data_6KLX # _model_server_result.job_id HPrp2INBTWPhr5In393z1w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 13:46:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6klx # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":1001}' # _entry.id 6KLX # _exptl.entry_id 6KLX _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6KLX _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6KLX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 R N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 10 A ASP 219 1_555 I CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 12 A ASP 221 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 12 A ASP 221 1_555 I CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 14 A ASP 223 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.072 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 14 A ASP 223 1_555 I CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc6 A O ILE 16 A ILE 225 1_555 I CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 21 A GLU 230 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 21 A GLU 230 1_555 I CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc9 A O SER 50 A SER 259 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc10 A O GLU 53 A GLU 262 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 63 A ASP 272 1_555 H CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 10 B ASP 219 1_555 K CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 12 B ASP 221 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 12 B ASP 221 1_555 K CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 14 B ASP 223 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 14 B ASP 223 1_555 K CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc17 B O ILE 16 B ILE 225 1_555 K CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 21 B GLU 230 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 21 B GLU 230 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 21 B GLU 230 1_555 K CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc21 B O SER 50 B SER 259 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc22 B O GLU 53 B GLU 262 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 63 B ASP 272 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 10 C ASP 219 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 12 C ASP 221 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 12 C ASP 221 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 12 C ASP 221 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 14 C ASP 223 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.896 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 14 C ASP 223 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc30 C O ILE 16 C ILE 225 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 21 C GLU 230 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc32 C OE2 GLU 21 C GLU 230 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc33 C OE2 GLU 21 C GLU 230 1_555 M CA CA . C CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc34 C O SER 50 C SER 259 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc35 C O GLU 53 C GLU 262 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc36 C OD2 ASP 63 C ASP 272 1_555 L CA CA . C CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 10 D ASP 219 1_555 O CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 12 D ASP 221 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 12 D ASP 221 1_555 O CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 14 D ASP 223 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 14 D ASP 223 1_555 O CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc42 D O ILE 16 D ILE 225 1_555 O CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 21 D GLU 230 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc44 D OE2 GLU 21 D GLU 230 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc45 D OE2 GLU 21 D GLU 230 1_555 O CA CA . D CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc46 D O SER 50 D SER 259 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc47 D O GLU 53 D GLU 262 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc48 D OD2 ASP 63 D ASP 272 1_555 N CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc49 E OD1 ASP 10 E ASP 219 1_555 Q CA CA . E CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc50 E OD2 ASP 12 E ASP 221 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc51 E OD1 ASP 12 E ASP 221 1_555 Q CA CA . E CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc52 E OD2 ASP 14 E ASP 223 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc53 E OD1 ASP 14 E ASP 223 1_555 Q CA CA . E CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc54 E O ILE 16 E ILE 225 1_555 Q CA CA . E CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc55 E OE1 GLU 21 E GLU 230 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc56 E OE2 GLU 21 E GLU 230 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.176 ? metalc ? metalc57 E OE2 GLU 21 E GLU 230 1_555 Q CA CA . E CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc58 E O SER 50 E SER 259 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc59 E O GLU 53 E GLU 262 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc60 E OD2 ASP 63 E ASP 272 1_555 P CA CA . E CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc61 F OD1 ASP 10 F ASP 219 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc62 F OD2 ASP 12 F ASP 221 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc63 F OD1 ASP 12 F ASP 221 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc64 F OD2 ASP 12 F ASP 221 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc65 F OD1 ASP 14 F ASP 223 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc66 F O ILE 16 F ILE 225 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc67 F OE1 GLU 21 F GLU 230 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc68 F OE2 GLU 21 F GLU 230 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.184 ? metalc ? metalc69 F OE2 GLU 21 F GLU 230 1_555 S CA CA . F CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc70 F O SER 50 F SER 259 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc71 F O GLU 53 F GLU 262 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc72 F OD2 ASP 63 F ASP 272 1_555 R CA CA . F CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc73 G OD1 ASP 10 G ASP 219 1_555 U CA CA . G CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc74 G OD2 ASP 12 G ASP 221 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc75 G OD1 ASP 12 G ASP 221 1_555 U CA CA . G CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc76 G OD2 ASP 14 G ASP 223 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc77 G OD1 ASP 14 G ASP 223 1_555 U CA CA . G CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc78 G O ILE 16 G ILE 225 1_555 U CA CA . G CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc79 G OE1 GLU 21 G GLU 230 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc80 G OE2 GLU 21 G GLU 230 1_555 U CA CA . G CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc81 G O SER 50 G SER 259 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc82 G O GLU 53 G GLU 262 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc83 G OD2 ASP 63 G ASP 272 1_555 T CA CA . G CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6KLX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 CA A 1 1001 1001 CA CA . I 2 CA A 1 1002 1002 CA CA . J 2 CA B 1 1001 1001 CA CA . K 2 CA B 1 1002 1002 CA CA . L 2 CA C 1 1001 1001 CA CA . M 2 CA C 1 1002 1002 CA CA . N 2 CA D 1 1001 1001 CA CA . O 2 CA D 1 1002 1002 CA CA . P 2 CA E 1 1001 1001 CA CA . Q 2 CA E 1 1002 1002 CA CA . R 2 CA F 1 1001 1001 CA CA . S 2 CA F 1 1002 1002 CA CA . T 2 CA G 1 1001 1001 CA CA . U 2 CA G 1 1002 1002 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id T _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 170.688 _atom_site.Cartn_y 151.416 _atom_site.Cartn_z 207.428 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 40.97 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1001 _atom_site.auth_asym_id G _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 31 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #