data_6N61 # _model_server_result.job_id ArNPaWPwqS-wzW_K8T2vYQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 09:35:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n61 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1502}' # _entry.id 6N61 # _exptl.entry_id 6N61 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 11 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6N61 _cell.length_a 172.888 _cell.length_b 172.888 _cell.length_c 385.015 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N61 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 11 L N N ? 11 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 D SG CYS 70 D CYS 70 1_555 L ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc2 D SG CYS 72 D CYS 72 1_555 L ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc3 D SG CYS 85 D CYS 85 1_555 L ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc4 D SG CYS 88 D CYS 88 1_555 L ZN ZN . D ZN 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc5 D OD1 ASP 460 D ASP 460 1_555 K MG MG . D MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc6 D OD2 ASP 462 D ASP 462 1_555 K MG MG . D MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc7 D OD1 ASP 464 D ASP 464 1_555 K MG MG . D MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc8 D OD2 ASP 464 D ASP 464 1_555 K MG MG . D MG 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc9 D SG CYS 814 D CYS 814 1_555 M ZN ZN . D ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc10 D SG CYS 888 D CYS 888 1_555 M ZN ZN . D ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 895 D CYS 895 1_555 M ZN ZN . D ZN 1503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog1 G O6 DG 1 N DG 1 1_555 H N3 DT 23 T DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog2 G N1 DA 2 N DA 2 1_555 H N1 DG 22 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog3 G N6 DA 2 N DA 2 1_555 H O6 DG 22 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 G N1 DA 2 N DA 2 1_555 H N3 DT 23 T DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G N6 DA 2 N DA 2 1_555 H O4 DT 23 T DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog6 G N4 DC 3 N DC 3 1_555 H O6 DG 21 T DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog7 G N4 DC 3 N DC 3 1_555 H O6 DG 22 T DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N3 DC 4 N DC 4 1_555 H N1 DG 21 T DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G N4 DC 4 N DC 4 1_555 H O6 DG 21 T DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G O2 DC 4 N DC 4 1_555 H N2 DG 21 T DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N3 DT 5 N DT 5 1_555 H N1 DA 20 T DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G O4 DT 5 N DT 5 1_555 H N6 DA 20 T DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N3 DT 6 N DT 6 1_555 H N1 DA 19 T DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G O4 DT 6 N DT 6 1_555 H N6 DA 19 T DA 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G N3 DC 7 N DC 7 1_555 H N1 DG 18 T DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N4 DC 7 N DC 7 1_555 H O6 DG 18 T DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G O2 DC 7 N DC 7 1_555 H N2 DG 18 T DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N3 DC 8 N DC 8 1_555 H N1 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N4 DC 8 N DC 8 1_555 H O6 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O2 DC 8 N DC 8 1_555 H N2 DG 17 T DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N3 DC 9 N DC 9 1_555 H N1 DG 16 T DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N4 DC 9 N DC 9 1_555 H O6 DG 16 T DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G O2 DC 9 N DC 9 1_555 H N2 DG 16 T DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N3 DC 10 N DC 10 1_555 H N1 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N4 DC 10 N DC 10 1_555 H O6 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G O2 DC 10 N DC 10 1_555 H N2 DG 15 T DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog27 G O4 DT 11 N DT 11 1_555 H N6 DA 14 T DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog28 G N2 DG 12 N DG 12 1_555 H O2 DC 13 T DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G N1 DA 13 N DA 13 1_555 H N3 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G N6 DA 13 N DA 13 1_555 H O4 DT 12 T DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N1 DG 15 N DG 15 1_555 H N3 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G N2 DG 15 N DG 15 1_555 H O2 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G O6 DG 15 N DG 15 1_555 H N4 DC 10 T DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G N1 DG 16 N DG 16 1_555 H N3 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G N2 DG 16 N DG 16 1_555 H O2 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G O6 DG 16 N DG 16 1_555 H N4 DC 9 T DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G N1 DG 17 N DG 17 1_555 H N3 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N2 DG 17 N DG 17 1_555 H O2 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G O6 DG 17 N DG 17 1_555 H N4 DC 8 T DC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 G N1 DA 18 N DA 18 1_555 H N3 DT 7 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N6 DA 18 N DA 18 1_555 H O4 DT 7 T DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog42 G N1 DA 19 N DA 19 1_555 H N3 DT 6 T DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 G N1 DG 20 N DG 20 1_555 H N3 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 G N2 DG 20 N DG 20 1_555 H O2 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 G O6 DG 20 N DG 20 1_555 H N4 DC 5 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 G N3 DT 22 N DT 22 1_555 H N1 DA 3 T DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 G O4 DT 22 N DT 22 1_555 H N6 DA 3 T DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 G N3 DT 23 N DT 23 1_555 H N1 DA 2 T DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G O4 DT 23 N DT 23 1_555 H N6 DA 2 T DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G N3 DT 24 N DT 24 1_555 H N1 DA 1 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G O4 DT 24 N DT 24 1_555 H N6 DA 1 T DA 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6N61 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005784 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005784 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002597 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 9 EDO C 1 1401 1 EDO EDO . K 10 MG D 1 1501 1501 MG MG . L 11 ZN D 1 1502 1502 ZN ZN . M 11 ZN D 1 1503 1503 ZN ZN . N 12 EPE D 1 1504 1 EPE EPE . O 13 HOH A 1 301 3 HOH HOH . P 13 HOH B 1 301 12 HOH HOH . P 13 HOH B 2 302 16 HOH HOH . Q 13 HOH C 1 1501 24 HOH HOH . Q 13 HOH C 2 1502 20 HOH HOH . Q 13 HOH C 3 1503 7 HOH HOH . Q 13 HOH C 4 1504 11 HOH HOH . Q 13 HOH C 5 1505 18 HOH HOH . Q 13 HOH C 6 1506 10 HOH HOH . Q 13 HOH C 7 1507 1 HOH HOH . Q 13 HOH C 8 1508 5 HOH HOH . Q 13 HOH C 9 1509 23 HOH HOH . Q 13 HOH C 10 1510 14 HOH HOH . Q 13 HOH C 11 1511 21 HOH HOH . Q 13 HOH C 12 1512 17 HOH HOH . Q 13 HOH C 13 1513 2 HOH HOH . R 13 HOH D 1 1601 13 HOH HOH . R 13 HOH D 2 1602 6 HOH HOH . R 13 HOH D 3 1603 8 HOH HOH . S 13 HOH E 1 101 4 HOH HOH . T 13 HOH F 1 701 26 HOH HOH . T 13 HOH F 2 702 25 HOH HOH . T 13 HOH F 3 703 15 HOH HOH . T 13 HOH F 4 704 22 HOH HOH . T 13 HOH F 5 705 9 HOH HOH . U 13 HOH T 1 101 19 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 11 _atom_site.Cartn_x -66.179 _atom_site.Cartn_y 48.791 _atom_site.Cartn_z -59.783 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 126.65 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 1502 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 20 _model_server_stats.parse_time_ms 25 _model_server_stats.create_model_time_ms 25 _model_server_stats.query_time_ms 335 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #