data_6N5P # _model_server_result.job_id RiC_GAS-kAELdylL6vXxig _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 19:07:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n5p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":202}' # _entry.id 6N5P # _exptl.entry_id 6N5P _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 658.412 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6N5P _cell.length_a 114.8 _cell.length_b 114.8 _cell.length_c 115.57 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N5P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 1 1_555 A P G 2 A G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? metalc ? metalc1 A OP1 A 30 A A 30 1_555 E MG MG . A MG 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc2 A OP2 G 32 A G 32 1_555 D MG MG . A MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc3 A OP1 A 75 A A 75 1_555 H MG MG . A MG 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc4 A OP1 G 99 A G 99 1_555 D MG MG . A MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc5 A OP2 G 99 A G 99 1_555 G MG MG . A MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc6 A OP2 C 100 A C 100 1_555 D MG MG . A MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc7 A O4 U 101 A U 101 1_555 D MG MG . A MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 U 4 A U 4 1_555 A N1 A 114 A A 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A O4 U 4 A U 4 1_555 A N6 A 114 A A 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 113 A C 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 113 A C 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 113 A C 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N3 C 6 A C 6 1_555 A N1 G 112 A G 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N4 C 6 A C 6 1_555 A O6 G 112 A G 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O2 C 6 A C 6 1_555 A N2 G 112 A G 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 C 7 A C 7 1_555 A N1 G 111 A G 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 C 7 A C 7 1_555 A O6 G 111 A G 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 C 7 A C 7 1_555 A N2 G 111 A G 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog12 A N2 G 8 A G 8 1_555 A N7 A 110 A A 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog13 A N3 G 8 A G 8 1_555 A N6 A 110 A A 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog14 A N3 A 9 A A 9 1_555 A N2 G 108 A G 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog15 A N3 U 11 A U 11 1_555 A O2 U 25 A U 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog16 A O4 U 11 A U 11 1_555 A N3 U 25 A U 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 C 12 A C 12 1_555 A N1 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 C 12 A C 12 1_555 A O6 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 C 12 A C 12 1_555 A N2 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N3 C 13 A C 13 1_555 A N1 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N4 C 13 A C 13 1_555 A O6 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A O2 C 13 A C 13 1_555 A N2 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N1 A 14 A A 14 1_555 A N3 U 22 A U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N6 A 14 A A 14 1_555 A O4 U 22 A U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog25 A N3 U 15 A U 15 1_555 A O4 U 21 A U 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog26 A O2 U 15 A U 15 1_555 A N3 U 21 A U 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog27 A N6 A 26 A A 26 1_555 A N3 G 109 A G 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog28 A N7 A 26 A A 26 1_555 A N2 G 109 A G 