data_6KJ6 # _model_server_result.job_id KjrtYxntf-rbiEBrJSFV6w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 09:26:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6kj6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":2002}' # _entry.id 6KJ6 # _exptl.entry_id 6KJ6 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 10 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6KJ6 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6KJ6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 10 K N N ? 10 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D SG CYS 70 D CYS 70 1_555 K ZN ZN . D ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc2 D SG CYS 72 D CYS 72 1_555 K ZN ZN . D ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc3 D SG CYS 85 D CYS 85 1_555 K ZN ZN . D ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc4 D SG CYS 88 D CYS 88 1_555 K ZN ZN . D ZN 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc5 D OD1 ASP 460 D ASP 460 1_555 M MG MG . I MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc6 D OD1 ASP 464 D ASP 464 1_555 M MG MG . I MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc7 D OD2 ASP 464 D ASP 464 1_555 M MG MG . I MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc8 D SG CYS 814 D CYS 814 1_555 L ZN ZN . D ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 888 D CYS 888 1_555 L ZN ZN . D ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 898 D CYS 898 1_555 L ZN ZN . D ZN 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc11 I O3' A 5 I A 17 1_555 M MG MG . I MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc12 I O2' A 5 I A 17 1_555 M MG MG . I MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog1 G N3 DT 3 G DT 2 1_555 H N1 DA 49 H DA 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog2 G O6 DG 4 G DG 3 1_555 H N1 DG 47 H DG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog3 G N2 DG 4 G DG 3 1_555 H O2 DC 48 H DC 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog4 G N3 DC 5 G DC 4 1_555 H N2 DG 47 H DG 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G N1 DA 6 G DA 5 1_555 H N3 DT 46 H DT 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G N6 DA 6 G DA 5 1_555 H O4 DT 46 H DT 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog7 G O2 DC 8 G DC 7 1_555 H N2 DG 44 H DG 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog8 G O2 DC 9 G DC 8 1_555 H N2 DG 43 H DG 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog9 G N2 DG 10 G DG 9 1_555 H O2 DC 42 H DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G N3 DT 11 G DT 10 1_555 H N1 DA 41 H DA 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G O4 DT 11 G DT 10 1_555 H N6 DA 41 H DA 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G N1 DG 12 G DG 11 1_555 H N3 DC 40 H DC 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N2 DG 12 G DG 11 1_555 H O2 DC 40 H DC 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G O6 DG 12 G DG 11 1_555 H N4 DC 40 H DC 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G N3 DC 13 G DC 12 1_555 H N1 DG 39 H DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N4 DC 13 G DC 12 1_555 H O6 DG 39 H DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G O2 DC 13 G DC 12 1_555 H N2 DG 39 H DG 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N3 DT 15 G DT 14 1_555 I N1 A 5 I A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G O4 DT 15 G DT 14 1_555 I N6 A 5 I A 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-G PAIR' hydrog20 G N3 DC 16 G DC 15 1_555 I N2 G 4 I G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N1 DG 17 G DG 16 1_555 I N3 C 3 I C 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N2 DG 17 G DG 16 1_555 I O2 C 3 I C 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G O6 DG 17 G DG 16 1_555 I N4 C 3 I C 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N1 DA 18 G DA 17 1_555 I N3 U 2 I U 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N6 DA 18 G DA 17 1_555 I O4 U 2 I U 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-C PAIR' hydrog26 G O6 DG 19 G DG 18 1_555 I N4 C 1 I C 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog27 G N1 DA 27 G DA 26 1_555 H N3 DT 25 H DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N1 DG 28 G DG 27 1_555 H N3 DC 24 H DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G N2 DG 28 G DG 27 1_555 H O2 DC 24 H DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G O6 DG 28 G DG 27 1_555 H N4 DC 24 H DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N3 DC 29 G DC 28 1_555 H N1 DG 23 H DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G N4 DC 29 G DC 28 1_555 H O6 DG 23 H DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G O2 DC 29 G DC 28 1_555 H N2 DG 23 H DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G N1 DA 30 G DA 29 1_555 H N3 DT 22 H DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G N6 DA 30 G DA 29 1_555 H O4 DT 22 H DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N3 DT 31 G DT 30 1_555 H N1 DA 21 H DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G O4 DT 31 G DT 30 1_555 H N6 DA 21 H DA 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog38 G N1 DA 32 G DA 31 1_555 H N3 DT 20 H DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog39 G O2 DC 33 G DC 32 1_555 H N2 DG 19 H DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog40 G N1 DG 34 G DG 33 1_555 H N1 DA 17 H DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog41 G O6 DG 34 G DG 33 1_555 H N6 DA 17 H DA 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog42 G N2 DG 36 G DG 35 1_555 H O2 DC 16 H DC 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog43 G O6 DG 38 G DG 37 1_555 H N4 DC 13 H DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog44 G N2 DG 38 G DG 37 1_555 H N3 DC 14 H DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog45 G N1 DG 39 G DG 38 1_555 H N1 DA 12 H DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog46 G O6 DG 39 G DG 38 1_555 H N6 DA 12 H DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 G N3 DT 40 G DT 39 1_555 H N1 DA 12 H DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 G O4 DT 40 G DT 39 1_555 H N6 DA 12 H DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G N3 DC 42 G DC 41 1_555 H N1 DG 10 H DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G N4 DC 42 G DC 41 1_555 H O6 DG 10 H DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G O2 DC 42 G DC 41 1_555 H N2 DG 10 H DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog52 G N1 DG 43 G DG 42 1_555 H O4 DT 8 H DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog53 G N2 DG 43 G DG 42 1_555 H N3 DC 9 H DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog54 G N1 DA 44 G DA 43 1_555 H N3 DT 8 H DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 G N3 DT 45 G DT 44 1_555 H N1 DA 7 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 G O4 DT 45 G DT 44 1_555 H N6 DA 7 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog57 G N2 DG 46 G DG 45 1_555 H O2 DC 6 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog58 G N3 DT 47 G DT 46 1_555 H N1 DA 5 H DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog59 G N3 DC 48 G DC 47 1_555 H N2 DG 4 H DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6KJ6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 10 ZN D 1 2001 2001 ZN ZN . L 10 ZN D 1 2002 2002 ZN ZN . M 11 MG I 1 101 2003 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 10 _atom_site.Cartn_x 149.962 _atom_site.Cartn_y 140.872 _atom_site.Cartn_z 93.011 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 77.46 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 2002 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 153 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 43 _model_server_stats.query_time_ms 322 _model_server_stats.encode_time_ms 23 _model_server_stats.element_count 1 #