data_6LDM # _model_server_result.job_id IBCSZ51GQDOH_uKbun9UsQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 23:16:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ldm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":110}' # _entry.id 6LDM # _exptl.entry_id 6LDM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 11 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.72 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6LDM _cell.length_a 84.68 _cell.length_b 70.2 _cell.length_c 64.85 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6LDM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 M N N ? 5 N N N ? 5 O N N ? 5 P N N ? 5 Q N N ? 5 R N N ? 5 S N N ? 5 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ALA 55 A ALA 361 1_555 G NA NA . A NA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.017 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 95 A ASN 401 1_555 F NA NA . A NA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc3 G NA NA . A NA 605 1_555 V O HOH . B HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? metalc ? metalc4 U O HOH . A HOH 706 1_555 T NA NA . B NA 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? metalc ? metalc5 B O6 DG 3 B DG 3 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? metalc ? metalc6 B O6 DG 3 B DG 3 1_555 J K K . B K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc7 B O6 DG 3 B DG 3 1_555 J K K . B K 103 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc8 B OP2 DG 3 B DG 3 1_555 K K K . B K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc9 B O5' DG 3 B DG 3 1_555 K K K . B K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc10 B O6 DG 4 B DG 4 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc11 B O6 DG 4 B DG 4 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc12 B O6 DG 5 B DG 5 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.678 ? metalc ? metalc13 B O4' DG 5 B DG 5 1_555 O NA NA . B NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc14 B O6 DG 7 B DG 7 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc15 B O6 DG 7 B DG 7 1_555 J K K . B K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc16 B O6 DG 7 B DG 7 1_555 J K K . B K 103 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc17 B OP1 DG 7 B DG 7 1_555 O NA NA . B NA 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc18 B O6 DG 8 B DG 8 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? metalc ? metalc19 B O6 DG 8 B DG 8 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc20 B OP2 DG 8 B DG 8 1_555 Q NA NA . B NA 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc21 B O6 DG 9 B DG 9 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc22 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? metalc ? metalc23 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 J K K . B K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc24 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 J K K . B K 103 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc25 B OP1 DG 11 B DG 11 1_555 R NA NA . B NA 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc26 B O6 DG 12 B DG 12 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc27 B O6 DG 12 B DG 12 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc28 B O6 DG 13 B DG 13 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc29 B O6 DG 15 B DG 15 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc30 B O6 DG 15 B DG 15 1_555 J K K . B K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc31 B O6 DG 15 B DG 15 1_555 J K K . B K 103 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc32 B O6 DG 16 B DG 16 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc33 B O6 DG 16 B DG 16 1_555 I K K . B K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc34 B O6 DG 17 B DG 17 1_555 H K K . B K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc35 B O6 DG 17 B DG 17 1_555 P NA NA . B NA 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.011 ? metalc ? metalc36 B O3' DT 18 B DT 18 1_555 L K K . B K 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc37 M NA NA . B NA 106 1_555 V O HOH . B HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc38 N NA NA . B NA 107 1_555 V O HOH . B HOH 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc39 N NA NA . B NA 107 1_555 V O HOH . B HOH 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc40 P NA NA . B NA 109 1_555 V O HOH . B HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.146 ? metalc ? metalc41 R NA NA . B NA 111 1_555 V O HOH . B HOH 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? metalc ? metalc42 T NA NA . B NA 113 1_555 V O HOH . B HOH 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.032 ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog1 B N1 DG 3 B DG 3 1_555 B O6 DG 7 B DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog2 B N2 DG 3 B DG 3 1_555 B N7 DG 7 B DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog3 B N7 DG 3 B DG 3 1_555 B N2 DG 15 B DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 B O6 DG 3 B DG 3 1_555 B N1 DG 15 B DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 B N1 DG 4 B DG 4 1_555 B O6 DG 8 B DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 B N2 DG 4 B DG 4 1_555 B N7 DG 8 B DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 B N7 DG 4 B DG 4 1_555 B N2 DG 16 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 B O6 DG 4 B DG 4 1_555 B N1 DG 16 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog9 B N1 DG 5 B DG 5 1_555 B O6 DG 9 B DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 B N2 DG 5 B DG 5 1_555 B N7 DG 9 B DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 B N7 DG 5 B DG 5 1_555 B N2 DG 17 B DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 B O6 DG 5 B DG 5 1_555 B N1 DG 17 B DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 B N1 DG 7 B DG 7 1_555 B O6 DG 11 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 B N2 DG 7 B DG 7 1_555 B N7 DG 11 B DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 B N1 DG 8 B DG 8 1_555 B O6 DG 12 B DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 B N2 DG 8 B DG 8 1_555 B N7 DG 12 B DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 B N1 DG 9 B DG 9 1_555 B O6 DG 13 B DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 B N2 DG 9 B DG 9 1_555 B N7 DG 13 B DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 B N1 DG 11 B DG 11 1_555 B O6 DG 15 B DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog20 B N2 DG 11 B DG 11 1_555 B N7 DG 15 B DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 B N1 DG 12 B DG 12 1_555 B O6 DG 16 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 B N2 DG 12 B DG 12 1_555 B N7 DG 16 B DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 B N1 DG 13 B DG 13 1_555 B O6 DG 17 B DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 B N2 DG 13 B DG 13 1_555 B N7 DG 17 B DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6LDM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011809 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001601 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014245 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015561 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 GOL A 1 601 601 GOL GOL . D 4 TRS A 1 602 701 TRS TRS . E 5 NA A 1 603 9 NA NA . F 5 NA A 1 604 16 NA NA . G 5 NA A 1 605 22 NA NA . H 6 K B 1 101 1 K K . I 6 K B 1 102 2 K K . J 6 K B 1 103 3 K K . K 6 K B 1 104 4 K K . L 6 K B 1 105 5 K K . M 5 NA B 1 106 3 NA NA . N 5 NA B 1 107 4 NA NA . O 5 NA B 1 108 7 NA NA . P 5 NA B 1 109 8 NA NA . Q 5 NA B 1 110 12 NA NA . R 5 NA B 1 111 14 NA NA . S 5 NA B 1 112 15 NA NA . T 5 NA B 1 113 23 NA NA . U 7 HOH A 1 701 58 HOH HOH . U 7 HOH A 2 702 28 HOH HOH . U 7 HOH A 3 703 2 HOH HOH . U 7 HOH A 4 704 45 HOH HOH . U 7 HOH A 5 705 41 HOH HOH . U 7 HOH A 6 706 60 HOH HOH . U 7 HOH A 7 707 10 HOH HOH . U 7 HOH A 8 708 37 HOH HOH . U 7 HOH A 9 709 15 HOH HOH . U 7 HOH A 10 710 11 HOH HOH . U 7 HOH A 11 711 30 HOH HOH . U 7 HOH A 12 712 1 HOH HOH . U 7 HOH A 13 713 44 HOH HOH . U 7 HOH A 14 714 47 HOH HOH . U 7 HOH A 15 715 40 HOH HOH . U 7 HOH A 16 716 20 HOH HOH . U 7 HOH A 17 717 21 HOH HOH . U 7 HOH A 18 718 42 HOH HOH . U 7 HOH A 19 719 65 HOH HOH . U 7 HOH A 20 720 31 HOH HOH . U 7 HOH A 21 721 18 HOH HOH . U 7 HOH A 22 722 29 HOH HOH . U 7 HOH A 23 723 49 HOH HOH . U 7 HOH A 24 724 63 HOH HOH . U 7 HOH A 25 725 25 HOH HOH . U 7 HOH A 26 726 16 HOH HOH . U 7 HOH A 27 727 26 HOH HOH . U 7 HOH A 28 728 19 HOH HOH . V 7 HOH B 1 201 5 HOH HOH . V 7 HOH B 2 202 12 HOH HOH . V 7 HOH B 3 203 8 HOH HOH . V 7 HOH B 4 204 4 HOH HOH . V 7 HOH B 5 205 6 HOH HOH . V 7 HOH B 6 206 54 HOH HOH . V 7 HOH B 7 207 23 HOH HOH . V 7 HOH B 8 208 61 HOH HOH . V 7 HOH B 9 209 62 HOH HOH . V 7 HOH B 10 210 59 HOH HOH . V 7 HOH B 11 211 53 HOH HOH . V 7 HOH B 12 212 64 HOH HOH . V 7 HOH B 13 213 52 HOH HOH . V 7 HOH B 14 214 50 HOH HOH . V 7 HOH B 15 215 56 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -10.638 _atom_site.Cartn_y -18.97 _atom_site.Cartn_z -1.572 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 87.06 _atom_site.pdbx_formal_charge 1 _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 110 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #