data_6KO5 # _model_server_result.job_id TaHB9E_V2ruV1DcxMm9jwQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 09:42:07' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ko5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1501}' # _entry.id 6KO5 # _exptl.entry_id 6KO5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 489.381 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 6-(4-bromanyl-2-fluoranyl-phenoxy)-2-methyl-3-[[(3~{S})-1-propan-2-ylpiperidin-3-yl]methyl]pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-one _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.26 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6KO5 _cell.length_a 253.76 _cell.length_b 44.75 _cell.length_c 94.4 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6KO5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 194 A CYS 116 1_555 A SG CYS 276 A CYS 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 22 H CYS 22 1_555 B SG CYS 96 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 133 H CYS 133 1_555 C SG CYS 219 L CYS 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 145 H CYS 145 1_555 B SG CYS 200 H CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 23 L CYS 23 1_555 C SG CYS 94 L CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 139 L CYS 139 1_555 C SG CYS 199 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? # _chem_comp.formula 'C23 H26 Br F N4 O2' _chem_comp.formula_weight 489.381 _chem_comp.id 8QX _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 6-(4-bromanyl-2-fluoranyl-phenoxy)-2-methyl-3-[[(3~{S})-1-propan-2-ylpiperidin-3-yl]methyl]pyrido[3,2-d]pyrimidin-4-one _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C30 C28 8QX sing 1 n n C28 N27 8QX sing 2 n n C28 C29 8QX sing 3 n n N27 C26 8QX sing 4 n n N27 C31 8QX sing 5 n n C05 C06 8QX doub 6 n y C05 C04 8QX sing 7 n y C26 C25 8QX sing 8 n n C06 C07 8QX sing 9 n y N03 C04 8QX sing 10 n n N03 C02 8QX doub 11 n n C01 C02 8QX sing 12 n n C04 C18 8QX doub 13 n y C25 C24 8QX sing 14 n n C31 C23 8QX sing 15 n n C02 N21 8QX sing 16 n n C10 C11 8QX doub 17 n y C10 C09 8QX sing 18 n y C07 O08 8QX sing 19 n n C07 N17 8QX doub 20 n y C23 C24 8QX sing 21 n n C23 C22 8QX sing 22 n n O08 C09 8QX sing 23 n n C11 C12 8QX sing 24 n y C18 N17 8QX sing 25 n y C18 C19 8QX sing 26 n n N21 C19 8QX sing 27 n n N21 C22 8QX sing 28 n n C09 C15 8QX doub 29 n y C19 O20 8QX doub 30 n n C12 BR1 8QX sing 31 n n C12 C14 8QX doub 32 n y C15 C14 8QX sing 33 n y C15 F16 8QX sing 34 n n C10 H1 8QX sing 35 n n C22 H2 8QX sing 36 n n C22 H3 8QX sing 37 n n C24 H4 8QX sing 38 n n C24 H5 8QX sing 39 n n C26 H6 8QX sing 40 n n C26 H7 8QX sing 41 n n C28 H8 8QX sing 42 n n C01 H9 8QX sing 43 n n C01 H10 8QX sing 44 n n C01 H11 8QX sing 45 n n C05 H12 8QX sing 46 n n C06 H13 8QX sing 47 n n C11 H14 8QX sing 48 n n C14 H15 8QX sing 49 n n C23 H16 8QX sing 50 n n C25 H17 8QX sing 51 n n C25 H18 8QX sing 52 n n C29 H20 8QX sing 53 n n C29 H21 8QX sing 54 n n C29 H22 8QX sing 55 n n C30 H23 8QX sing 56 n n C30 H24 8QX sing 57 n n C30 H25 8QX sing 58 n n C31 H26 8QX sing 59 n n C31 H27 8QX sing 60 n n # _atom_sites.entry_id 6KO5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003941 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000502 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.022346 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010679 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id D _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 4 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id 8QX _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id A _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 1501 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id 8QX _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id LIG _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C10 8QX . . . D 4 10.156 -14.935 14.187 1 68.79 ? C10 8QX 1501 A 1 HETATM 2 C C15 8QX . . . D 4 10.974 -15.121 16.44 1 66.9 ? C15 8QX 1501 A 1 HETATM 3 C C22 8QX . . . D 4 9.482 -22.639 15.609 1 58.96 ? C22 8QX 1501 A 1 HETATM 4 C C24 8QX . . . D 4 7.52 -24.029 15.001 1 41.94 ? C24 8QX 1501 A 1 HETATM 5 C C26 8QX . . . D 4 5.789 -23.146 13.458 1 59.93 ? C26 8QX 1501 A 1 HETATM 6 C C28 8QX . . . D 4 6.055 -21.119 12.65 1 54.8 ? C28 8QX 1501 A 1 HETATM 7 C C01 8QX . . . D 4 11.61 -23.763 13.921 1 54.06 ? C01 8QX 1501 A 1 HETATM 8 C C02 8QX . . . D 4 11.507 -22.268 14.221 1 61.19 ? C02 8QX 1501 A 1 HETATM 9 N N03 8QX . . . D 4 12.44 -21.468 13.678 1 65.39 ? N03 8QX 1501 A 1 HETATM 10 C C04 8QX . . . D 4 12.438 -20.106 13.891 1 68.33 ? C04 8QX 1501 A 1 HETATM 11 C C05 8QX . . . D 4 13.445 -19.252 13.302 1 71.01 ? C05 8QX 1501 A 1 HETATM 12 C C06 8QX . . . D 4 13.363 -17.875 13.575 1 77.7 ? C06 8QX 1501 A 1 HETATM 13 C C07 8QX . . . D 4 12.333 -17.377 14.388 1 79.07 ? C07 8QX 1501 A 1 HETATM 14 O O08 8QX . . . D 4 12.347 -15.962 14.604 1 85.25 ? O08 8QX 1501 A 1 HETATM 15 C C09 8QX . . . D 4 11.139 -15.351 15.086 1 71.68 ? C09 8QX 1501 A 1 HETATM 16 C C11 8QX . . . D 4 8.996 -14.319 14.656 1 80 ? C11 8QX 1501 A 1 HETATM 17 C C12 8QX . . . D 4 8.822 -14.101 16.017 1 89.15 ? C12 8QX 1501 A 1 HETATM 18 C C14 8QX . . . D 4 9.811 -14.502 16.91 1 78.96 ? C14 8QX 1501 A 1 HETATM 19 N N17 8QX . . . D 4 11.403 -18.197 14.929 1 73.43 ? N17 8QX 1501 A 1 HETATM 20 C C18 8QX . . . D 4 11.462 -19.567 14.675 1 70.52 ? C18 8QX 1501 A 1 HETATM 21 C C19 8QX . . . D 4 10.483 -20.457 15.24 1 73.19 ? C19 8QX 1501 A 1 HETATM 22 O O20 8QX . . . D 4 9.621 -20.018 15.925 1 75.13 ? O20 8QX 1501 A 1 HETATM 23 N N21 8QX . . . D 4 10.532 -21.766 15 1 69.51 ? N21 8QX 1501 A 1 HETATM 24 C C23 8QX . . . D 4 8.386 -22.97 14.537 1 42.17 ? C23 8QX 1501 A 1 HETATM 25 C C25 8QX . . . D 4 6.548 -24.373 13.989 1 53.99 ? C25 8QX 1501 A 1 HETATM 26 N N27 8QX . . . D 4 6.673 -22.069 13.076 1 57.19 ? N27 8QX 1501 A 1 HETATM 27 C C29 8QX . . . D 4 5.204 -20.44 13.734 1 55.03 ? C29 8QX 1501 A 1 HETATM 28 C C30 8QX . . . D 4 6.984 -20.14 11.923 1 50.21 ? C30 8QX 1501 A 1 HETATM 29 C C31 8QX . . . D 4 7.587 -21.724 14.136 1 48.32 ? C31 8QX 1501 A 1 HETATM 30 BR BR1 8QX . . . D 4 7.201 -13.237 16.681 1 98.25 ? BR1 8QX 1501 A 1 HETATM 31 F F16 8QX . . . D 4 11.941 -15.512 17.321 1 65.36 ? F16 8QX 1501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 63 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #