data_6MRD # _model_server_result.job_id Vt_pGTfYsWHYXH-rHwwfIA _model_server_result.datetime_utc '2025-04-20 17:20:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6mrd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":602}' # _entry.id 6MRD # _exptl.entry_id 6MRD _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 7 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6MRD _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6MRD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 P N N ? 4 R N N ? 4 T N N ? 4 V N N ? 4 X N N ? 4 Z N N ? 4 BA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 87 A ASP 87 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 87 A ASP 87 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc3 O O1B ADP . A ADP 601 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc4 O O3B ADP . A ADP 601 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc5 O O1A ADP . A ADP 601 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? metalc ? metalc6 O O3A ADP . A ADP 601 1_555 P MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc7 I OD1 ASP 87 G ASP 87 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc8 I OD2 ASP 87 G ASP 87 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? metalc ? metalc9 Q O1B ADP . G ADP 601 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc10 Q O3B ADP . G ADP 601 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? metalc ? metalc11 Q O1A ADP . G ADP 601 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc12 Q O3A ADP . G ADP 601 1_555 R MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc13 S O1A ADP . F ADP 601 1_555 T MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? metalc ? metalc14 S O3A ADP . F ADP 601 1_555 T MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc15 S O5' ADP . F ADP 601 1_555 T MG MG . F MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc16 K OD1 ASP 87 E ASP 87 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc17 K OD2 ASP 87 E ASP 87 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc18 U O1B ADP . E ADP 601 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc19 U O3B ADP . E ADP 601 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc20 U O1A ADP . E ADP 601 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc21 U O3A ADP . E ADP 601 1_555 V MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc22 L OD1 ASP 87 D ASP 87 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc23 L OD2 ASP 87 D ASP 87 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc24 W O1B ADP . D ADP 601 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc25 W O3B ADP . D ADP 601 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc26 W O1A ADP . D ADP 601 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc27 W O3A ADP . D ADP 601 1_555 X MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? metalc ? metalc28 Y O1B ADP . C ADP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc29 Y O1A ADP . C ADP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc30 Y O3A ADP . C ADP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc31 Y O5' ADP . C ADP 601 1_555 Z MG MG . C MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc32 N OD1 ASP 87 B ASP 87 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc33 N OD2 ASP 87 B ASP 87 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? metalc ? metalc34 AA O1B ADP . B ADP 601 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc35 AA O3B ADP . B ADP 601 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc36 AA O1A ADP . B ADP 601 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc37 AA O3A ADP . B ADP 601 1_555 BA MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6MRD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code O 3 ADP A 1 601 529 ADP ADP . P 4 MG A 1 602 530 MG MG . Q 3 ADP G 1 601 529 ADP ADP . R 4 MG G 1 602 530 MG MG . S 3 ADP F 1 601 529 ADP ADP . T 4 MG F 1 602 530 MG MG . U 3 ADP E 1 601 529 ADP ADP . V 4 MG E 1 602 530 MG MG . W 3 ADP D 1 601 529 ADP ADP . X 4 MG D 1 602 530 MG MG . Y 3 ADP C 1 601 529 ADP ADP . Z 4 MG C 1 602 530 MG MG . AA 3 ADP B 1 601 529 ADP ADP . BA 4 MG B 1 602 530 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id R _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 232.157 _atom_site.Cartn_y 166.737 _atom_site.Cartn_z 209.243 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 132.04 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id G _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 52 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 42 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #