data_6KXU
#
_model_server_result.job_id            IGHNoRgDt1Cn1Q3HAaHOog 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 06:21:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6kxu 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"BA","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    6KXU 
#
_exptl.entry_id    6KXU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.03 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6KXU 
_cell.length_a            122.406 
_cell.length_b            118.705 
_cell.length_c            222.317 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6KXU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 6 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 7 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 8 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,I,J,K,L,M,JA 1 1 
B,N,O,KA 2 1 
C,P,Q,R,S,T,U,LA 3 1 
D,V,W,X,Y,MA 4 1 
E,Z,NA 5 1 
F,AA,BA,CA,DA 6 1 
G,EA,FA 7 1 
H,GA,HA,IA,OA 8 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 I N N 
? 6 J N N 
? 6 K N N 
? 6 N N N 
? 6 P N N 
? 6 Q N N 
? 6 R N N 
? 6 S N N 
? 6 V N N 
? 6 AA N N 
? 6 BA N N 
? 6 EA N N 
? 6 GA N N 
? 6 HA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 328 A ASP 318 1_555 M MN MN . A MN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 330 A THR 320 1_555 M MN MN . A MN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc3 A OG SER 332 A SER 322 1_555 M MN MN . A MN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 426 A THR 416 1_555 M MN MN . A MN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc5 A OD1 ASP 458 A ASP 448 1_555 M MN MN . A MN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc6 B OD2 ASP 303 B ASP 318 1_555 O MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc7 B OG1 THR 305 B THR 320 1_555 O MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? 
metalc ? metalc8 B OG SER 307 B SER 322 1_555 O MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc9 B OG1 THR 401 B THR 416 1_555 O MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? 
metalc ? metalc10 B OD1 ASP 433 B ASP 448 1_555 O MN MN . B MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc11 C OD2 ASP 328 C ASP 318 1_555 U MN MN . C MN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc12 C OG1 THR 330 C THR 320 1_555 U MN MN . C MN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc13 C OG SER 332 C SER 322 1_555 U MN MN . C MN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc14 C OG1 THR 426 C THR 416 1_555 U MN MN . C MN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc15 C OD1 ASP 458 C ASP 448 1_555 U MN MN . C MN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc16 D CG ASP 328 D ASP 318 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc17 D OD1 ASP 328 D ASP 318 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc18 D OD2 ASP 328 D ASP 318 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? 
metalc ? metalc19 D OG1 THR 330 D THR 320 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.903 ? 
metalc ? metalc20 D OG SER 332 D SER 322 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc21 D OD2 ASP 369 D ASP 359 1_555 Y MN MN . D MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc22 D OD1 ASP 371 D ASP 361 1_555 Y MN MN . D MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc23 D O ARG 373 D ARG 363 1_555 Y MN MN . D MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.987 ? 
metalc ? metalc24 D OE2 GLU 402 D GLU 392 1_555 Y MN MN . D MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? 
metalc ? metalc25 D CG ASP 458 D ASP 448 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc26 D OD1 ASP 458 D ASP 448 1_555 X MN MN . D MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? 
metalc ? metalc27 E OD2 ASP 323 E ASP 318 1_555 Z MN MN . E MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc28 E OG1 THR 325 E THR 320 1_555 Z MN MN . E MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? 
metalc ? metalc29 E OG SER 327 E SER 322 1_555 Z MN MN . E MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc30 E OG1 THR 421 E THR 416 1_555 Z MN MN . E MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc31 E OD1 ASP 453 E ASP 448 1_555 Z MN MN . E MN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
metalc ? metalc32 F OD2 ASP 328 F ASP 318 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? 
metalc ? metalc33 F OG1 THR 330 F THR 320 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc34 F OG SER 332 F SER 322 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc35 F OD2 ASP 369 F ASP 359 1_555 DA MN MN . F MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc36 F O ARG 373 F ARG 363 1_555 DA MN MN . F MN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? 
metalc ? metalc37 F OG1 THR 426 F THR 416 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc38 F OG1 THR 457 F THR 447 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? 
metalc ? metalc39 F OD1 ASP 458 F ASP 448 1_555 CA MN MN . F MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc40 G OD2 ASP 302 G ASP 318 1_555 FA MN MN . G MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc41 G OG1 THR 304 G THR 320 1_555 FA MN MN . G MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? 
metalc ? metalc42 G OG SER 306 G SER 322 1_555 FA MN MN . G MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc43 G OG1 THR 400 G THR 416 1_555 FA MN MN . G MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc44 G OD1 ASP 432 G ASP 448 1_555 FA MN MN . G MN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc45 H OD2 ASP 328 H ASP 318 1_555 IA MN MN . H MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc46 H OG1 THR 330 H THR 320 1_555 IA MN MN . H MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc47 H OG SER 332 H SER 322 1_555 IA MN MN . H MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc48 H OG1 THR 426 H THR 416 1_555 IA MN MN . H MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc49 H OD1 ASP 458 H ASP 448 1_555 IA MN MN . H MN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6KXU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00817 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000005 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008424 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004498 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 6 EDO A 1 601 601 EDO EDO . 
J 6 EDO A 1 602 701 EDO EDO . 
K 6 EDO A 1 603 801 EDO EDO . 
L 7 GOL A 1 604 901 GOL GOL . 
M 8 MN A 1 605 1 MN MN . 
N 6 EDO B 1 601 601 EDO EDO . 
O 8 MN B 1 602 3 MN MN . 
P 6 EDO C 1 601 601 EDO EDO . 
Q 6 EDO C 1 602 701 EDO EDO . 
R 6 EDO C 1 603 801 EDO EDO . 
S 6 EDO C 1 604 901 EDO EDO . 
T 9 CL C 1 605 4 CL CL . 
U 8 MN C 1 606 4 MN MN . 
V 6 EDO D 1 601 601 EDO EDO . 
W 9 CL D 1 602 5 CL CL . 
X 8 MN D 1 603 5 MN MN . 
Y 8 MN D 1 604 10 MN MN . 
Z 8 MN E 1 601 6 MN MN . 
AA 6 EDO F 1 601 601 EDO EDO . 
BA 6 EDO F 1 602 701 EDO EDO . 
CA 8 MN F 1 603 7 MN MN . 
DA 8 MN F 1 604 11 MN MN . 
EA 6 EDO G 1 601 601 EDO EDO . 
FA 8 MN G 1 602 8 MN MN . 
GA 6 EDO H 1 601 601 EDO EDO . 
HA 6 EDO H 1 602 701 EDO EDO . 
IA 8 MN H 1 603 9 MN MN . 
JA 10 HOH A 1 701 4 HOH HOH . 
JA 10 HOH A 2 702 3 HOH HOH . 
JA 10 HOH A 3 703 1 HOH HOH . 
JA 10 HOH A 4 704 2 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 1 701 9 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 2 702 8 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 3 703 6 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 4 704 5 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 5 705 20 HOH HOH . 
KA 10 HOH B 6 706 7 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 1 701 17 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 2 702 10 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 3 703 13 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 4 704 14 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 5 705 18 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 6 706 12 HOH HOH . 
LA 10 HOH C 7 707 11 HOH HOH . 
MA 10 HOH D 1 701 21 HOH HOH . 
MA 10 HOH D 2 702 19 HOH HOH . 
MA 10 HOH D 3 703 15 HOH HOH . 
NA 10 HOH E 1 701 22 HOH HOH . 
OA 10 HOH H 1 701 16 HOH HOH . 
OA 10 HOH H 2 702 23 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 EDO . . . BA 6 -43.808 39.666 81.406 1 30.07 ? C1 EDO 602 F 1 
HETATM 2 O O1 EDO . . . BA 6 -43.288 39.601 80.033 1 21.73 ? O1 EDO 602 F 1 
HETATM 3 C C2 EDO . . . BA 6 -42.595 40.056 82.228 1 29.39 ? C2 EDO 602 F 1 
HETATM 4 O O2 EDO . . . BA 6 -41.591 40.117 81.146 1 31.64 ? O2 EDO 602 F 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              22 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    35 
_model_server_stats.query_time_ms           323 
_model_server_stats.encode_time_ms          21 
_model_server_stats.element_count           4 
#