data_6N9X # _model_server_result.job_id Gyi_frdgVIWDK6uxFvvaiA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 13:01:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n9x # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":603}' # _entry.id 6N9X # _exptl.entry_id 6N9X _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6N9X _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N9X _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 L N N ? 7 N N N ? 7 P N N ? 7 R N N ? 7 T N N ? 7 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 C SG CYS 235 C CYS 235 1_555 C SG CYS 241 C CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 H O3' G 5 P G 5 1_555 H P DOC 6 P DOC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 17 B CYS 17 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 20 B CYS 20 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 36 B CYS 36 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 39 B CYS 39 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc5 B OG SER 319 B SER 319 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLN 343 B GLN 343 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 K O1B TTP . B TTP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc8 K O1G TTP . B TTP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc9 C OG SER 319 C SER 319 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc10 C OE1 GLN 343 C GLN 343 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc11 M O1B TTP . C TTP 700 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc12 M O1G TTP . C TTP 700 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc13 D OG SER 319 D SER 319 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc14 D OE1 GLN 343 D GLN 343 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc15 O O2B TTP . D TTP 700 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc16 O O2G TTP . D TTP 700 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc17 E OG SER 319 E SER 319 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc18 E OE1 GLN 343 E GLN 343 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc19 Q O2B TTP . E TTP 700 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc20 Q O2G TTP . E TTP 700 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc21 G OD1 ASP 475 H ASP 475 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc22 G OD2 ASP 475 H ASP 475 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc23 G O ALA 476 H ALA 476 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc24 G OD2 ASP 654 H ASP 654 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc25 S O2A TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc26 S O2B TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc27 S O1G TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 H N1 A 1 P A 1 1_555 I N3 DT 12 T DT 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 H N6 A 1 P A 1 1_555 I O4 DT 12 T DT 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 H N3 C 2 P C 2 1_555 I N1 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 H N4 C 2 P C 2 1_555 I O6 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 H O2 C 2 P C 2 1_555 I N2 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 H N3 C 3 P C 3 1_555 I N1 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 H N4 C 3 P C 3 1_555 I O6 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 H O2 C 3 P C 3 1_555 I N2 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 H N1 A 4 P A 4 1_555 I N3 DT 9 T DT 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 H N6 A 4 P A 4 1_555 I O4 DT 9 T DT 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 H N1 G 5 P G 5 1_555 I N3 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 H N2 G 5 P G 5 1_555 I O2 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 H O6 G 5 P G 5 1_555 I N4 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DOC-DG MISPAIR' hydrog14 H N4 DOC 6 P DOC 6 1_555 I O6 DG 7 T DG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6N9X _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 5 ZN B 1 601 603 ZN ZN . K 6 TTP B 1 602 700 TTP TTP . L 7 MG B 1 603 701 MG MG . M 6 TTP C 1 700 700 TTP TTP . N 7 MG C 1 701 701 MG MG . O 6 TTP D 1 700 700 TTP TTP . P 7 MG D 1 701 701 MG MG . Q 6 TTP E 1 700 700 TTP TTP . R 7 MG E 1 701 701 MG MG . S 6 TTP H 1 801 1023 TTP TTP . T 7 MG H 1 802 4001 MG MG . U 7 MG H 1 803 4003 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 138.42 _atom_site.Cartn_y 148.007 _atom_site.Cartn_z 204.715 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 54.37 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 603 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 299 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #