data_6N25 # _model_server_result.job_id F-9joulknh8QF8biR4zRLQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 23:19:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n25 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":401}' # _entry.id 6N25 # _exptl.entry_id 6N25 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6N25 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N25 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 134 A CYS 135 1_555 A SG CYS 184 A CYS 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 134 B CYS 135 1_555 B SG CYS 184 B CYS 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 134 C CYS 135 1_555 C SG CYS 184 C CYS 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf4 D SG CYS 134 D CYS 135 1_555 D SG CYS 184 D CYS 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf5 E SG CYS 134 E CYS 135 1_555 E SG CYS 184 E CYS 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc1 A O ALA 9 A ALA 10 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc2 A O GLN 292 A GLN 293 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc3 A O ASN 295 A ASN 296 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 300 A ASP 301 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 303 A ASP 304 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 303 A ASP 304 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc7 B O ALA 9 B ALA 10 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc8 B O GLN 292 B GLN 293 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc9 B O ASN 295 B ASN 296 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 300 B ASP 301 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASP 303 B ASP 304 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 303 B ASP 304 1_555 G CA CA . B CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc13 C O ALA 9 C ALA 10 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc14 C O GLN 292 C GLN 293 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc15 C O ASN 295 C ASN 296 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc16 C OD2 ASP 300 C ASP 301 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc17 C OD1 ASP 303 C ASP 304 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 303 C ASP 304 1_555 H CA CA . C CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? metalc ? metalc19 D O ALA 9 D ALA 10 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc20 D O GLN 292 D GLN 293 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc21 D O ASN 295 D ASN 296 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc22 D OD2 ASP 300 D ASP 301 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc23 D OD1 ASP 303 D ASP 304 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? metalc ? metalc24 D OD2 ASP 303 D ASP 304 1_555 I CA CA . D CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc25 E O ALA 9 E ALA 10 1_555 F CA CA . A CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc26 E O GLN 292 E GLN 293 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc27 E O ASN 295 E ASN 296 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc28 E OD2 ASP 300 E ASP 301 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc29 E OD1 ASP 303 E ASP 304 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc30 E OD2 ASP 303 E ASP 304 1_555 J CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6N25 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA A 1 401 1 CA CA . G 2 CA B 1 401 5 CA CA . H 2 CA C 1 401 4 CA CA . I 2 CA D 1 401 3 CA CA . J 2 CA E 1 401 2 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 77.78 _atom_site.Cartn_y 57.9 _atom_site.Cartn_z 84.009 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 44.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 299 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #