data_6N7I # _model_server_result.job_id sOmcc1q7yC9DODBNdCdh5w _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 12:43:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n7i # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":700}' # _entry.id 6N7I # _exptl.entry_id 6N7I _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6N7I _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N7I _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 H N N ? 3 J N N ? 3 L N N ? 3 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OG SER 319 B SER 319 1_555 I MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc2 B OE1 GLN 343 B GLN 343 1_555 I MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc3 H O1B TTP . B TTP 700 1_555 I MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc4 H O1G TTP . B TTP 700 1_555 I MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc5 C OG SER 319 C SER 319 1_555 K MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc6 C OE1 GLN 343 C GLN 343 1_555 K MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc7 J O1B TTP . C TTP 700 1_555 K MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc8 J O1G TTP . C TTP 700 1_555 K MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc9 D OG SER 319 D SER 319 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? metalc ? metalc10 D OE1 GLN 343 D GLN 343 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc11 L O2B TTP . D TTP 700 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc12 L O2G TTP . D TTP 700 1_555 M MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc13 E OG SER 319 E SER 319 1_555 O MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc14 E OE1 GLN 343 E GLN 343 1_555 O MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc15 N O2B TTP . E TTP 700 1_555 O MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc16 N O2G TTP . E TTP 700 1_555 O MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 445 n n PA O2A TTP sing 446 n n PA O3A TTP sing 447 n n PA O5' TTP sing 448 n n O2A HOA2 TTP sing 449 n n O3A PB TTP sing 450 n n PB O1B TTP doub 451 n n PB O2B TTP sing 452 n n PB O3B TTP sing 453 n n O2B HOB2 TTP sing 454 n n O3B PG TTP sing 455 n n PG O1G TTP doub 456 n n PG O2G TTP sing 457 n n PG O3G TTP sing 458 n n O2G HOG2 TTP sing 459 n n O3G HOG3 TTP sing 460 n n O5' C5' TTP sing 461 n n C5' C4' TTP sing 462 n n C5' "H5'1" TTP sing 463 n n C5' "H5'2" TTP sing 464 n n C4' O4' TTP sing 465 n n C4' C3' TTP sing 466 n n C4' H4' TTP sing 467 n n O4' C1' TTP sing 468 n n C3' O3' TTP sing 469 n n C3' C2' TTP sing 470 n n C3' H3' TTP sing 471 n n O3' HO3' TTP sing 472 n n C2' C1' TTP sing 473 n n C2' "H2'1" TTP sing 474 n n C2' "H2'2" TTP sing 475 n n C1' N1 TTP sing 476 n n C1' H1' TTP sing 477 n n N1 C2 TTP sing 478 n n N1 C6 TTP sing 479 n n C2 O2 TTP doub 480 n n C2 N3 TTP sing 481 n n N3 C4 TTP sing 482 n n N3 HN3 TTP sing 483 n n C4 O4 TTP doub 484 n n C4 C5 TTP sing 485 n n C5 C5M TTP sing 486 n n C5 C6 TTP doub 487 n n C5M HM51 TTP sing 488 n n C5M HM52 TTP sing 489 n n C5M HM53 TTP sing 490 n n C6 H6 TTP sing 491 n n # _atom_sites.entry_id 6N7I _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 3 TTP B 1 700 700 TTP TTP . I 4 MG B 1 701 701 MG MG . J 3 TTP C 1 700 700 TTP TTP . K 4 MG C 1 701 701 MG MG . L 3 TTP D 1 700 700 TTP TTP . M 4 MG D 1 701 701 MG MG . N 3 TTP E 1 700 700 TTP TTP . O 4 MG E 1 701 701 MG MG . P 5 HOH D 1 801 702 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . J 3 155.833 168.963 152.107 1 24.32 ? PA TTP 700 C 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . J 3 156.41 169.811 151.004 1 24.32 -1 O1A TTP 700 C 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . J 3 154.338 169.141 152.16 1 24.32 ? O2A TTP 700 C 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . J 3 156.175 167.384 151.812 1 24.32 ? O3A TTP 700 C 1 HETATM 5 P PB TTP . . . J 3 155.892 166.435 150.502 1 24.32 ? PB TTP 700 C 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . J 3 154.637 166.907 149.815 1 24.32 -1 O1B TTP 700 C 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . J 3 157.064 166.545 149.563 1 24.32 ? O2B TTP 700 C 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . J 3 155.689 164.868 150.955 1 24.32 ? O3B TTP 700 C 1 HETATM 9 P PG TTP . . . J 3 154.378 163.983 151.166 1 24.32 ? PG TTP 700 C 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . J 3 153.182 164.753 150.665 1 24.32 ? O1G TTP 700 C 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . J 3 154.202 163.68 152.632 1 24.32 -1 O2G TTP 700 C 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . J 3 154.517 162.687 150.409 1 24.32 ? O3G TTP 700 C 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . J 3 156.494 169.41 153.544 1 24.32 ? O5' TTP 700 C 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . J 3 157.815 169.044 153.811 1 24.32 ? C5' TTP 700 C 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . J 3 158.345 169.876 155 1 24.32 ? C4' TTP 700 C 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . J 3 159.785 169.975 154.903 1 24.32 ? O4' TTP 700 C 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . J 3 157.778 171.294 154.935 1 24.32 ? C3' TTP 700 C 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . J 3 156.955 171.548 156.11 1 24.32 ? O3' TTP 700 C 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . J 3 158.997 172.201 154.945 1 24.32 ? C2' TTP 700 C 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . J 3 160.228 171.316 155.027 1 24.32 ? C1' TTP 700 C 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . J 3 161.124 171.572 153.891 1 24.32 ? N1 TTP 700 C 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . J 3 162.601 171.563 154.042 1 24.32 ? C2 TTP 700 C 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . J 3 163.053 171.347 155.113 1 24.32 ? O2 TTP 700 C 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . J 3 163.514 171.805 152.999 1 24.32 ? N3 TTP 700 C 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . J 3 162.942 172.044 151.787 1 24.32 ? C4 TTP 700 C 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . J 3 163.709 172.255 150.839 1 24.32 ? O4 TTP 700 C 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . J 3 161.477 172.075 151.518 1 24.32 ? C5 TTP 700 C 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . J 3 160.938 172.358 150.12 1 24.32 ? C5M TTP 700 C 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . J 3 160.622 171.838 152.58 1 24.32 ? C6 TTP 700 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 29 #