data_6KHI # _model_server_result.job_id 6onx-6xnEepdU_exOk4sDA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-06 23:40:43' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6khi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 6KHI # _exptl.entry_id 6KHI _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 26 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details eicosameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 20 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 26 IA N N ? 26 JA N N ? 26 KA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 I SG CYS 63 I CYS 63 1_555 JA FE3 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc2 I SG CYS 66 I CYS 66 1_555 JA FE1 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc3 I SG CYS 69 I CYS 69 1_555 JA FE2 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc4 I SG CYS 73 I CYS 73 1_555 IA FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc5 I SG CYS 103 I CYS 103 1_555 IA FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc6 I SG CYS 106 I CYS 106 1_555 IA FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc7 I SG CYS 109 I CYS 109 1_555 IA FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc8 I SG CYS 113 I CYS 113 1_555 JA FE4 SF4 . I SF4 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc9 K SG CYS 52 K CYS 52 1_555 KA FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc10 K SG CYS 53 K CYS 53 1_555 KA FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc11 K SG CYS 117 K CYS 117 1_555 KA FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc12 K SG CYS 148 K CYS 148 1_555 KA FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc13 T SG CYS 41 1 CYS 41 1_555 MA FE1 FES . 1 FES 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc14 T SG CYS 46 1 CYS 46 1_555 MA FE1 FES . 1 FES 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc15 T SG CYS 49 1 CYS 49 1_555 MA FE2 FES . 1 FES 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc16 T SG CYS 79 1 CYS 79 1_555 MA FE2 FES . 1 FES 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 816 n n FE1 S3 SF4 sing 817 n n FE1 S4 SF4 sing 818 n n FE2 S1 SF4 sing 819 n n FE2 S3 SF4 sing 820 n n FE2 S4 SF4 sing 821 n n FE3 S1 SF4 sing 822 n n FE3 S2 SF4 sing 823 n n FE3 S4 SF4 sing 824 n n FE4 S1 SF4 sing 825 n n FE4 S2 SF4 sing 826 n n FE4 S3 SF4 sing 827 n n # _atom_sites.entry_id 6KHI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code U 21 DGD A 1 401 401 DGD DGD . V 21 DGD A 1 402 402 DGD DGD . W 22 LHG B 1 601 502 LHG LHG . X 23 SQD C 1 201 201 SQD SQD . Y 22 LHG C 1 202 202 LHG LHG . Z 23 SQD D 1 601 501 SQD SQD . AA 24 BCR D 1 602 601 BCR BCR . BA 24 BCR D 1 603 602 BCR BCR . CA 25 LMG F 1 701 701 LMG LMG . DA 22 LHG F 1 702 702 LHG LHG . EA 25 LMG F 1 703 703 LMG LMG . FA 22 LHG F 1 704 704 LHG LHG . GA 22 LHG F 1 705 705 LHG LHG . HA 22 LHG I 1 201 404 LHG LHG . IA 26 SF4 I 1 202 201 SF4 SF4 . JA 26 SF4 I 1 203 202 SF4 SF4 . KA 26 SF4 K 1 301 301 SF4 SF4 . LA 23 SQD L 1 101 101 SQD SQD . MA 27 FES 1 1 101 101 FES FES . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . KA 26 -39.652 46.344 46.411 1 32.9 ? FE1 SF4 301 K 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . KA 26 -37.521 44.907 47.126 1 32.52 ? FE2 SF4 301 K 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . KA 26 -38.029 45.403 44.501 1 32.52 ? FE3 SF4 301 K 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . KA 26 -39.651 43.712 45.906 1 32.52 ? FE4 SF4 301 K 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . KA 26 -37.466 43.387 45.432 1 32.52 ? S1 SF4 301 K 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . KA 26 -40.283 45.381 44.474 1 32.52 ? S2 SF4 301 K 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . KA 26 -39.609 44.682 47.963 1 32.52 ? S3 SF4 301 K 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . KA 26 -37.545 46.956 46.095 1 32.52 ? S4 SF4 301 K 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 117 _model_server_stats.query_time_ms 367 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 8 #