data_6N9X # _model_server_result.job_id gRfhhaeDxYUIr9d-vtnvbw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 12:45:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6n9x # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":801}' # _entry.id 6N9X # _exptl.entry_id 6N9X _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6N9X _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6N9X _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 K N N ? 6 M N N ? 6 O N N ? 6 Q N N ? 6 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 C SG CYS 235 C CYS 235 1_555 C SG CYS 241 C CYS 241 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? covale ? covale1 H O3' G 5 P G 5 1_555 H P DOC 6 P DOC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 17 B CYS 17 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 20 B CYS 20 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 36 B CYS 36 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 39 B CYS 39 1_555 J ZN ZN . B ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc5 B OG SER 319 B SER 319 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc6 B OE1 GLN 343 B GLN 343 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 K O1B TTP . B TTP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc8 K O1G TTP . B TTP 602 1_555 L MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.185 ? metalc ? metalc9 C OG SER 319 C SER 319 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc10 C OE1 GLN 343 C GLN 343 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc11 M O1B TTP . C TTP 700 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc12 M O1G TTP . C TTP 700 1_555 N MG MG . C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc13 D OG SER 319 D SER 319 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc14 D OE1 GLN 343 D GLN 343 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc15 O O2B TTP . D TTP 700 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc16 O O2G TTP . D TTP 700 1_555 P MG MG . D MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc17 E OG SER 319 E SER 319 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc18 E OE1 GLN 343 E GLN 343 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc19 Q O2B TTP . E TTP 700 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc20 Q O2G TTP . E TTP 700 1_555 R MG MG . E MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc21 G OD1 ASP 475 H ASP 475 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc22 G OD2 ASP 475 H ASP 475 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc23 G O ALA 476 H ALA 476 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc24 G OD2 ASP 654 H ASP 654 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc25 S O2A TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc26 S O2B TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc27 S O1G TTP . H TTP 801 1_555 T MG MG . H MG 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 H N1 A 1 P A 1 1_555 I N3 DT 12 T DT 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 H N6 A 1 P A 1 1_555 I O4 DT 12 T DT 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 H N3 C 2 P C 2 1_555 I N1 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 H N4 C 2 P C 2 1_555 I O6 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 H O2 C 2 P C 2 1_555 I N2 DG 11 T DG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 H N3 C 3 P C 3 1_555 I N1 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 H N4 C 3 P C 3 1_555 I O6 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 H O2 C 3 P C 3 1_555 I N2 DG 10 T DG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 H N1 A 4 P A 4 1_555 I N3 DT 9 T DT 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 H N6 A 4 P A 4 1_555 I O4 DT 9 T DT 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 H N1 G 5 P G 5 1_555 I N3 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 H N2 G 5 P G 5 1_555 I O2 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 H O6 G 5 P G 5 1_555 I N4 DC 8 T DC 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DOC-DG MISPAIR' hydrog14 H N4 DOC 6 P DOC 6 1_555 I O6 DG 7 T DG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 630 n n PA O2A TTP sing 631 n n PA O3A TTP sing 632 n n PA O5' TTP sing 633 n n O2A HOA2 TTP sing 634 n n O3A PB TTP sing 635 n n PB O1B TTP doub 636 n n PB O2B TTP sing 637 n n PB O3B TTP sing 638 n n O2B HOB2 TTP sing 639 n n O3B PG TTP sing 640 n n PG O1G TTP doub 641 