data_6MGA # _model_server_result.job_id kE62pWllhJ9PjLwkKT3kKg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 22:23:39' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6mga # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6MGA # _exptl.entry_id 6MGA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 180.156 _entity.id 3 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description alpha-D-mannopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6MGA _cell.length_a 147.227 _cell.length_b 147.227 _cell.length_c 149.366 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6MGA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 2 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 2 1,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_555 x-y,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 10_554 -y,-x,-z-1/6 0.5 -0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 -1 0 0 -24.894333 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 66 A CYS 66 1_555 A SG CYS 75 A CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 248 A ASN 248 1_555 B C1 NAG . A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale2 A OG SER 430 A SER 430 1_555 C C1 MAN . A MAN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 9 A GLU 9 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.668 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 9 A GLU 9 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 10 A GLU 10 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 61 A GLU 61 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 61 A GLU 61 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 61 A GLU 61 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 103 A ASP 103 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc8 A O ILE 104 A ILE 104 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 105 A ASN 105 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 106 A ASP 106 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.117 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 106 A ASP 106 1_555 D CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 106 A ASP 106 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc13 A O ASN 107 A ASN 107 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 122 A GLU 122 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc15 A OE1 GLU 122 A GLU 122 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 137 A ASP 137 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 137 A ASP 137 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 139 A ASP 139 1_555 E CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 139 A ASP 139 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc20 A O ASN 143 A ASN 143 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 182 A ASP 182 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? metalc ? metalc22 A OE1 GLU 184 A GLU 184 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc23 A OE2 GLU 184 A GLU 184 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 197 A ASP 197 1_555 F CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 215 A ASP 215 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc26 A O THR 216 A THR 216 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASN 217 A ASN 217 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc28 A OD2 ASP 218 A ASP 218 1_555 G CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASP 218 A ASP 218 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc30 A O ASN 219 A ASN 219 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc31 A OE2 GLU 234 A GLU 234 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc32 A OE1 GLU 234 A GLU 234 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc33 A OD1 ASP 249 A ASP 249 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc34 A OD2 ASP 249 A ASP 249 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc35 A OD1 ASP 251 A ASP 251 1_555 H CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc36 A OD2 ASP 251 A ASP 251 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc37 A O ASN 255 A ASN 255 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc38 A OD1 ASP 289 A ASP 289 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc39 A OE2 GLU 291 A GLU 291 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc40 A OE1 GLU 291 A GLU 291 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc41 A OE2 GLU 291 A GLU 291 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc42 A OD2 ASP 304 A ASP 304 1_555 I CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc43 A OD1 ASP 322 A ASP 322 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc44 A O MET 323 A MET 323 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc45 A OD1 ASN 324 A ASN 324 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc46 A OD2 ASP 325 A ASP 325 1_555 J CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASP 325 A ASP 325 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc48 A O ASN 326 A ASN 326 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc49 A OD1 ASP 364 A ASP 364 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc50 A OD2 ASP 364 A ASP 364 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc51 A OD1 ASP 366 A ASP 366 1_555 K CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 366 A ASP 366 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc53 A O ASN 370 A ASN 370 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc54 A OD2 ASP 423 A ASP 423 1_555 L CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? # _chem_comp.formula 'C6 H12 O6' _chem_comp.formula_weight 180.156 _chem_comp.id MAN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name alpha-D-mannopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, alpha linking' _chem_comp.pdbx_synonyms alpha-D-mannose;D-mannose;mannose # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 MAN sing 216 n n C1 O1 MAN sing 217 n n C1 O5 MAN sing 218 n n C1 H1 MAN sing 219 n n C2 C3 MAN sing 220 n n C2 O2 MAN sing 221 n n C2 H2 MAN sing 222 n n C3 C4 MAN sing 223 n n C3 O3 MAN sing 224 n n C3 H3 MAN sing 225 n n C4 C5 MAN sing 226 n n C4 O4 MAN sing 227 n n C4 H4 MAN sing 228 n n C5 C6 MAN sing 229 n n C5 O5 MAN sing 230 n n C5 H5 MAN sing 231 n n C6 O6 MAN sing 232 n n C6 H61 MAN sing 233 n n C6 H62 MAN sing 234 n n O1 HO1 MAN sing 235 n n O2 HO2 MAN sing 236 n n O3 HO3 MAN sing 237 n n O4 HO4 MAN sing 238 n n O6 HO6 MAN sing 239 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version MAN DManpa 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 MAN a-D-mannopyranose 'COMMON NAME' GMML 1 MAN a-D-Manp 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 MAN Man 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 6MGA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006792 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003921 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007843 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006695 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NAG A 1 501 460 NAG NAG . C 3 MAN A 1 502 501 MAN MAN . D 4 CA A 1 503 1 CA CA . E 4 CA A 1 504 2 CA CA . F 4 CA A 1 505 3 CA CA . G 4 CA A 1 506 4 CA CA . H 4 CA A 1 507 5 CA CA . I 4 CA A 1 508 6 CA CA . J 4 CA A 1 509 7 CA CA . K 4 CA A 1 510 8 CA CA . L 4 CA A 1 511 9 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MAN . . . C 3 31.08 -39.438 -48.824 1 155.52 ? C1 MAN 502 A 1 HETATM 2 C C2 MAN . . . C 3 30.714 -40.037 -47.475 1 162.98 ? C2 MAN 502 A 1 HETATM 3 C C3 MAN . . . C 3 31.302 -41.442 -47.444 1 159.85 ? C3 MAN 502 A 1 HETATM 4 C C4 MAN . . . C 3 30.555 -42.245 -48.525 1 173.77 ? C4 MAN 502 A 1 HETATM 5 C C5 MAN . . . C 3 30.611 -41.531 -49.9 1 180.16 ? C5 MAN 502 A 1 HETATM 6 C C6 MAN . . . C 3 29.671 -42.192 -50.924 1 180.54 ? C6 MAN 502 A 1 HETATM 7 O O2 MAN . . . C 3 29.281 -40.089 -47.339 1 157.81 ? O2 MAN 502 A 1 HETATM 8 O O3 MAN . . . C 3 31.258 -41.975 -46.104 1 136.01 ? O3 MAN 502 A 1 HETATM 9 O O4 MAN . . . C 3 31.105 -43.566 -48.638 1 182.06 ? O4 MAN 502 A 1 HETATM 10 O O5 MAN . . . C 3 30.301 -40.122 -49.808 1 168.04 ? O5 MAN 502 A 1 HETATM 11 O O6 MAN . . . C 3 30.026 -41.857 -52.282 1 174.42 ? O6 MAN 502 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 11 #