data_6MZE # _model_server_result.job_id vVg82lxkhPTrCUVj7vvsPQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 14:53:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6mze # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"GB","auth_seq_id":600}' # _entry.id 6MZE # _exptl.entry_id 6MZE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 443.201 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.39 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6MZE _cell.length_a 218.48 _cell.length_b 106.15 _cell.length_c 282.23 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6MZE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? tetradecameric 14 author_defined_assembly 1 ? tetradecameric 14 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 1 1 O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 EA N N ? 7 IA N N ? 7 MA N N ? 7 QA N N ? 7 UA N N ? 7 YA N N ? 7 CB N N ? 7 GB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 CA O2G GTP . A GTP 600 1_555 DA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc2 CA O2B GTP . A GTP 600 1_555 DA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc3 EA O2B GDP . B GDP 600 1_555 FA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? metalc ? metalc4 GA O2G GTP . C GTP 600 1_555 HA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc5 GA O1B GTP . C GTP 600 1_555 HA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? metalc ? metalc6 IA O1B GDP . D GDP 600 1_555 JA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc7 KA O1G GTP . H GTP 600 1_555 LA MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc8 KA O1B GTP . H GTP 600 1_555 LA MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc9 MA O1B GDP . I GDP 600 1_555 NA MG MG . I MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc10 OA O2G GTP . J GTP 600 1_555 PA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc11 OA O2B GTP . J GTP 600 1_555 PA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc12 QA O2B GDP . K GDP 600 1_555 RA MG MG . K MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc13 SA O2G GTP . O GTP 600 1_555 TA MG MG . O MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc14 SA O2B GTP . O GTP 600 1_555 TA MG MG . O MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc15 UA O2B GDP . P GDP 600 1_555 VA MG MG . P MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc16 WA O2G GTP . Q GTP 600 1_555 XA MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc17 WA O1B GTP . Q GTP 600 1_555 XA MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc18 YA O2B GDP . R GDP 600 1_555 ZA MG MG . R MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc19 AB O1G GTP . V GTP 600 1_555 BB MG MG . V MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc20 AB O1B GTP . V GTP 600 1_555 BB MG MG . V MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc21 W OD1 ASP 67 W ASP 69 1_555 DB MG MG . W MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc22 CB O1B GDP . W GDP 600 1_555 DB MG MG . W MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc23 EB O2G GTP . X GTP 600 1_555 FB MG MG . X MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc24 EB O2B GTP . X GTP 600 1_555 FB MG MG . X MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc25 GB O2B GDP . Y GDP 600 1_555 HB MG MG . Y MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O11 P2' _chem_comp.formula_weight 443.201 _chem_comp.id GDP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B GDP doub 83 n n PB O2B GDP sing 84 n n PB O3B GDP sing 85 n n PB O3A GDP sing 86 n n O2B HOB2 GDP sing 87 n n O3B HOB3 GDP sing 88 n n O3A PA GDP sing 89 n n PA O1A GDP doub 90 n n PA O2A GDP sing 91 n n PA O5' GDP sing 92 n n O2A HOA2 GDP sing 93 n n O5' C5' GDP sing 94 n n C5' C4' GDP sing 95 n n C5' H5' GDP sing 96 n n C5' "H5''" GDP sing 97 n n C4' O4' GDP sing 98 n n C4' C3' GDP sing 99 n n C4' H4' GDP sing 100 n n O4' C1' GDP sing 101 n n C3' O3' GDP sing 102 n n C3' C2' GDP sing 103 n n C3' H3' GDP sing 104 n n O3' HO3' GDP sing 105 n n C2' O2' GDP sing 106 n n C2' C1' GDP sing 107 n n C2' H2' GDP sing 108 n n O2' HO2' GDP sing 109 n n C1' N9 