n n PG O2G TTP sing 642 n n PG O3G TTP sing 643 n n O2G HOG2 TTP sing 644 n n O3G HOG3 TTP sing 645 n n O5' C5' TTP sing 646 n n C5' C4' TTP sing 647 n n C5' "H5'1" TTP sing 648 n n C5' "H5'2" TTP sing 649 n n C4' O4' TTP sing 650 n n C4' C3' TTP sing 651 n n C4' H4' TTP sing 652 n n O4' C1' TTP sing 653 n n C3' O3' TTP sing 654 n n C3' C2' TTP sing 655 n n C3' H3' TTP sing 656 n n O3' HO3' TTP sing 657 n n C2' C1' TTP sing 658 n n C2' "H2'1" TTP sing 659 n n C2' "H2'2" TTP sing 660 n n C1' N1 TTP sing 661 n n C1' H1' TTP sing 662 n n N1 C2 TTP sing 663 n n N1 C6 TTP sing 664 n n C2 O2 TTP doub 665 n n C2 N3 TTP sing 666 n n N3 C4 TTP sing 667 n n N3 HN3 TTP sing 668 n n C4 O4 TTP doub 669 n n C4 C5 TTP sing 670 n n C5 C5M TTP sing 671 n n C5 C6 TTP doub 672 n n C5M HM51 TTP sing 673 n n C5M HM52 TTP sing 674 n n C5M HM53 TTP sing 675 n n C6 H6 TTP sing 676 n n # _atom_sites.entry_id 6N9X _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 5 ZN B 1 601 603 ZN ZN . K 6 TTP B 1 602 700 TTP TTP . L 7 MG B 1 603 701 MG MG . M 6 TTP C 1 700 700 TTP TTP . N 7 MG C 1 701 701 MG MG . O 6 TTP D 1 700 700 TTP TTP . P 7 MG D 1 701 701 MG MG . Q 6 TTP E 1 700 700 TTP TTP . R 7 MG E 1 701 701 MG MG . S 6 TTP H 1 801 1023 TTP TTP . T 7 MG H 1 802 4001 MG MG . U 7 MG H 1 803 4003 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . S 6 159.919 164.654 106.238 1 53.38 ? PA TTP 801 H 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . S 6 159.866 163.515 107.227 1 53.38 -1 O1A TTP 801 H 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . S 6 159.318 165.89 106.862 1 53.38 ? O2A TTP 801 H 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . S 6 159.067 164.249 104.887 1 53.38 ? O3A TTP 801 H 1 HETATM 5 P PB TTP . . . S 6 158.152 165.131 103.838 1 53.38 ? PB TTP 801 H 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . S 6 158.676 164.945 102.434 1 53.38 -1 O1B TTP 801 H 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . S 6 158.223 166.593 104.212 1 53.38 ? O2B TTP 801 H 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . S 6 156.586 164.621 103.913 1 53.38 ? O3B TTP 801 H 1 HETATM 9 P PG TTP . . . S 6 155.332 165.094 104.786 1 53.38 ? PG TTP 801 H 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . S 6 155.664 166.393 105.481 1 53.38 ? O1G TTP 801 H 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . S 6 154.138 165.297 103.885 1 53.38 -1 O2G TTP 801 H 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . S 6 155.01 164.04 105.818 1 53.38 ? O3G TTP 801 H 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . S 6 161.488 164.952 105.829 1 53.38 ? O5' TTP 801 H 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . S 6 162.038 166.195 106.16 1 53.38 ? C5' TTP 801 H 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . S 6 163.077 166.6 105.09 1 53.38 ? C4' TTP 801 H 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . S 6 164.267 165.779 105.215 1 53.38 ? O4' TTP 801 H 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . S 6 162.524 166.328 103.69 1 53.38 ? C3' TTP 801 H 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . S 6 163.096 167.27 102.735 1 53.38 ? O3' TTP 801 H 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . S 6 163.024 164.923 103.4 1 53.38 ? C2' TTP 801 H 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . S 6 164.366 164.89 104.111 1 53.38 ? C1' TTP 801 H 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . S 6 164.624 163.541 104.641 1 53.38 ? N1 TTP 801 H 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . S 6 165.964 162.902 104.54 1 53.38 ? C2 TTP 801 H 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . S 6 166.825 163.522 104.013 1 53.38 ? O2 TTP 801 H 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . S 6 166.287 161.628 105.017 1 53.38 ? N3 TTP 801 H 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . S 6 165.255 160.986 105.603 1 53.38 ? C4 TTP 801 H 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . S 6 165.48 159.85 106.047 1 53.38 ? O4 TTP 801 H 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . S 6 163.869 161.514 105.767 1 53.38 ? C5 TTP 801 H 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . S 6 162.784 160.685 106.452 1 53.38 ? C5M TTP 801 H 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . S 6 163.602 162.778 105.279 1 53.38 ? C6 TTP 801 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 460 _model_server_stats.encode_time_ms 20 _model_server_stats.element_count 29 #