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 C 27 A C 27 1_555 A N1 G 108 A G 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N4 C 27 A C 27 1_555 A O6 G 108 A G 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O2 C 27 A C 27 1_555 A N2 G 108 A G 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N1 G 28 A G 28 1_555 A N3 C 107 A C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N2 G 28 A G 28 1_555 A O2 C 107 A C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O6 G 28 A G 28 1_555 A N4 C 107 A C 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 G 29 A G 29 1_555 A N3 C 106 A C 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N2 G 29 A G 29 1_555 A O2 C 106 A C 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O6 G 29 A G 29 1_555 A N4 C 106 A C 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N1 A 30 A A 30 1_555 A N3 U 105 A U 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N6 A 30 A A 30 1_555 A O4 U 105 A U 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N1 G 31 A G 31 1_555 A N3 C 104 A C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N2 G 31 A G 31 1_555 A O2 C 104 A C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O6 G 31 A G 31 1_555 A N4 C 104 A C 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog43 A N2 G 32 A G 32 1_555 A N7 A 103 A A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog44 A N3 G 32 A G 32 1_555 A N6 A 103 A A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-C MISPAIR' hydrog45 A N4 C 35 A C 35 1_555 A O2 C 100 A C 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 C 36 A C 36 1_555 A N1 G 99 A G 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N4 C 36 A C 36 1_555 A O6 G 99 A G 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O2 C 36 A C 36 1_555 A N2 G 99 A G 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N3 U 42 A U 42 1_555 A N1 A 96 A A 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A O4 U 42 A U 42 1_555 A N6 A 96 A A 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog51 A O6 G 44 A G 44 1_555 A N2 G 95 A G 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 G 44 A G 44 1_555 A N3 C 97 A C 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 G 44 A G 44 1_555 A O2 C 97 A C 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 G 44 A G 44 1_555 A N4 C 97 A C 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N1 G 45 A G 45 1_555 A N3 C 94 A C 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A N2 G 45 A G 45 1_555 A O2 C 94 A C 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A O6 G 45 A G 45 1_555 A N4 C 94 A C 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog58 A N2 G 45 A G 45 1_555 A N1 A 98 A A 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 A N1 G 46 A G 46 1_555 A N3 C 93 A C 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 A N2 G 46 A G 46 1_555 A O2 C 93 A C 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 A O6 G 46 A G 46 1_555 A N4 C 93 A C 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 A N1 G 47 A G 47 1_555 A N3 C 92 A C 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 A N2 G 47 A G 47 1_555 A O2 C 92 A C 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 A O6 G 47 A G 47 1_555 A N4 C 92 A C 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 A N3 U 48 A U 48 1_555 A N1 A 91 A A 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 A O4 U 48 A U 48 1_555 A N6 A 91 A A 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog67 A O2 U 49 A U 49 1_555 A N4 C 90 A C 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog68 A N3 A 50 A A 50 1_555 A N2 G 72 A G 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog69 