data_6MRC
#
_model_server_result.job_id            68l6ZD7gVuVriNOsy_lzKw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 15:36:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6mrc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    6MRC 
#
_exptl.entry_id    6MRC 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6MRC 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6MRC 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    28-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      28 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 CA N N 
? 3 EA N N 
? 3 GA N N 
? 3 IA N N 
? 3 KA N N 
? 3 MA N N 
? 3 OA N N 
? 3 QA N N 
? 3 SA N N 
? 3 UA N N 
? 3 WA N N 
? 3 YA N N 
? 3 AB N N 
? 3 CB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 87 H ASP 87 1_555 DA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 87 H ASP 87 1_555 DA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
metalc ? metalc3 CA O1B ADP . H ADP 601 1_555 DA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc4 DA MG MG . H MG 602 1_555 EB O HOH . H HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc5 P OD1 ASP 87 N ASP 87 1_555 FA MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc6 P OD2 ASP 87 N ASP 87 1_555 FA MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc7 EA O1B ADP . N ADP 601 1_555 FA MG MG . N MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc8 FA MG MG . N MG 602 1_555 FB O HOH . N HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc9 Q OD1 ASP 87 M ASP 87 1_555 HA MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? 
metalc ? metalc10 Q OD2 ASP 87 M ASP 87 1_555 HA MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc11 GA O1B ADP . M ADP 601 1_555 HA MG MG . M MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc12 HA MG MG . M MG 602 1_555 GB O HOH . M HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc13 R OD1 ASP 87 L ASP 87 1_555 JA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc14 R OD2 ASP 87 L ASP 87 1_555 JA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? 
metalc ? metalc15 IA O1B ADP . L ADP 601 1_555 JA MG MG . L MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? 
metalc ? metalc16 JA MG MG . L MG 602 1_555 HB O HOH . L HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.988 ? 
metalc ? metalc17 S OD1 ASP 87 K ASP 87 1_555 LA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? 
metalc ? metalc18 S OD2 ASP 87 K ASP 87 1_555 LA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc19 KA O1B ADP . K ADP 601 1_555 LA MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc20 LA MG MG . K MG 602 1_555 IB O HOH . K HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc21 T OD1 ASP 87 J ASP 87 1_555 NA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? 
metalc ? metalc22 T OD2 ASP 87 J ASP 87 1_555 NA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc23 MA O1B ADP . J ADP 601 1_555 NA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc24 NA MG MG . J MG 602 1_555 JB O HOH . J HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.971 ? 
metalc ? metalc25 NA MG MG . J MG 602 1_555 JB O HOH . J HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc26 U OD1 ASP 87 I ASP 87 1_555 PA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? 
metalc ? metalc27 U OD2 ASP 87 I ASP 87 1_555 PA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
metalc ? metalc28 OA O1B ADP . I ADP 601 1_555 PA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc29 PA MG MG . I MG 602 1_555 KB O HOH . I HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc30 V OD1 ASP 87 D ASP 87 1_555 RA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc31 V OD2 ASP 87 D ASP 87 1_555 RA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc32 QA O3B ADP . D ADP 601 1_555 RA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc33 RA MG MG . D MG 602 1_555 LB O HOH . D HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc34 W OD1 ASP 87 C ASP 87 1_555 TA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc35 W OD2 ASP 87 C ASP 87 1_555 TA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc36 SA O3B ADP . C ADP 601 1_555 TA MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc37 TA MG MG . C MG 602 1_555 MB O HOH . C HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc38 X OD1 ASP 87 B ASP 87 1_555 VA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? 
metalc ? metalc39 X OD2 ASP 87 B ASP 87 1_555 VA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc40 UA O3B ADP . B ADP 601 1_555 VA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
metalc ? metalc41 VA MG MG . B MG 602 1_555 NB O HOH . B HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? 
metalc ? metalc42 Y OD1 ASP 87 A ASP 87 1_555 XA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc43 Y OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 XA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc44 WA O3B ADP . A ADP 601 1_555 XA MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc45 XA MG MG . A MG 602 1_555 OB O HOH . A HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc46 Z OD1 ASP 87 G ASP 87 1_555 ZA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc47 Z OD2 ASP 87 G ASP 87 1_555 ZA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc48 YA O3B ADP . G ADP 601 1_555 ZA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc49 ZA MG MG . G MG 602 1_555 PB O HOH . G HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc50 ZA MG MG . G MG 602 1_555 PB O HOH . G HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc51 AA OD1 ASP 87 F ASP 87 1_555 BB MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc52 AA OD2 ASP 87 F ASP 87 1_555 BB MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc53 AB O3B ADP . F ADP 601 1_555 BB MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc54 BB MG MG . F MG 602 1_555 QB O HOH . F HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc55 BA OD1 ASP 87 E ASP 87 1_555 DB MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc56 BA OD2 ASP 87 E ASP 87 1_555 DB MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc57 CB O3B ADP . E ADP 601 1_555 DB MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc58 DB MG MG . E MG 602 1_555 RB O HOH . E HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     6MRC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 3 ADP H 1 601 529 ADP ADP . 
DA 4 MG H 1 602 530 MG MG . 
EA 3 ADP N 1 601 529 ADP ADP . 
FA 4 MG N 1 602 530 MG MG . 
GA 3 ADP M 1 601 529 ADP ADP . 
HA 4 MG M 1 602 530 MG MG . 
IA 3 ADP L 1 601 529 ADP ADP . 
JA 4 MG L 1 602 530 MG MG . 
KA 3 ADP K 1 601 529 ADP ADP . 
LA 4 MG K 1 602 530 MG MG . 
MA 3 ADP J 1 601 529 ADP ADP . 
NA 4 MG J 1 602 530 MG MG . 
OA 3 ADP I 1 601 529 ADP ADP . 
PA 4 MG I 1 602 530 MG MG . 
QA 3 ADP D 1 601 529 ADP ADP . 
RA 4 MG D 1 602 530 MG MG . 
SA 3 ADP C 1 601 529 ADP ADP . 
TA 4 MG C 1 602 530 MG MG . 
UA 3 ADP B 1 601 529 ADP ADP . 
VA 4 MG B 1 602 530 MG MG . 
WA 3 ADP A 1 601 529 ADP ADP . 
XA 4 MG A 1 602 530 MG MG . 
YA 3 ADP G 1 601 529 ADP ADP . 
ZA 4 MG G 1 602 530 MG MG . 
AB 3 ADP F 1 601 529 ADP ADP . 
BB 4 MG F 1 602 530 MG MG . 
CB 3 ADP E 1 601 529 ADP ADP . 
DB 4 MG E 1 602 530 MG MG . 
EB 5 HOH H 1 701 533 HOH HOH . 
EB 5 HOH H 2 702 531 HOH HOH . 
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