data_6MZE
#
_model_server_result.job_id            K02LJetQ8oMhKN1ixFhPeQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 14:57:09' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6mze 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"SA","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    6MZE 
#
_exptl.entry_id    6MZE 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.39 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6MZE 
_cell.length_a            218.48 
_cell.length_b            106.15 
_cell.length_c            282.23 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6MZE 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetradecameric 14 author_defined_assembly 1 
? tetradecameric 14 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 1 1 
O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 CA N N 
? 5 GA N N 
? 5 KA N N 
? 5 OA N N 
? 5 SA N N 
? 5 WA N N 
? 5 AB N N 
? 5 EB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 CA O2G GTP . A GTP 600 1_555 DA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? 
metalc ? metalc2 CA O2B GTP . A GTP 600 1_555 DA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc3 EA O2B GDP . B GDP 600 1_555 FA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.779 ? 
metalc ? metalc4 GA O2G GTP . C GTP 600 1_555 HA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc5 GA O1B GTP . C GTP 600 1_555 HA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
metalc ? metalc6 IA O1B GDP . D GDP 600 1_555 JA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc7 KA O1G GTP . H GTP 600 1_555 LA MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc8 KA O1B GTP . H GTP 600 1_555 LA MG MG . H MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc9 MA O1B GDP . I GDP 600 1_555 NA MG MG . I MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc10 OA O2G GTP . J GTP 600 1_555 PA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc11 OA O2B GTP . J GTP 600 1_555 PA MG MG . J MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
metalc ? metalc12 QA O2B GDP . K GDP 600 1_555 RA MG MG . K MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc13 SA O2G GTP . O GTP 600 1_555 TA MG MG . O MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc14 SA O2B GTP . O GTP 600 1_555 TA MG MG . O MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc15 UA O2B GDP . P GDP 600 1_555 VA MG MG . P MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? 
metalc ? metalc16 WA O2G GTP . Q GTP 600 1_555 XA MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc17 WA O1B GTP . Q GTP 600 1_555 XA MG MG . Q MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc18 YA O2B GDP . R GDP 600 1_555 ZA MG MG . R MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc19 AB O1G GTP . V GTP 600 1_555 BB MG MG . V MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc20 AB O1B GTP . V GTP 600 1_555 BB MG MG . V MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc21 W OD1 ASP 67 W ASP 69 1_555 DB MG MG . W MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? 
metalc ? metalc22 CB O1B GDP . W GDP 600 1_555 DB MG MG . W MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc23 EB O2G GTP . X GTP 600 1_555 FB MG MG . X MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc24 EB O2B GTP . X GTP 600 1_555 FB MG MG . X MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc25 GB O2B GDP . Y GDP 600 1_555 HB MG MG . Y MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 174 n n 
PG O2G GTP sing 175 n n 
PG O3G GTP sing 176 n n 
PG O3B GTP sing 177 n n 
O2G HOG2 GTP sing 178 n n 
O3G HOG3 GTP sing 179 n n 
O3B PB GTP sing 180 n n 
PB O1B GTP doub 181 n n 
PB O2B GTP sing 182 n n 
PB O3A GTP sing 183 n n 
O2B HOB2 GTP sing 184 n n 
O3A PA GTP sing 185 n n 
PA O1A GTP doub 186 n n 
PA O2A GTP sing 187 n n 
PA O5' GTP sing 188 n n 
O2A HOA2 GTP sing 189 n n 
O5' C5' GTP sing 190 n n 
C5' C4' GTP sing 191 n n 
C5' H5' GTP sing 192 n n 
C5' "H5''" GTP sing 193 n n 
C4' O4' GTP sing 194 n n 
C4' C3' GTP sing 195 n n 
C4' H4' GTP sing 196 n n 
O4' C1' GTP sing 197 n n 
C3' O3' GTP sing 198 n n 
C3' C2' GTP sing 199 n n 
C3' H3' GTP sing 200 n n 
O3' HO3' GTP sing 201 n n 
C2' O2' GTP sing 202 n n 
C2' C1' GTP sing 203 n n 
C2' H2' GTP sing 204 n n 
O2' HO2' GTP sing 205 n n 
C1' N9 GTP sing 206 n n 
C1' H1' GTP sing 207 n n 
N9 C8 GTP sing 208 n y 
N9 C4 GTP sing 209 n y 
C8 N7 GTP doub 210 n y 
C8 H8 GTP sing 211 n n 
N7 C5 GTP sing 212 n y 
C5 C6 GTP sing 213 n n 
C5 C4 GTP doub 214 n y 
C6 O6 GTP doub 215 n n 
C6 N1 GTP sing 216 n n 
N1 C2 GTP sing 217 n n 
N1 HN1 GTP sing 218 n n 
C2 N2 GTP sing 219 n n 
C2 N3 GTP doub 220 n n 
N2 HN21 GTP sing 221 n n 
N2 HN22 GTP sing 222 n n 
N3 C4 GTP sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6MZE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004577 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000031 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009421 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003543 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
CA 5 GTP A 1 600 600 GTP GTP . 
DA 6 MG A 1 601 601 MG MG . 
EA 7 GDP B 1 600 600 GDP GDP . 
FA 6 MG B 1 601 601 MG MG . 
GA 5 GTP C 1 600 600 GTP GTP . 
HA 6 MG C 1 601 601 MG MG . 
IA 7 GDP D 1 600 600 GDP GDP . 
JA 6 MG D 1 601 601 MG MG . 
KA 5 GTP H 1 600 600 GTP GTP . 
LA 6 MG H 1 601 601 MG MG . 
MA 7 GDP I 1 600 600 GDP GDP . 
NA 6 MG I 1 601 601 MG MG . 
OA 5 GTP J 1 600 600 GTP GTP . 
PA 6 MG J 1 601 601 MG MG . 
QA 7 GDP K 1 600 600 GDP GDP . 
RA 6 MG K 1 601 601 MG MG . 
SA 5 GTP O 1 600 600 GTP GTP . 
TA 6 MG O 1 601 601 MG MG . 
UA 7 GDP P 1 600 600 GDP GDP . 
VA 6 MG P 1 601 601 MG MG . 
WA 5 GTP Q 1 600 600 GTP GTP . 
XA 6 MG Q 1 601 601 MG MG . 
YA 7 GDP R 1 600 600 GDP GDP . 
ZA 6 MG R 1 601 601 MG MG . 
AB 5 GTP V 1 600 600 GTP GTP . 
BB 6 MG V 1 601 601 MG MG . 
CB 7 GDP W 1 600 600 GDP GDP . 
DB 6 MG W 1 601 601 MG MG . 
EB 5 GTP X 1 600 600 GTP GTP . 
FB 6 MG X 1 601 601 MG MG . 
GB 7 GDP Y 1 600 600 GDP GDP . 
HB 6 MG Y 1 601 601 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . SA 5 37.765 -17.724 121.209 1 111.36 ? PG GTP 600 O 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . SA 5 37.767 -19 120.401 1 78 ? O1G GTP 600 O 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . SA 5 38.344 -17.995 122.578 1 93.38 ? O2G GTP 600 O 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . SA 5 38.597 -16.679 120.506 1 88.43 ? O3G GTP 600 O 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . SA 5 36.259 -17.164 121.339 1 93.48 ? O3B GTP 600 O 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . SA 5 35.499 -17.119 122.759 1 110.2 ? PB GTP 600 O 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . SA 5 34.019 -16.948 122.504 1 96.96 ? O1B GTP 600 O 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . SA 5 35.764 -18.362 123.575 1 93.32 ? O2B GTP 600 O 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . SA 5 36.065 -15.796 123.488 1 110.05 ? O3A GTP 600 O 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . SA 5 35.492 -15.368 124.933 1 104.58 ? PA GTP 600 O 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . SA 5 33.985 -15.338 124.895 1 105.55 ? O1A GTP 600 O 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . SA 5 35.959 -16.347 125.982 1 105.78 ? O2A GTP 600 O 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . SA 5 36.1 -13.907 125.259 1 103.19 ? O5' GTP 600 O 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . SA 5 35.657 -12.754 124.573 1 98.42 ? C5' GTP 600 O 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . SA 5 35.112 -11.7 125.524 1 95.42 ? C4' GTP 600 O 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . SA 5 34.142 -12.309 126.343 1 99.35 ? O4' GTP 600 O 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . SA 5 36.189 -11.131 126.433 1 91.71 ? C3' GTP 600 O 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . SA 5 36.228 -9.731 126.268 1 85.28 ? O3' GTP 600 O 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . SA 5 35.75 -11.48 127.839 1 94.86 ? C2' GTP 600 O 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . SA 5 35.848 -10.335 128.653 1 91.56 ? O2' GTP 600 O 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . SA 5 34.3 -11.908 127.683 1 90.31 ? C1' GTP 600 O 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . SA 5 33.945 -13.071 128.513 1 103.01 ? N9 GTP 600 O 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . SA 5 34.453 -14.342 128.417 1 97.93 ? C8 GTP 600 O 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . SA 5 33.854 -15.119 129.351 1 92.98 ? N7 GTP 600 O 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . SA 5 32.962 -14.362 130.028 1 100.78 ? C5 GTP 600 O 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . SA 5 32.094 -14.639 131.077 1 109.87 ? C6 GTP 600 O 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . SA 5 32.044 -15.772 131.551 1 107.75 ? O6 GTP 600 O 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . SA 5 31.29 -13.636 131.583 1 119.92 ? N1 GTP 600 O 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . SA 5 31.356 -12.366 131.045 1 120.17 ? C2 GTP 600 O 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . SA 5 30.587 -11.394 131.522 1 116.93 ? N2 GTP 600 O 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . SA 5 32.222 -12.099 130.008 1 115.58 ? N3 GTP 600 O 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . SA 5 33.012 -13.076 129.51 1 107.24 ? C4 GTP 600 O 1 
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