data_6LS4
#
_model_server_result.job_id            IgHY0cmn42bLVSXqSGudOA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-20 19:13:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6ls4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    6LS4 
#
_exptl.entry_id    6LS4 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              195.237 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          107.42 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6LS4 
_cell.length_a            82.68 
_cell.length_b            102.2 
_cell.length_c            131.5 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6LS4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      7 
_struct_asym.id                             J 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 41 A THR 41 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 H MG MG . A MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? 
metalc ? metalc7 F O1G GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc8 F O1B GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc9 G MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? 
metalc ? metalc11 G MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc12 U O HOH . B HOH 601 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc13 U O HOH . B HOH 602 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc14 U O HOH . B HOH 605 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc15 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? 
metalc ? metalc16 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc17 C O THR 41 C THR 41 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc18 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc19 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc20 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? 
metalc ? metalc21 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 O MG MG . C MG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc22 C O ASN 249 C ASN 249 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASN 249 C ASN 249 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc24 C OE2 GLU 254 C GLU 254 1_555 P MG MG . C MG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc25 M O1G GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
metalc ? metalc26 M O1B GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc27 N MG MG . C MG 502 1_555 V O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc28 N MG MG . C MG 502 1_555 V O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? 
metalc ? metalc29 N MG MG . C MG 502 1_555 V O HOH . C HOH 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc30 Q O3G GTP . D GTP 501 1_555 R MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? 
metalc ? metalc31 Q O1B GTP . D GTP 501 1_555 R MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? 
metalc ? metalc32 R MG MG . D MG 502 1_555 W O HOH . D HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc33 R MG MG . D MG 502 1_555 W O HOH . D HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
#
_chem_comp.formula           'C6 H13 N O4 S' 
_chem_comp.formula_weight    195.237 
_chem_comp.id                MES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1 C2 MES sing 326 n n 
O1 C6 MES sing 327 n n 
C2 C3 MES sing 328 n n 
C2 H21 MES sing 329 n n 
C2 H22 MES sing 330 n n 
C3 N4 MES sing 331 n n 
C3 H31 MES sing 332 n n 
C3 H32 MES sing 333 n n 
N4 C5 MES sing 334 n n 
N4 C7 MES sing 335 n n 
N4 HN4 MES sing 336 n n 
C5 C6 MES sing 337 n n 
C5 H51 MES sing 338 n n 
C5 H52 MES sing 339 n n 
C6 H61 MES sing 340 n n 
C6 H62 MES sing 341 n n 
C7 C8 MES sing 342 n n 
C7 H71 MES sing 343 n n 
C7 H72 MES sing 344 n n 
C8 S MES sing 345 n n 
C8 H81 MES sing 346 n n 
C8 H82 MES sing 347 n n 
S O1S MES doub 348 n n 
S O2S MES doub 349 n n 
S O3S MES sing 350 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6LS4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012095 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003795 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009785 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00797 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 4 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
G 5 MG A 1 502 505 MG MG . 
H 5 MG A 1 503 506 MG MG . 
I 6 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
J 7 MES B 1 502 601 MES MES . 
K 8 GOL B 1 503 701 GOL GOL . 
L 9 S40 B 1 504 1 S40 S40 . 
M 4 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
N 5 MG C 1 502 505 MG MG . 
O 5 MG C 1 503 506 MG MG . 
P 5 MG C 1 504 507 MG MG . 
Q 4 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
R 5 MG D 1 502 505 MG MG . 
S 9 S40 D 1 503 2 S40 S40 . 
T 10 HOH A 1 601 12 HOH HOH . 
T 10 HOH A 2 602 24 HOH HOH . 
T 10 HOH A 3 603 10 HOH HOH . 
T 10 HOH A 4 604 13 HOH HOH . 
U 10 HOH B 1 601 1 HOH HOH . 
U 10 HOH B 2 602 4 HOH HOH . 
U 10 HOH B 3 603 19 HOH HOH . 
U 10 HOH B 4 604 9 HOH HOH . 
U 10 HOH B 5 605 3 HOH HOH . 
U 10 HOH B 6 606 21 HOH HOH . 
U 10 HOH B 7 607 23 HOH HOH . 
V 10 HOH C 1 601 7 HOH HOH . 
V 10 HOH C 2 602 20 HOH HOH . 
V 10 HOH C 3 603 22 HOH HOH . 
V 10 HOH C 4 604 8 HOH HOH . 
V 10 HOH C 5 605 6 HOH HOH . 
W 10 HOH D 1 601 17 HOH HOH . 
W 10 HOH D 2 602 14 HOH HOH . 
W 10 HOH D 3 603 15 HOH HOH . 
W 10 HOH D 4 604 18 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O1 MES . . . J 7 -16.733 31.416 32.784 1 68.69 ? O1 MES 502 B 1 
HETATM 2 C C2 MES . . . J 7 -16.154 32.064 31.662 1 73.06 ? C2 MES 502 B 1 
HETATM 3 C C3 MES . . . J 7 -17.171 32.902 30.93 1 67.87 ? C3 MES 502 B 1 
HETATM 4 N N4 MES . . . J 7 -18.313 32.047 30.482 1 68.22 ? N4 MES 502 B 1 
HETATM 5 C C5 MES . . . J 7 -18.869 31.309 31.659 1 66.54 ? C5 MES 502 B 1 
HETATM 6 C C6 MES . . . J 7 -17.77 30.547 32.356 1 66.59 ? C6 MES 502 B 1 
HETATM 7 C C7 MES . . . J 7 -19.371 32.857 29.79 1 72.1 ? C7 MES 502 B 1 
HETATM 8 C C8 MES . . . J 7 -19.373 32.678 28.284 1 76.69 ? C8 MES 502 B 1 
HETATM 9 S S MES . . . J 7 -20.643 33.628 27.477 1 79.67 ? S MES 502 B 1 
HETATM 10 O O1S MES . . . J 7 -21.038 34.642 28.414 1 68.9 ? O1S MES 502 B 1 
HETATM 11 O O2S MES . . . J 7 -21.703 32.705 27.182 1 72.24 ? O2S MES 502 B 1 
HETATM 12 O O3S MES . . . J 7 -20.04 34.173 26.294 1 74 ? O3S MES 502 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              23 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    26 
_model_server_stats.query_time_ms           302 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           12 
#