data_6KOD
#
_model_server_result.job_id            evufvWYjEhLfHjugkTseXA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 22:24:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6kod 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":509}' 
#
_entry.id    6KOD 
#
_exptl.entry_id    6KOD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              63.546 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'COPPER (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    52 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          107.434 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6KOD 
_cell.length_a            72.498 
_cell.length_b            189.261 
_cell.length_c            94.933 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6KOD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2yb' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 1 1 
C,D,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
? 3 Y N N 
? 3 Z N N 
? 3 AA N N 
? 3 BA N N 
? 3 CA N N 
? 3 DA N N 
? 3 EA N N 
? 3 FA N N 
? 3 HA N N 
? 3 JA N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
? 3 MA N N 
? 3 NA N N 
? 3 OA N N 
? 3 PA N N 
? 3 QA N N 
? 3 RA N N 
? 3 SA N N 
? 3 TA N N 
? 3 UA N N 
? 3 VA N N 
? 3 WA N N 
? 3 YA N N 
? 3 ZA N N 
? 3 AB N N 
? 3 BB N N 
? 3 CB N N 
? 3 DB N N 
? 3 EB N N 
? 3 FB N N 
? 3 GB N N 
? 3 HB N N 
? 3 IB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 63 A HIS 56 1_555 I CU CU . A CU 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc2 A NE2 HIS 68 A HIS 61 1_555 J CU CU . A CU 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 91 A HIS 84 1_555 K CU CU . A CU 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc4 A NE2 HIS 112 A HIS 105 1_555 N CU CU . A CU 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc5 A NE2 HIS 117 A HIS 110 1_555 P CU CU . A CU 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc6 A ND1 HIS 167 A HIS 160 1_555 H CU CU . A CU 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc7 A NE2 HIS 242 A HIS 235 1_555 Q CU CU . A CU 513 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? 
metalc ? metalc8 A NE2 HIS 245 A HIS 238 1_555 S CU CU . A CU 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 267 A HIS 260 1_555 G CU CU . A CU 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc10 A ND1 HIS 288 A HIS 281 1_555 M CU CU . A CU 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc11 B NE2 HIS 63 B HIS 56 1_555 W CU CU . B CU 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc12 B NE2 HIS 68 B HIS 61 1_555 X CU CU . B CU 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? 
metalc ? metalc13 B NE2 HIS 91 B HIS 84 1_555 V CU CU . B CU 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? 
metalc ? metalc14 B NE2 HIS 112 B HIS 105 1_555 Z CU CU . B CU 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc15 B ND1 HIS 167 B HIS 160 1_555 U CU CU . B CU 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc16 B NE2 HIS 234 B HIS 227 1_555 DA CU CU . B CU 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc17 B NE2 HIS 267 B HIS 260 1_555 Y CU CU . B CU 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc18 C NE2 HIS 63 C HIS 56 1_555 KA CU CU . C CU 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc19 C NE2 HIS 91 C HIS 84 1_555 OA CU CU . C CU 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc20 C NE2 HIS 112 C HIS 105 1_555 MA CU CU . C CU 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc21 C ND1 HIS 167 C HIS 160 1_555 SA CU CU . C CU 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
metalc ? metalc22 C NE2 HIS 228 C HIS 221 1_555 NA CU CU . C CU 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? 
metalc ? metalc23 C NE2 HIS 234 C HIS 227 1_555 VA CU CU . C CU 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc24 C NE2 HIS 267 C HIS 260 1_555 LA CU CU . C CU 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc25 D NE2 HIS 63 D HIS 56 1_555 YA CU CU . D CU 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc26 D NE2 HIS 68 D HIS 61 1_555 IB CU CU . D CU 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc27 D NE2 HIS 91 D HIS 84 1_555 BB CU CU . D CU 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc28 D NE2 HIS 117 D HIS 110 1_555 HB CU CU . D CU 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? 
metalc ? metalc29 D NE2 HIS 126 D HIS 119 1_555 CB CU CU . D CU 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc30 D ND1 HIS 167 D HIS 160 1_555 ZA CU CU . D CU 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc31 D NE2 HIS 234 D HIS 227 1_555 EB CU CU . D CU 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc32 D NE2 HIS 288 D HIS 281 1_555 DB CU CU . D CU 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
#
_chem_comp.formula           'Cu 2' 
_chem_comp.formula_weight    63.546 
_chem_comp.id                CU 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'COPPER (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6KOD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013793 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004332 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005284 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011041 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 FAD A 1 501 442 FAD FAD . 
F 3 CU A 1 502 443 CU CU . 
G 3 CU A 1 503 444 CU CU . 
H 3 CU A 1 504 445 CU CU . 
I 3 CU A 1 505 446 CU CU . 
J 3 CU A 1 506 447 CU CU . 
K 3 CU A 1 507 448 CU CU . 
L 3 CU A 1 508 449 CU CU . 
M 3 CU A 1 509 450 CU CU . 
N 3 CU A 1 510 451 CU CU . 
O 3 CU A 1 511 452 CU CU . 
P 3 CU A 1 512 453 CU CU . 
Q 3 CU A 1 513 454 CU CU . 
R 3 CU A 1 514 455 CU CU . 
S 3 CU A 1 515 456 CU CU . 
T 2 FAD B 1 501 442 FAD FAD . 
U 3 CU B 1 502 443 CU CU . 
V 3 CU B 1 503 444 CU CU . 
W 3 CU B 1 504 445 CU CU . 
X 3 CU B 1 505 446 CU CU . 
Y 3 CU B 1 506 447 CU CU . 
Z 3 CU B 1 507 448 CU CU . 
AA 3 CU B 1 508 449 CU CU . 
BA 3 CU B 1 509 450 CU CU . 
CA 3 CU B 1 510 451 CU CU . 
DA 3 CU B 1 511 452 CU CU . 
EA 3 CU B 1 512 453 CU CU . 
FA 3 CU B 1 513 454 CU CU . 
GA 4 CL B 1 514 455 CL CL . 
HA 3 CU B 1 515 456 CU CU . 
IA 2 FAD C 1 501 442 FAD FAD . 
JA 3 CU C 1 502 443 CU CU . 
KA 3 CU C 1 503 444 CU CU . 
LA 3 CU C 1 504 445 CU CU . 
MA 3 CU C 1 505 446 CU CU . 
NA 3 CU C 1 506 447 CU CU . 
OA 3 CU C 1 507 448 CU CU . 
PA 3 CU C 1 508 449 CU CU . 
QA 3 CU C 1 509 450 CU CU . 
RA 3 CU C 1 510 451 CU CU . 
SA 3 CU C 1 511 452 CU CU . 
TA 3 CU C 1 512 453 CU CU . 
UA 3 CU C 1 513 454 CU CU . 
VA 3 CU C 1 514 455 CU CU . 
WA 3 CU C 1 515 456 CU CU . 
XA 2 FAD D 1 501 442 FAD FAD . 
YA 3 CU D 1 502 443 CU CU . 
ZA 3 CU D 1 503 444 CU CU . 
AB 3 CU D 1 504 445 CU CU . 
BB 3 CU D 1 505 446 CU CU . 
CB 3 CU D 1 506 447 CU CU . 
DB 3 CU D 1 507 448 CU CU . 
EB 3 CU D 1 508 449 CU CU . 
FB 3 CU D 1 509 450 CU CU . 
GB 3 CU D 1 510 451 CU CU . 
HB 3 CU D 1 511 452 CU CU . 
IB 3 CU D 1 512 453 CU CU . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CU 
_atom_site.label_atom_id         CU 
_atom_site.label_comp_id         CU 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -51.457 
_atom_site.Cartn_y               4.988 
_atom_site.Cartn_z               2.981 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        89.64 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CU 
_atom_site.auth_comp_id          CU 
_atom_site.auth_seq_id           509 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              36 
_model_server_stats.parse_time_ms           24 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           276 
_model_server_stats.encode_time_ms          18 
_model_server_stats.element_count           1 
#