH HOH . W 12 HOH B 10 610 39 HOH HOH . X 12 HOH C 1 601 2 HOH HOH . X 12 HOH C 2 602 22 HOH HOH . X 12 HOH C 3 603 40 HOH HOH . X 12 HOH C 4 604 42 HOH HOH . X 12 HOH C 5 605 1 HOH HOH . X 12 HOH C 6 606 45 HOH HOH . X 12 HOH C 7 607 14 HOH HOH . X 12 HOH C 8 608 19 HOH HOH . X 12 HOH C 9 609 10 HOH HOH . X 12 HOH C 10 610 29 HOH HOH . X 12 HOH C 11 611 12 HOH HOH . X 12 HOH C 12 612 3 HOH HOH . X 12 HOH C 13 613 6 HOH HOH . X 12 HOH C 14 614 17 HOH HOH . X 12 HOH C 15 615 5 HOH HOH . X 12 HOH C 16 616 15 HOH HOH . X 12 HOH C 17 617 9 HOH HOH . X 12 HOH C 18 618 16 HOH HOH . X 12 HOH C 19 619 38 HOH HOH . X 12 HOH C 20 620 30 HOH HOH . X 12 HOH C 21 621 11 HOH HOH . X 12 HOH C 22 622 7 HOH HOH . X 12 HOH C 23 623 13 HOH HOH . X 12 HOH C 24 624 52 HOH HOH . X 12 HOH C 25 625 48 HOH HOH . Y 12 HOH D 1 601 43 HOH HOH . Y 12 HOH D 2 602 33 HOH HOH . Y 12 HOH D 3 603 44 HOH HOH . Z 12 HOH E 1 201 27 HOH HOH . Z 12 HOH E 2 202 49 HOH HOH . AA 12 HOH F 1 501 25 HOH HOH . AA 12 HOH F 2 502 20 HOH HOH . AA 12 HOH F 3 503 31 HOH HOH . AA 12 HOH F 4 504 26 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O1 MES . . . N 9 30.647 56.44 33.914 1 63.86 ? O1 MES 505 B 1 HETATM 2 C C2 MES . . . N 9 31.061 56.138 35.251 1 63.63 ? C2 MES 505 B 1 HETATM 3 C C3 MES . . . N 9 31.814 57.304 35.895 1 68.97 ? C3 MES 505 B 1 HETATM 4 N N4 MES . . . N 9 31.095 58.491 35.453 1 71.99 ? N4 MES 505 B 1 HETATM 5 C C5 MES . . . N 9 31.207 58.798 34.027 1 68.02 ? C5 MES 505 B 1 HETATM 6 C C6 MES . . . N 9 31.423 57.473 33.307 1 65.17 ? C6 MES 505 B 1 HETATM 7 C C7 MES . . . N 9 31.11 59.624 36.388 1 77.74 ? C7 MES 505 B 1 HETATM 8 C C8 MES . . . N 9 32.297 60.546 36.126 1 86.36 ? C8 MES 505 B 1 HETATM 9 S S MES . . . N 9 32.371 61.724 37.305 1 87.17 ? S MES 505 B 1 HETATM 10 O O1S MES . . . N 9 33.722 62.333 37.293 1 91.37 ? O1S MES 505 B 1 HETATM 11 O O2S MES . . . N 9 31.366 62.774 37.016 1 84.94 ? O2S MES 505 B 1 HETATM 12 O O3S MES . . . N 9 32.094 61.123 38.634 1 80.11 ? O3S MES 505 B 1 HETATM 13 H H21 MES . . . N 9 31.723 55.271 35.216 1 63.63 ? H21 MES 505 B 1 HETATM 14 H H22 MES . . . N 9 30.197 55.872 35.864 1 63.63 ? H22 MES 505 B 1 HETATM 15 H H31 MES . . . N 9 32.854 57.333 35.566 1 68.97 ? H31 MES 505 B 1 HETATM 16 H H32 MES . . . N 9 31.783 57.22 36.983 1 68.97 ? H32 MES 505 B 1 HETATM 17 H HN4 MES . . . N 9 30.135 58.187 35.519 1 71.99 ? HN4 MES 505 B 1 HETATM 18 H H51 MES . . . N 9 32.045 59.476 33.851 1 68.02 ? H51 MES 505 B 1 HETATM 19 H H52 MES . . . N 9 30.294 59.282 33.673 1 68.02 ? H52 MES 505 B 1 HETATM 20 H H61 MES . . . N 9 32.48 57.203 33.355 1 65.17 ? H61 MES 505 B 1 HETATM 21 H H62 MES . . . N 9 31.148 57.575 32.255 1 65.17 ? H62 MES 505 B 1 HETATM 22 H H71 MES . . . N 9 30.182 60.191 36.285 1 77.74 ? H71 MES 505 B 1 HETATM 23 H H72 MES . . . N 9 31.161 59.249 37.412 1 77.74 ? H72 MES 505 B 1 HETATM 24 H H81 MES . . . N 9 33.222 59.965 36.128 1 86.36 ? H81 MES 505 B 1 HETATM 25 H H82 MES . . . N 9 32.191 61.013 35.145 1 86.36 ? H82 MES 505 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 81 _model_server_stats.parse_time_ms 34 _model_server_stats.create_model_time_ms 65 _model_server_stats.query_time_ms 285 _model_server_stats.encode_time_ms 38 _model_server_stats.element_count 25 #