GDP sing 110 n n C1' H1' GDP sing 111 n n N9 C8 GDP sing 112 n y N9 C4 GDP sing 113 n y C8 N7 GDP doub 114 n y C8 H8 GDP sing 115 n n N7 C5 GDP sing 116 n y C5 C6 GDP sing 117 n n C5 C4 GDP doub 118 n y C6 O6 GDP doub 119 n n C6 N1 GDP sing 120 n n N1 C2 GDP sing 121 n n N1 HN1 GDP sing 122 n n C2 N2 GDP sing 123 n n C2 N3 GDP doub 124 n n N2 HN21 GDP sing 125 n n N2 HN22 GDP sing 126 n n N3 C4 GDP sing 127 n n # _atom_sites.entry_id 6MZE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004577 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000031 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009421 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003543 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CA 5 GTP A 1 600 600 GTP GTP . DA 6 MG A 1 601 601 MG MG . EA 7 GDP B 1 600 600 GDP GDP . FA 6 MG B 1 601 601 MG MG . GA 5 GTP C 1 600 600 GTP GTP . HA 6 MG C 1 601 601 MG MG . IA 7 GDP D 1 600 600 GDP GDP . JA 6 MG D 1 601 601 MG MG . KA 5 GTP H 1 600 600 GTP GTP . LA 6 MG H 1 601 601 MG MG . MA 7 GDP I 1 600 600 GDP GDP . NA 6 MG I 1 601 601 MG MG . OA 5 GTP J 1 600 600 GTP GTP . PA 6 MG J 1 601 601 MG MG . QA 7 GDP K 1 600 600 GDP GDP . RA 6 MG K 1 601 601 MG MG . SA 5 GTP O 1 600 600 GTP GTP . TA 6 MG O 1 601 601 MG MG . UA 7 GDP P 1 600 600 GDP GDP . VA 6 MG P 1 601 601 MG MG . WA 5 GTP Q 1 600 600 GTP GTP . XA 6 MG Q 1 601 601 MG MG . YA 7 GDP R 1 600 600 GDP GDP . ZA 6 MG R 1 601 601 MG MG . AB 5 GTP V 1 600 600 GTP GTP . BB 6 MG V 1 601 601 MG MG . CB 7 GDP W 1 600 600 GDP GDP . DB 6 MG W 1 601 601 MG MG . EB 5 GTP X 1 600 600 GTP GTP . FB 6 MG X 1 601 601 MG MG . GB 7 GDP Y 1 600 600 GDP GDP . HB 6 MG Y 1 601 601 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB GDP . . . GB 7 -29.727 -21.949 94.801 1 123.65 ? PB GDP 600 Y 1 HETATM 2 O O1B GDP . . . GB 7 -29.762 -22.127 93.3 1 103.49 ? O1B GDP 600 Y 1 HETATM 3 O O2B GDP . . . GB 7 -30.574 -23.001 95.476 1 111.45 ? O2B GDP 600 Y 1 HETATM 4 O O3B GDP . . . GB 7 -28.307 -22.083 95.293 1 85.8 ? O3B GDP 600 Y 1 HETATM 5 O O3A GDP . . . GB 7 -30.253 -20.478 95.184 1 123.99 ? O3A GDP 600 Y 1 HETATM 6 P PA GDP . . . GB 7 -31.653 -19.874 94.665 1 103.44 ? PA GDP 600 Y 1 HETATM 7 O O1A GDP . . . GB 7 -32.176 -20.642 93.471 1 79.16 ? O1A GDP 600 Y 1 HETATM 8 O O2A GDP . . . GB 7 -32.666 -19.797 95.787 1 102.21 ? O2A GDP 600 Y 1 HETATM 9 O O5' GDP . . . GB 7 -31.171 -18.401 94.233 1 104.38 ? O5' GDP 600 Y 1 HETATM 10 C C5' GDP . . . GB 7 -31.757 -17.217 94.762 1 109.52 ? C5' GDP 600 Y 1 HETATM 11 C C4' GDP . . . GB 7 -32.228 -16.343 93.611 1 100.85 ? C4' GDP 600 Y 1 HETATM 12 O O4' GDP . . . GB 7 -33.273 -17.045 92.946 1 92.6 ? O4' GDP 600 Y 1 HETATM 13 C C3' GDP . . . GB 7 -32.82 -15.033 94.096 1 101.76 ? C3' GDP 600 Y 1 HETATM 14 O O3' GDP . . . GB 7 -32.673 -14.064 93.055 1 76.91 ? O3' GDP 600 Y 1 HETATM 15 C C2' GDP . . . GB 7 -34.28 -15.373 94.28 1 105.11 ? C2' GDP 600 Y 1 HETATM 16 O O2' GDP . . . GB 7 -35.08 -14.204 94.081 1 97.22 ? O2' GDP 600 Y 1 HETATM 17 C C1' GDP . . . GB 7 -34.521 -16.392 93.178 1 97.74 ? C1' GDP 600 Y 1 HETATM 18 N N9 GDP . . . GB 7 -35.526 -17.415 93.555 1 99.35 ? N9 GDP 600 Y 1 HETATM 19 C C8 GDP . . . GB 7 -35.409 -18.332 94.535 1 90.47 ? C8 GDP 600 Y 1 HETATM 20 N N7 GDP . . . GB 7 -36.515 -19.12 94.601 1 99.71 ? N7 GDP 600 Y 1 HETATM 21 C C5 GDP . . . GB 7 -37.36 -18.708 93.634 1 115.69 ? C5 GDP 600 Y 1 HETATM 22 C C6 GDP . . . GB 7 -38.705 -19.091 93.134 1 110.49 ? C6 GDP 600 Y 1 HETATM 23 O O6 GDP . . . GB 7 -39.342 -20.031 93.657 1 101.45 ? O6 GDP 600 Y 1 HETATM 24 N N1 GDP . . . GB 7 -39.222 -18.404 92.106 1 102.45 ? N1 GDP 600 Y 1 HETATM 25 C C2 GDP . . . GB 7 -38.568 -17.386 91.516 1 115.35 ? C2 GDP 600 Y 1 HETATM 26 N N2 GDP . . . GB 7 -39.158 -16.739 90.481 1 116.58 ? N2 GDP 600 Y 1 HETATM 27 N N3 GDP . . . GB 7 -37.336 -16.981 91.92 1 125.41 ? N3 GDP 600 Y 1 HETATM 28 C C4 GDP . . . GB 7 -36.698 -17.59 92.948 1 114.67 ? C4 GDP 600 Y 1 # _model_server_stats.io_time_ms 60 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 735 _model_server_stats.query_time_ms 504 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 28 #