data_6N7T
#
_model_server_result.job_id            T0jJE7pe4pKwxhSbwaucgg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 00:49:28' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6n7t 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":700}' 
#
_entry.id    6N7T 
#
_exptl.entry_id    6N7T 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6N7T 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6N7T 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 L N N 
? 3 N N N 
? 3 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG SER 319 A SER 319 1_555 I MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 343 A GLN 343 1_555 I MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc3 H O1B TTP . A TTP 700 1_555 I MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc4 H O1G TTP . A TTP 700 1_555 I MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc5 B OG SER 319 B SER 319 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc6 B OE1 GLN 343 B GLN 343 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc7 J O2A TTP . B TTP 700 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc8 J O3A TTP . B TTP 700 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? 
metalc ? metalc9 J O1B TTP . B TTP 700 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc10 J O1G TTP . B TTP 700 1_555 K MG MG . B MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc11 C OG SER 319 C SER 319 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc12 C OE1 GLN 343 C GLN 343 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc13 L O1B TTP . C TTP 700 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc14 L O1G TTP . C TTP 700 1_555 M MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? 
metalc ? metalc15 D OG SER 319 D SER 319 1_555 O MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? 
metalc ? metalc16 D OE1 GLN 343 D GLN 343 1_555 O MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc17 N O2B TTP . D TTP 700 1_555 O MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc18 N O2G TTP . D TTP 700 1_555 O MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc19 E OG SER 319 E SER 319 1_555 Q MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc20 E OE1 GLN 343 E GLN 343 1_555 Q MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? 
metalc ? metalc21 P O2B TTP . E TTP 700 1_555 Q MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc22 P O2G TTP . E TTP 700 1_555 Q MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 443 n n 
PA O2A TTP sing 444 n n 
PA O3A TTP sing 445 n n 
PA O5' TTP sing 446 n n 
O2A HOA2 TTP sing 447 n n 
O3A PB TTP sing 448 n n 
PB O1B TTP doub 449 n n 
PB O2B TTP sing 450 n n 
PB O3B TTP sing 451 n n 
O2B HOB2 TTP sing 452 n n 
O3B PG TTP sing 453 n n 
PG O1G TTP doub 454 n n 
PG O2G TTP sing 455 n n 
PG O3G TTP sing 456 n n 
O2G HOG2 TTP sing 457 n n 
O3G HOG3 TTP sing 458 n n 
O5' C5' TTP sing 459 n n 
C5' C4' TTP sing 460 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 461 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 462 n n 
C4' O4' TTP sing 463 n n 
C4' C3' TTP sing 464 n n 
C4' H4' TTP sing 465 n n 
O4' C1' TTP sing 466 n n 
C3' O3' TTP sing 467 n n 
C3' C2' TTP sing 468 n n 
C3' H3' TTP sing 469 n n 
O3' HO3' TTP sing 470 n n 
C2' C1' TTP sing 471 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 472 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 473 n n 
C1' N1 TTP sing 474 n n 
C1' H1' TTP sing 475 n n 
N1 C2 TTP sing 476 n n 
N1 C6 TTP sing 477 n n 
C2 O2 TTP doub 478 n n 
C2 N3 TTP sing 479 n n 
N3 C4 TTP sing 480 n n 
N3 HN3 TTP sing 481 n n 
C4 O4 TTP doub 482 n n 
C4 C5 TTP sing 483 n n 
C5 C5M TTP sing 484 n n 
C5 C6 TTP doub 485 n n 
C5M HM51 TTP sing 486 n n 
C5M HM52 TTP sing 487 n n 
C5M HM53 TTP sing 488 n n 
C6 H6 TTP sing 489 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6N7T 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 3 TTP A 1 700 700 TTP TTP . 
I 4 MG A 1 701 701 MG MG . 
J 3 TTP B 1 700 700 TTP TTP . 
K 4 MG B 1 701 701 MG MG . 
L 3 TTP C 1 700 700 TTP TTP . 
M 4 MG C 1 701 701 MG MG . 
N 3 TTP D 1 700 700 TTP TTP . 
O 4 MG D 1 701 701 MG MG . 
P 3 TTP E 1 700 700 TTP TTP . 
Q 4 MG E 1 701 701 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . P 3 159.09 136.912 107.893 1 46.47 ? PA TTP 700 E 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . P 3 158.816 135.48 107.511 1 46.47 ? O1A TTP 700 E 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . P 3 158.485 137.836 106.87 1 46.47 ? O2A TTP 700 E 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . P 3 158.403 137.206 109.349 1 46.47 ? O3A TTP 700 E 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . P 3 156.93 136.736 109.884 1 46.47 ? PB TTP 700 E 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . P 3 157.093 135.626 110.888 1 46.47 ? O1B TTP 700 E 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . P 3 156.136 136.24 108.703 1 46.47 ? O2B TTP 700 E 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . P 3 156.134 137.981 110.589 1 46.47 ? O3B TTP 700 E 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . P 3 154.692 137.996 111.266 1 46.47 ? PG TTP 700 E 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . P 3 154.813 137.572 112.707 1 46.47 ? O1G TTP 700 E 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . P 3 153.807 137.023 110.523 1 46.47 ? O2G TTP 700 E 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . P 3 154.106 139.384 111.199 1 46.47 ? O3G TTP 700 E 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . P 3 160.716 137.147 107.957 1 46.47 ? O5' TTP 700 E 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . P 3 161.203 138.346 108.475 1 46.47 ? C5' TTP 700 E 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . P 3 161.754 139.252 107.35 1 46.47 ? C4' TTP 700 E 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . P 3 163.139 139.566 107.626 1 46.47 ? O4' TTP 700 E 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . P 3 161.74 138.557 105.989 1 46.47 ? C3' TTP 700 E 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . P 3 161.549 139.543 104.934 1 46.47 ? O3' TTP 700 E 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . P 3 163.134 137.969 105.895 1 46.47 ? C2' TTP 700 E 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . P 3 163.978 138.98 106.647 1 46.47 ? C1' TTP 700 E 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . P 3 165.062 138.29 107.359 1 46.47 ? N1 TTP 700 E 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . P 3 166.41 138.9 107.494 1 46.47 ? C2 TTP 700 E 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . P 3 166.576 139.963 107.002 1 46.47 ? O2 TTP 700 E 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . P 3 167.493 138.317 108.154 1 46.47 ? N3 TTP 700 E 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . P 3 167.22 137.109 108.687 1 46.47 ? C4 TTP 700 E 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . P 3 168.143 136.543 109.286 1 46.47 ? O4 TTP 700 E 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . P 3 165.914 136.392 108.624 1 46.47 ? C5 TTP 700 E 1 
HETATM 28 C C5M TTP . . . P 3 165.731 135.023 109.267 1 46.47 ? C5M TTP 700 E 1 
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#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    33 
_model_server_stats.query_time_ms           293 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           29 
#