data_6MGA # _model_server_result.job_id IPi_BbVgfB_9dlXUPpqxSQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 22:33:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6mga # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6MGA # _exptl.entry_id 6MGA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 2 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6MGA _cell.length_a 147.227 _cell.length_b 147.227 _cell.length_c 149.366 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6MGA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 2 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 2 1,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_555 x-y,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 10_554 -y,-x,-z-1/6 0.5 -0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 -1 0 0 -24.894333 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 66 A CYS 66 1_555 A SG CYS 75 A CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 248 A ASN 248 1_555 B C1 NAG . A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale2 A OG SER 430 A SER 430 1_555 C C1 MAN . A MAN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 9 A GLU 9 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 9 A GLU 9 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 10 A GLU 10 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 61 A GLU 61 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 61 A GLU 61 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 61 A GLU 61 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc8 A O ILE 104 A ILE 104 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 105 A ASN 105 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 106 A ASP 106 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.117 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 106 A ASP 106 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 106 A ASP 106 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc13 A O ASN 107 A ASN 107 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 122 A GLU 122 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc15 A OE1 GLU 122 A GLU 122 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 137 A ASP 137 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 137 A ASP 137 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 139 A ASP 139 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 139 A ASP 139 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc20 A O ASN 143 A ASN 143 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 182 A ASP 182 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? metalc ? metalc22 A OE1 GLU 184 A GLU 184 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc23 A OE2 GLU 184 A GLU 184 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 197 A ASP 197 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 215 A ASP 215 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc26 A O THR 216 A THR 216 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASN 217 A ASN 217 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc28 A OD2 ASP 218 A ASP 218 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASP 218 A ASP 218 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc30 A O ASN 219 A ASN 219 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc31 A OE2 GLU 234 A GLU 234 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc32 A OE1 GLU 234 A GLU 234 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc33 A OD1 ASP 249 A ASP 249 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc34 A OD2 ASP 249 A ASP 249 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc35 A OD1 ASP 251 A ASP 251 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc36 A OD2 ASP 251 A ASP 251 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc37 A O ASN 255 A ASN 255 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc38 A OD1 ASP 289 A ASP 289 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc39 A OE2 GLU 291 A GLU 291 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc40 A OE1 GLU 291 A GLU 291 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc41 A OE2 GLU 291 A GLU 291 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc42 A OD2 ASP 304 A ASP 304 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc43 A OD1 ASP 322 A ASP 322 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc44 A O MET 323 A MET 323 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc45 A OD1 ASN 324 A ASN 324 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc46 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASP 325 A ASP 325 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc48 A O ASN 326 A ASN 326 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc49 A OD1 ASP 364 A ASP 364 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc50 A OD2 ASP 364 A ASP 364 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc51 A OD1 ASP 366 A ASP 366 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 366 A ASP 366 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc53 A O ASN 370 A ASN 370 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc54 A OD2 ASP 423 A ASP 423 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 259 n n C1 O1 NAG sing 260 n n C1 O5 NAG sing 261 n n C1 H1 NAG sing 262 n n C2 C3 NAG sing 263 n n C2 N2 NAG sing 264 n n C2 H2 NAG sing 265 n n C3 C4 NAG sing 266 n n C3 O3 NAG sing 267 n n C3 H3 NAG sing 268 n n C4 C5 NAG sing 269 n n C4 O4 NAG sing 270 n n C4 H4 NAG sing 271 n n C5 C6 NAG sing 272 n n C5 O5 NAG sing 273 n n C5 H5 NAG sing 274 n n C6 O6 NAG sing 275 n n C6 H61 NAG sing 276 n n C6 H62 NAG sing 277 n n C7 C8 NAG sing 278 n n C7 N2 NAG sing 279 n n C7 O7 NAG doub 280 n n C8 H81 NAG sing 281 n n C8 H82 NAG sing 282 n n C8 H83 NAG sing 283 n n N2 HN2 NAG sing 284 n n O1 HO1 NAG sing 285 n n O3 HO3 NAG sing 286 n n O4 HO4 NAG sing 287 n n O6 HO6 NAG sing 288 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 6MGA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006792 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003921 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007843 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006695 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NAG A 1 501 460 NAG NAG . C 3 MAN A 1 502 501 MAN MAN . D 4 CA A 1 503 1 CA CA . E 4 CA A 1 504 2 CA CA . F 4 CA A 1 505 3 CA CA . G 4 CA A 1 506 4 CA CA . H 4 CA A 1 507 5 CA CA . I 4 CA A 1 508 6 CA CA . J 4 CA A 1 509 7 CA CA . K 4 CA A 1 510 8 CA CA . L 4 CA A 1 511 9 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . B 2 57.332 -22.612 -4.886 1 165.9 ? C1 NAG 501 A 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . B 2 58.214 -23.836 -5.356 1 174.42 ? C2 NAG 501 A 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . B 2 58.989 -24.52 -4.204 1 187.68 ? C3 NAG 501 A 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . B 2 59.603 -23.462 -3.291 1 189.3 ? C4 NAG 501 A 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . B 2 58.428 -22.723 -2.667 1 184.78 ? C5 NAG 501 A 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . B 2 58.78 -21.753 -1.545 1 181.09 ? C6 NAG 501 A 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . B 2 56.944 -26.056 -5.756 1 181.54 ? C7 NAG 501 A 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . B 2 56.509 -27.051 -6.81 1 156.68 ? C8 NAG 501 A 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . B 2 57.536 -24.891 -6.171 1 184.95 ? N2 NAG 501 A 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . B 2 59.971 -25.454 -4.702 1 184.1 ? O3 NAG 501 A 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . B 2 60.423 -24.055 -2.273 1 199.3 ? O4 NAG 501 A 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . B 2 57.81 -21.966 -3.689 1 174.98 ? O5 NAG 501 A 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . B 2 57.563 -21.228 -0.995 1 166.79 ? O6 NAG 501 A 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . B 2 56.766 -26.375 -4.589 1 179.91 ? O7 NAG 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 14 #