data_6J42
#
_model_server_result.job_id            YY7h-Ir8Dmvmv8b-tPpsQg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-25 20:23:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6j42 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    6J42 
#
_exptl.entry_id    6J42 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6J42 
_cell.length_a            102.07 
_cell.length_b            102.07 
_cell.length_c            138.98 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6J42 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        92 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 41 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 7_555 y,x,-z 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 0 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 35 A GLU 35 1_555 D MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 35 A GLU 35 1_555 D MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 56 A ASP 56 1_555 F CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 56 A ASP 56 1_555 F CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 60 A ASP 60 1_555 F CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 60 A ASP 60 1_555 F CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 65 A GLU 65 1_555 D MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 65 A GLU 65 1_555 E MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc9 A ND1 HIS 68 A HIS 68 1_555 D MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc10 A O GLN 107 A GLN 107 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASN 109 A ASN 109 1_555 K CA CA . B CA 303 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? 
metalc ? metalc12 A OE1 GLU 133 A GLU 133 1_555 E MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc13 A OE2 GLU 133 A GLU 133 1_555 E MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc14 A OE2 GLU 163 A GLU 163 1_555 D MN MN . A MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc15 A OE1 GLU 163 A GLU 163 1_555 E MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.968 ? 
metalc ? metalc16 A ND1 HIS 166 A HIS 166 1_555 E MN MN . A MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc17 A OD1 ASN 199 A ASN 199 1_555 F CA CA . A CA 303 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc18 A O SER 201 A SER 201 1_555 F CA CA . A CA 303 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc19 D MN MN . A MN 301 1_555 P O HOH . A HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc20 E MN MN . A MN 302 1_555 P O HOH . A HOH 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc21 G CA CA . A CA 304 7_555 B O GLN 107 B GLN 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc22 G CA CA . A CA 304 1_555 Q O HOH . B HOH 409 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc23 G CA CA . A CA 304 1_555 C O GLN 107 C GLN 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? 
metalc ? metalc24 B OE1 GLU 35 B GLU 35 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 56 B ASP 56 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc26 B OD2 ASP 56 B ASP 56 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? 
metalc ? metalc27 B OD1 ASP 60 B ASP 60 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc28 B OD2 ASP 60 B ASP 60 1_555 L CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc29 B OE1 GLU 65 B GLU 65 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc30 B OE2 GLU 65 B GLU 65 1_555 J MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc31 B ND1 HIS 68 B HIS 68 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc32 B OD1 ASN 109 B ASN 109 1_555 K CA CA . B CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc33 B OE2 GLU 133 B GLU 133 1_555 J MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.856 ? 
metalc ? metalc34 B OE2 GLU 163 B GLU 163 1_555 I MN MN . B MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc35 B OE1 GLU 163 B GLU 163 1_555 J MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc36 B ND1 HIS 166 B HIS 166 1_555 J MN MN . B MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc37 B OD1 ASN 199 B ASN 199 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
metalc ? metalc38 B O SER 201 B SER 201 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? 
metalc ? metalc39 I MN MN . B MN 301 1_555 Q O HOH . B HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc40 J MN MN . B MN 302 1_555 Q O HOH . B HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc41 K CA CA . B CA 303 7_555 C OD1 ASN 109 C ASN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc42 K CA CA . B CA 303 1_555 R O HOH . C HOH 413 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc43 L CA CA . B CA 304 1_555 C OD1 ASN 199 C ASN 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc44 L CA CA . B CA 304 1_555 C O SER 201 C SER 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc45 L CA CA . B CA 304 1_555 R O HOH . C HOH 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? 
metalc ? metalc46 C OE1 GLU 35 C GLU 35 1_555 M MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc47 C OE2 GLU 35 C GLU 35 1_555 M MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc48 C OD1 ASP 56 C ASP 56 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc49 C OD2 ASP 56 C ASP 56 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc50 C OD1 ASP 60 C ASP 60 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc51 C OD2 ASP 60 C ASP 60 1_555 O CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.661 ? 
metalc ? metalc52 C OE2 GLU 65 C GLU 65 1_555 M MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc53 C OE1 GLU 65 C GLU 65 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc54 C ND1 HIS 68 C HIS 68 1_555 M MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc55 C OE1 GLU 133 C GLU 133 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc56 C OE2 GLU 133 C GLU 133 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc57 C OE2 GLU 163 C GLU 163 1_555 M MN MN . C MN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc58 C OE1 GLU 163 C GLU 163 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
metalc ? metalc59 C ND1 HIS 166 C HIS 166 1_555 N MN MN . C MN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6J42 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009797 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009797 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007195 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 MN A 1 301 301 MN MN . 
E 2 MN A 1 302 302 MN MN . 
F 3 CA A 1 303 303 CA CA . 
G 3 CA A 1 304 304 CA CA . 
H 4 PG4 A 1 305 501 PG4 PG4 . 
I 2 MN B 1 301 301 MN MN . 
J 2 MN B 1 302 302 MN MN . 
K 3 CA B 1 303 303 CA CA . 
L 3 CA B 1 304 304 CA CA . 
M 2 MN C 1 301 301 MN MN . 
N 2 MN C 1 302 302 MN MN . 
O 3 CA C 1 303 303 CA CA . 
P 5 HOH A 1 401 12 HOH HOH . 
P 5 HOH A 2 402 66 HOH HOH . 
P 5 HOH A 3 403 13 HOH HOH . 
P 5 HOH A 4 404 5 HOH HOH . 
P 5 HOH A 5 405 4 HOH HOH . 
P 5 HOH A 6 406 58 HOH HOH . 
P 5 HOH A 7 407 21 HOH HOH . 
P 5 HOH A 8 408 18 HOH HOH . 
P 5 HOH A 9 409 57 HOH HOH . 
P 5 HOH A 10 410 48 HOH HOH . 
P 5 HOH A 11 411 33 HOH HOH . 
P 5 HOH A 12 412 67 HOH HOH . 
P 5 HOH A 13 413 24 HOH HOH . 
P 5 HOH A 14 414 32 HOH HOH . 
P 5 HOH A 15 415 37 HOH HOH . 
P 5 HOH A 16 416 35 HOH HOH . 
P 5 HOH A 17 417 20 HOH HOH . 
P 5 HOH A 18 418 6 HOH HOH . 
P 5 HOH A 19 419 59 HOH HOH . 
P 5 HOH A 20 420 15 HOH HOH . 
P 5 HOH A 21 421 50 HOH HOH . 
P 5 HOH A 22 422 43 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 1 401 23 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 2 402 40 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 3 403 9 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 4 404 10 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 5 405 14 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 6 406 47 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 7 407 49 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 8 408 22 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 9 409 1 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 10 410 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 11 411 64 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 12 412 69 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 13 413 52 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 14 414 16 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 15 415 65 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 16 416 30 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 17 417 39 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 18 418 60 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 19 419 8 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 20 420 34 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 21 421 7 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 22 422 61 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 23 423 28 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 24 424 42 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 25 425 44 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 26 426 62 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 27 427 51 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 28 428 63 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 29 429 45 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 30 430 31 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 31 431 25 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 32 432 56 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 33 433 38 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 34 434 41 HOH HOH . 
Q 5 HOH B 35 435 36 HOH HOH . 
R 5 HOH C 1 401 53 HOH HOH . 
R 5 HOH C 2 402 3 HOH HOH . 
R 5 HOH C 3 403 70 HOH HOH . 
R 5 HOH C 4 404 54 HOH HOH . 
R 5 HOH C 5 405 46 HOH HOH . 
R 5 HOH C 6 406 26 HOH HOH . 
R 5 HOH C 7 407 17 HOH HOH . 
R 5 HOH C 8 408 29 HOH HOH . 
R 5 HOH C 9 409 27 HOH HOH . 
R 5 HOH C 10 410 19 HOH HOH . 
R 5 HOH C 11 411 55 HOH HOH . 
R 5 HOH C 12 412 68 HOH HOH . 
R 5 HOH C 13 413 11 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         D 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -13.888 
_atom_site.Cartn_y               -32.775 
_atom_site.Cartn_z               -7.456 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        38.09 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           301 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              9 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    6 
_model_server_stats.query_time_ms           297 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#