data_6ML2 # _model_server_result.job_id A2I9vN7qxfObz_Z0zz95pg _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 12:50:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ml2 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":605}' # _entry.id 6ML2 # _exptl.entry_id 6ML2 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 91.9 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ML2 _cell.length_a 46.065 _cell.length_b 68.619 _cell.length_c 49.477 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ML2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 10 A CYS 379 1_555 D ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 13 A CYS 382 1_555 D ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc3 A NE2 HIS 26 A HIS 395 1_555 D ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? metalc ? metalc4 A NE2 HIS 30 A HIS 399 1_555 D ZN ZN . A ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 38 A CYS 407 1_555 E ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 41 A CYS 410 1_555 E ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 54 A HIS 423 1_555 E ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 58 A HIS 427 1_555 E ZN ZN . A ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 66 A CYS 435 1_555 F ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 69 A CYS 438 1_555 F ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc11 A NE2 HIS 82 A HIS 451 1_555 F ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc12 A NE2 HIS 86 A HIS 455 1_555 F ZN ZN . A ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 94 A CYS 463 1_555 G ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 97 A CYS 466 1_555 G ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc15 A NE2 HIS 110 A HIS 479 1_555 G ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc16 A NE2 HIS 114 A HIS 483 1_555 G ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? metalc ? metalc17 A SG CYS 122 A CYS 491 1_555 H ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc18 A SG CYS 125 A CYS 494 1_555 H ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc19 A NE2 HIS 138 A HIS 507 1_555 H ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc20 A NE2 HIS 142 A HIS 511 1_555 H ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N3 DC 2 E DC 2 1_555 C N1 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N4 DC 2 E DC 2 1_555 C O6 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O2 DC 2 E DC 2 1_555 C N2 DG 20 F DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DG 3 E DG 3 1_555 C N3 DC 19 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 DG 3 E DG 3 1_555 C O2 DC 19 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 DG 3 E DG 3 1_555 C N4 DC 19 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 DC 4 E DC 4 1_555 C N1 DG 18 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N4 DC 4 E DC 4 1_555 C O6 DG 18 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O2 DC 4 E DC 4 1_555 C N2 DG 18 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N1 DA 5 E DA 5 1_555 C N3 DT 17 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N6 DA 5 E DA 5 1_555 C O4 DT 17 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N1 DG 6 E DG 6 1_555 C N3 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N2 DG 6 E DG 6 1_555 C O2 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O6 DG 6 E DG 6 1_555 C N4 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N1 DG 7 E DG 7 1_555 C N3 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N2 DG 7 E DG 7 1_555 C O2 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O6 DG 7 E DG 7 1_555 C N4 DC 15 F DC 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N3 DT 8 E DT 8 1_555 C N1 DA 14 F DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B O4 DT 8 E DT 8 1_555 C N6 DA 14 F DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 DC 9 E DC 9 1_555 C N1 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N4 DC 9 E DC 9 1_555 C O6 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O2 DC 9 E DC 9 1_555 C N2 DG 13 F DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 DC 10 E DC 10 1_555 C N1 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 DC 10 E DC 10 1_555 C O6 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 DC 10 E DC 10 1_555 C N2 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DT 11 E DT 11 1_555 C N1 DA 11 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B O4 DT 11 E DT 11 1_555 C N6 DA 11 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N1 DG 12 E DG 12 1_555 C N3 DC 10 F DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N2 DG 12 E DG 12 1_555 C O2 DC 10 F DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O6 DG 12 E DG 12 1_555 C N4 DC 10 F DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N1 DG 13 E DG 13 1_555 C N3 DC 9 F DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N2 DG 13 E DG 13 1_555 C O2 DC 9 F DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B O6 DG 13 E DG 13 1_555 C N4 DC 9 F DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N3 DC 14 E DC 14 1_555 C N1 DG 8 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N4 DC 14 E DC 14 1_555 C O6 DG 8 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B O2 DC 14 E DC 14 1_555 C N2 DG 8 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N1 DA 15 E DA 15 1_555 C N3 DT 7 F DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N6 DA 15 E DA 15 1_555 C O4 DT 7 F DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B N1 DG 16 E DG 16 1_555 C N3 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N2 DG 16 E DG 16 1_555 C O2 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B O6 DG 16 E DG 16 1_555 C N4 DC 6 F DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B N3 DC 17 E DC 17 1_555 C N1 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B N4 DC 17 E DC 17 1_555 C O6 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B O2 DC 17 E DC 17 1_555 C N2 DG 5 F DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog45 B N3 DT 18 E DT 18 1_555 C N1 DA 4 F DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog46 B N1 DA 19 E DA 19 1_555 C N3 DT 3 F DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N1 DA 20 E DA 20 1_555 C N3 DT 2 F DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B N6 DA 20 E DA 20 1_555 C O4 DT 2 F DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ML2 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021708 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000721 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014573 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.020223 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 ZN A 1 601 4 ZN ZN . E 4 ZN A 1 602 5 ZN ZN . F 4 ZN A 1 603 6 ZN ZN . G 4 ZN A 1 604 7 ZN ZN . H 4 ZN A 1 605 8 ZN ZN . I 5 HOH A 1 701 29 HOH HOH . I 5 HOH A 2 702 31 HOH HOH . I 5 HOH A 3 703 3 HOH HOH . I 5 HOH A 4 704 4 HOH HOH . I 5 HOH A 5 705 10 HOH HOH . I 5 HOH A 6 706 1 HOH HOH . I 5 HOH A 7 707 27 HOH HOH . I 5 HOH A 8 708 5 HOH HOH . I 5 HOH A 9 709 23 HOH HOH . I 5 HOH A 10 710 7 HOH HOH . I 5 HOH A 11 711 19 HOH HOH . I 5 HOH A 12 712 22 HOH HOH . I 5 HOH A 13 713 25 HOH HOH . I 5 HOH A 14 714 26 HOH HOH . I 5 HOH A 15 715 30 HOH HOH . I 5 HOH A 16 716 6 HOH HOH . J 5 HOH E 1 101 32 HOH HOH . J 5 HOH E 2 102 24 HOH HOH . J 5 HOH E 3 103 18 HOH HOH . J 5 HOH E 4 104 15 HOH HOH . J 5 HOH E 5 105 8 HOH HOH . J 5 HOH E 6 106 2 HOH HOH . J 5 HOH E 7 107 9 HOH HOH . J 5 HOH E 8 108 28 HOH HOH . K 5 HOH F 1 101 12 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 10.279 _atom_site.Cartn_y 29.914 _atom_site.Cartn_z -14.302 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 48.12 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 605 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #