data_6JQ6 # _model_server_result.job_id MlaVQIMzaYjKQWTnkNcxGQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 17:03:35' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6jq6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":101}' # _entry.id 6JQ6 # _exptl.entry_id 6JQ6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 294.4 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRIDIUM HEXAMMINE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6JQ6 _cell.length_a 91.83 _cell.length_b 91.83 _cell.length_c 140.627 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6JQ6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 182 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 63 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 11_555 -x+y,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 70.3135 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 U 1 U U 1 1_555 A N1 A 19 U A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 U 1 U U 1 1_555 A N6 A 19 U A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N3 U 2 U U 2 1_555 A N1 A 18 U A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A O4 U 2 U U 2 1_555 A N6 A 18 U A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N1 A 3 U A 3 1_555 A N3 U 17 U U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N6 A 3 U A 3 1_555 A O4 U 17 U U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog7 A N6 A 3 U A 3 1_555 A O4 U 59 U U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog8 A N7 A 3 U A 3 1_555 A N3 U 59 U U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 C 4 U C 4 1_555 A N1 G 16 U G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 C 4 U C 4 1_555 A O6 G 16 U G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 C 4 U C 4 1_555 A N2 G 16 U G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 U 5 U U 5 1_555 A N1 A 15 U A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O4 U 5 U U 5 1_555 A N6 A 15 U A 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 G 6 U G 6 1_555 A N3 C 14 U C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N2 G 6 U G 6 1_555 A O2 C 14 U C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O6 G 6 U G 6 1_555 A N4 C 14 U C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog17 A N3 U 7 U U 7 1_555 A N7 A 11 U A 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog18 A O2 U 7 U U 7 1_555 A N6 A 11 U A 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog19 A N2 G 8 U G 8 1_555 A O4 U 39 U U 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog20 A N3 U 13 U U 13 1_555 A O2 U 37 U U 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog21 A N3 C 20 U C 20 1_555 A N2 G 30 U G 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog22 A O2 C 20 U C 20 1_555 A N1 G 30 U G 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog23 A N6 A 21 U A 21 1_555 A O2 U 28 U U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog24 A N7 A 21 U A 21 1_555 A N3 U 28 U U 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 G 31 U G 31 1_555 A N3 C 64 U C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N2 G 31 U G 31 1_555 A O2 C 64 U C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O6 G 31 U G 31 1_555 A N4 C 64 U C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog28 A N1 G 32 U G 32 1_555 A O2 U 62 U U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog29 A O6 G 32 U G 32 1_555 A N3 U 62 U U 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N3 C 33 U C 33 1_555 A N1 G 61 U G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N4 C 33 U C 33 1_555 A O6 G 61 U G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O2 C 33 U C 33 1_555 A N2 G 61 U G 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 U 34 U U 34 1_555 A N1 A 60 U A 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O4 U 34 U U 34 1_555 A N6 A 60 U A 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 A 36 U A 36 1_555 A N3 U 58 U U 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N6 A 36 U A 36 1_555 A O4 U 58 U U 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 U 37 U U 37 1_555 A N1 A 57 U A 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O4 U 37 U U 37 1_555 A N6 A 57 U A 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 A 38 U A 38 1_555 A N3 U 56 U U 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N6 A 38 U A 38 1_555 A O4 U 56 U U 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 C 40 U C 40 1_555 A N1 G 55 U G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N4 C 40 U C 40 1_555 A O6 G 55 U G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O2 C 40 U C 40 1_555 A N2 G 55 U G 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N3 U 41 U U 41 1_555 A N1 A 54 U A 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O4 U 41 U U 41 1_555 A N6 A 54 U A 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N1 A 42 U A 42 1_555 A N3 U 53 U U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N6 A 42 U A 42 1_555 A O4 U 53 U U 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N1 A 43 U A 43 1_555 A N3 U 52 U U 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N6 A 43 U A 43 1_555 A O4 U 52 U U 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N3 U 44 U U 44 1_555 A N1 A 51 U A 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O4 U 44 U U 44 1_555 A N6 A 51 U A 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N3 C 45 U C 45 1_555 A N1 G 50 U G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N4 C 45 U C 45 1_555 A O6 G 50 U G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O2 C 45 U C 45 1_555 A N2 G 50 U G 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog55 A N1 G 63 U G 63 1_555 A O6 G 66 U G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog56 A N2 G 63 U G 63 1_555 A N7 G 66 U G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog57 A N3 G 69 U G 69 1_555 A N6 A 72 U A 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'H18 Ir N6 3' _chem_comp.formula_weight 294.4 _chem_comp.id IRI _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRIDIUM HEXAMMINE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag IR N1 IRI sing 118 n n IR N2 IRI sing 119 n n IR N3 IRI sing 120 n n IR N4 IRI sing 121 n n IR N5 IRI sing 122 n n IR N6 IRI sing 123 n n N1 HN11 IRI sing 124 n n N1 HN12 IRI sing 125 n n N1 HN13 IRI sing 126 n n N2 HN21 IRI sing 127 n n N2 HN22 IRI sing 128 n n N2 HN23 IRI sing 129 n n N3 HN31 IRI sing 130 n n N3 HN32 IRI sing 131 n n N3 HN33 IRI sing 132 n n N4 HN41 IRI sing 133 n n N4 HN42 IRI sing 134 n n N4 HN43 IRI sing 135 n n N5 HN51 IRI sing 136 n n N5 HN52 IRI sing 137 n n N5 HN53 IRI sing 138 n n N6 HN61 IRI sing 139 n n N6 HN62 IRI sing 140 n n N6 HN63 IRI sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 6JQ6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01089 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006287 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012574 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007111 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 IRI U 1 101 1 IRI IRI . C 3 HOH U 1 201 5 HOH HOH . C 3 HOH U 2 202 8 HOH HOH . C 3 HOH U 3 203 3 HOH HOH . C 3 HOH U 4 204 1 HOH HOH . C 3 HOH U 5 205 6 HOH HOH . C 3 HOH U 6 206 2 HOH HOH . C 3 HOH U 7 207 10 HOH HOH . C 3 HOH U 8 208 12 HOH HOH . C 3 HOH U 9 209 11 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 IR IR IRI . . . B 2 14.458 42.554 52.16 1 115.52 ? IR IRI 101 U 1 HETATM 2 N N1 IRI . . . B 2 13.811 42.225 54.302 1 87.6 ? N1 IRI 101 U 1 HETATM 3 N N2 IRI . . . B 2 15.746 40.712 52.299 1 50.03 ? N2 IRI 101 U 1 HETATM 4 N N3 IRI . . . B 2 15.037 42.89 49.989 1 69.68 ? N3 IRI 101 U 1 HETATM 5 N N4 IRI . . . B 2 13.173 44.403 52.017 1 97.13 ? N4 IRI 101 U 1 HETATM 6 N N5 IRI . . . B 2 12.711 41.325 51.456 1 78.88 ? N5 IRI 101 U 1 HETATM 7 N N6 IRI . . . B 2 16.227 43.759 52.879 1 65.18 ? N6 IRI 101 U 1 # _model_server_stats.io_time_ms 76 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 277 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 7 #