A N3 U 52 A U 52 1_555 A O2 U 70 A U 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog70 A O4 U 52 A U 52 1_555 A N3 U 70 A U 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 A N3 C 53 A C 53 1_555 A N1 G 69 A G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 A N4 C 53 A C 53 1_555 A O6 G 69 A G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 A O2 C 53 A C 53 1_555 A N2 G 69 A G 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 A N3 U 54 A U 54 1_555 A N1 A 68 A A 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 A O4 U 54 A U 54 1_555 A N6 A 68 A A 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 A N1 G 55 A G 55 1_555 A N3 C 67 A C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 A N2 G 55 A G 55 1_555 A O2 C 67 A C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 A O6 G 55 A G 55 1_555 A N4 C 67 A C 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 A N3 C 56 A C 56 1_555 A N1 G 66 A G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 A N4 C 56 A C 56 1_555 A O6 G 66 A G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 A O2 C 56 A C 56 1_555 A N2 G 66 A G 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 A N1 A 57 A A 57 1_555 A N3 U 65 A U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog83 A N6 A 57 A A 57 1_555 A O4 U 65 A U 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog84 A N1 G 58 A G 58 1_555 A O2 C 64 A C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog85 A O2 U 59 A U 59 1_555 A N4 C 64 A C 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog86 A N6 A 71 A A 71 1_555 A N3 G 89 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog87 A N7 A 71 A A 71 1_555 A N2 G 89 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog88 A N1 G 72 A G 72 1_555 A N3 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog89 A N2 G 72 A G 72 1_555 A O2 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog90 A O6 G 72 A G 72 1_555 A N4 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog91 A N1 G 73 A G 73 1_555 A N3 C 87 A C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog92 A N2 G 73 A G 73 1_555 A O2 C 87 A C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 A O6 G 73 A G 73 1_555 A N4 C 87 A C 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 A N1 G 74 A G 74 1_555 A N3 C 86 A C 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 A N2 G 74 A G 74 1_555 A O2 C 86 A C 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog96 A O6 G 74 A G 74 1_555 A N4 C 86 A C 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog97 A N1 A 75 A A 75 1_555 A N3 U 85 A U 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog98 A N6 A 75 A A 75 1_555 A O4 U 85 A U 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog99 A N3 U 76 A U 76 1_555 A O6 G 84 A G 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog100 A O2 U 76 A U 76 1_555 A N1 G 84 A G 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog101 A N3 C 78 A C 78 1_555 A N1 G 125 A G 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog102 A N4 C 78 A C 78 1_555 A O6 G 125 A G 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog103 A O2 C 78 A C 78 1_555 A N2 G 125 A G 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog104 A N3 C 79 A C 79 1_555 A N1 G 124 A G 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog105 A N4 C 79 A C 79 1_555 A O6 G 124 A G 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog106 A O2 C 79 A C 79 1_555 A N2 G 124 A G 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog107 A N3 U 80 A U 80 1_555 A N1 A 123 A A 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog108 A O4 U 80 A U 80 1_555 A N6 A 123 A A 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog109 A N3 U 81 A U 81 1_555 A N1 A 122 A A 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog110 A O4 U 81 A U 81 1_555 A N6 A 122 A A 122 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog111 A N3 C 82 A C 82 1_555 A N1 G 121 A G 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog112 A N4 C 82 A C 82 1_555 A O6 G 121 A G 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog113 A O2 C 82 A C 82 1_555 A N2 G 121 A G 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog114 A N3 U 83 A U 83 1_555 A O6 G 120 A G 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog115 A O2 U 83 A U 83 1_555 A N1 G 120 A G 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog116 A N2 G 84 A G 84 1_555 A N3 A 118 A A 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog117 A O2 C 94 A C 94 1_555 A N6 A 98 A A 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog118 A N3 G 95 A G 95 1_555 A N4 C 97 A C 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C20 H24 N10 O12 P2' _chem_comp.formula_weight 658.412 _chem_comp.id 2BA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms "bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate" # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1P 2BA doub 1 n n P O2P 2BA sing 2 n n P O5' 2BA sing 3 n n P "O3'1" 2BA sing 4 n n O5' C5' 2BA sing 5 n n C5' C4' 2BA sing 6 n n C4' O4' 2BA sing 7 n n C4' C3' 2BA sing 8 n n O4' C1' 2BA sing 9 n n C3' O3' 2BA sing 10 n n C3' C2' 2BA sing 11 n n O3' P1 2BA sing 12 n n C2' O2' 2BA sing 13 n n C2' C1' 2BA sing 14 n n C1' N9 2BA sing 15 n n N9 C8 2BA sing 16 n y N9 C4 2BA sing 17 n y C8 N7 2BA doub 18 n y N7 C5 2BA sing 19 n y C5 C6 2BA doub 20 n y C5 C4 2BA sing 21 n y C6 N6 2BA sing 22 n n C6 N1 2BA sing 23 n y N1 C2 2BA doub 24 n y C2 N3 2BA sing 25 n y N3 C4 2BA doub 26 n y P1 O1P1 2BA doub 27 n n P1 O2P1 2BA sing 28 n n P1 "O5'1" 2BA sing 29 n n "O5'1" "C5'1" 2BA sing 30 n n "C5'1" "C4'1" 2BA sing 31 n n "C4'1" "O4'1" 2BA sing 32 n n "C4'1" "C3'1" 2BA sing 33 n n "O4'1" "C1'1" 2BA sing 34 n n "C3'1" "O3'1" 2BA sing 35 n n "C3'1" "C2'1" 2BA sing 36 n n "C2'1" "O2'1" 2BA sing 37 n n "C2'1" "C1'1" 2BA sing 38 n n "C1'1" N91 2BA sing 39 n n N91 C81 2BA sing 40 n y N91 C41 2BA sing 41 n y C81 N71 2BA doub 42 n y N71 C51 2BA sing 43 n y C51 C61 2BA doub 44 n y C51 C41 2BA sing 45 n y C61 N61 2BA sing 46 n n C61 N11 2BA sing 47 n y N11 C21 2BA doub 48 n y C21 N31 2BA sing 49 n y N31 C41 2BA doub 50 n y C5' H5' 2BA sing 51 n n C5' "H5'A" 2BA sing 52 n n C4' H4' 2BA sing 53 n n C3' H3' 2BA sing 54 n n C2' H2' 2BA sing 55 n n O2' HO2' 2BA sing 56 n n C1' H1' 2BA sing 57 n n C8 H8 2BA sing 58 n n N6 HN6 2BA sing 59 n n N6 HN6A 2BA sing 60 n n C2 H2 2BA sing 61 n n "C5'1" HC5' 2BA sing 62 n n "C5'1" HC5A 2BA sing 63 n n "C4'1" HC4' 2BA sing 64 n n "C3'1" HC3' 2BA sing 65 n n "C2'1" HC2' 2BA sing 66 n n "O2'1" HO2A 2BA sing 67 n n "C1'1" HC1' 2BA sing 68 n n C81 HC8 2BA sing 69 n n N61 H1N6 2BA sing 70 n n N61 H1NA 2BA sing 71 n n C21 HC2 2BA sing 72 n n O2P H2P 2BA sing 73 n n O2P1 H2OP 2BA sing 74 n n # _atom_sites.entry_id 6N5P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008711 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005029 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010058 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008653 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 2BA A 1 201 201 2BA 2BA . C 2 2BA A 1 202 202 2BA 2BA . D 3 MG A 1 203 203 MG MG . E 3 MG A 1 204 204 MG MG . F 4 K A 1 205 205 K K . G 3 MG A 1 206 206 MG MG . H 3 MG A 1 207 207 MG MG . I 5 SO4 A 1 208 208 SO4 SO4 . J 6 HOH A 1 301 403 HOH HOH . J 6 HOH A 2 302 401 HOH HOH . J 6 HOH A 3 303 402 HOH HOH . J 6 HOH A 4 304 404 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P 2BA . . . C 2 -51.962 20.627 -10.935 1 68.47 ? P 2BA 202 A 1 HETATM 2 O O1P 2BA . . . C 2 -51.31 19.306 -11.258 1 51.39 ? O1P 2BA 202 A 1 HETATM 3 O O2P 2BA . . . C 2 -52.643 20.792 -9.603 1 81.48 ? O2P 2BA 202 A 1 HETATM 4 O O5' 2BA . . . C 2 -50.888 21.813 -11.052 1 58.27 ? O5' 2BA 202 A 1 HETATM 5 C C5' 2BA . . . C 2 -51.353 23.153 -11.208 1 54.19 ? C5' 2BA 202 A 1 HETATM 6 C C4' 2BA . . . C 2 -50.169 24.029 -11.577 1 54.3 ? C4' 2BA 202 A 1 HETATM 7 O O4' 2BA . . . C 2 -49.077 23.706 -10.711 1 61.29 ? O4' 2BA 202 A 1 HETATM 8 C C3' 2BA . . . C 2 -49.644 23.746 -12.963 1 52.93 ? C3' 2BA 202 A 1 HETATM 9 O O3' 2BA . . . C 2 -50.197 24.659 -13.881 1 75.75 ? O3' 2BA 202 A 1 HETATM 10 C C2' 2BA . . . C 2 -48.165 23.996 -12.865 1 77.48 ? C2' 2BA 202 A 1 HETATM 11 O O2' 2BA . . . C 2 -47.984 25.344 -13.289 1 91.38 ? O2' 2BA 202 A 1 HETATM 12 C C1' 2BA . . . C 2 -47.841 23.889 -11.386 1 58.51 ? C1' 2BA 202 A 1 HETATM 13 N N9 2BA . . . C 2 -47.059 22.685 -11.054 1 53.56 ? N9 2BA 202 A 1 HETATM 14 C C8 2BA . . . C 2 -47.531 21.427 -10.976 1 64.39 ? C8 2BA 202 A 1 HETATM 15 N N7 2BA . . . C 2 -46.548 20.546 -10.629 1 68.15 ? N7 2BA 202 A 1 HETATM 16 C C5 2BA . . . C 2 -45.424 21.264 -10.465 1 64.14 ? C5 2BA 202 A 1 HETATM 17 C C6 2BA . . . C 2 -44.03 20.972 -10.095 1 76.49 ? C6 2BA 202 A 1 HETATM 18 N N6 2BA . . . C 2 -43.626 19.708 -9.829 1 90.76 ? N6 2BA 202 A 1 HETATM 19 N N1 2BA . . . C 2 -43.178 22.01 -10.04 1 81.93 ? N1 2BA 202 A 1 HETATM 20 C C2 2BA . . . C 2 -43.576 23.263 -10.317 1 78.34 ? C2 2BA 202 A 1 HETATM 21 N N3 2BA . . . C 2 -44.82 23.606 -10.663 1 64.02 ? N3 2BA 202 A 1 HETATM 22 C C4 2BA . . . C 2 -45.769 22.664 -10.75 1 60.47 ? C4 2BA 202 A 1 HETATM 23 P P1 2BA . . . C 2 -50.852 24.005 -15.186 1 73.64 ? P1 2BA 202 A 1 HETATM 24 O O1P1 2BA . . . C 2 -49.771 23.155 -15.809 1 65.05 ? O1P1 2BA 202 A 1 HETATM 25 O O2P1 2BA . . . C 2 -51.599 25.068 -15.944 1 68.22 ? O2P1 2BA 202 A 1 HETATM 26 O "O5'1" 2BA . . . C 2 -51.901 23.085 -14.43 1 63.7 ? "O5'1" 2BA 202 A 1 HETATM 27 C "C5'1" 2BA . . . C 2 -53.14 22.805 -15.033 1 71.42 ? "C5'1" 2BA 202 A 1 HETATM 28 C "C4'1" 2BA . . . C 2 -53.757 21.618 -14.315 1 70.56 ? "C4'1" 2BA 202 A 1 HETATM 29 O "O4'1" 2BA . . . C 2 -54.255 20.77 -15.337 1 71.13 ? "O4'1" 2BA 202 A 1 HETATM 30 C "C3'1" 2BA . . . C 2 -52.783 20.796 -13.486 1 60.93 ? "C3'1" 2BA 202 A 1 HETATM 31 O "O3'1" 2BA . . . C 2 -53.027 20.988 -12.096 1 59.41 ? "O3'1" 2BA 202 A 1 HETATM 32 C "C2'1" 2BA . . . C 2 -53.109 19.368 -13.834 1 75.76 ? "C2'1" 2BA 202 A 1 HETATM 33 O "O2'1" 2BA . . . C 2 -53.986 18.865 -12.824 1 76.64 ? "O2'1" 2BA 202 A 1 HETATM 34 C "C1'1" 2BA . . . C 2 -53.875 19.426 -15.132 1 62.22 ? "C1'1" 2BA 202 A 1 HETATM 35 N N91 2BA . . . C 2 -52.986 19.049 -16.251 1 72.19 ? N91 2BA 202 A 1 HETATM 36 C C81 2BA . . . C 2 -51.807 19.614 -16.558 1 67.07 ? C81 2BA 202 A 1 HETATM 37 N N71 2BA . . . C 2 -51.234 19.024 -17.65 1 50.52 ? N71 2BA 202 A 1 HETATM 38 C C51 2BA . . . C 2 -52.073 18.059 -18.052 1 62 ? C51 2BA 202 A 1 HETATM 39 C C61 2BA . . . C 2 -52.084 17.07 -19.138 1 66.44 ? C61 2BA 202 A 1 HETATM 40 N N61 2BA . . . C 2 -51.055 16.992 -20.013 1 74.21 ? N61 2BA 202 A 1 HETATM 41 N N11 2BA . . . C 2 -53.147 16.25 -19.211 1 77.54 ? N11 2BA 202 A 1 HETATM 42 C C21 2BA . . . C 2 -54.162 16.32 -18.337 1 83.63 ? C21 2BA 202 A 1 HETATM 43 N N31 2BA . . . C 2 -54.223 17.193 -17.324 1 80.85 ? N31 2BA 202 A 1 HETATM 44 C C41 2BA . . . C 2 -53.221 18.076 -17.131 1 78.12 ? C41 2BA 202 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 44 #