data_6NBT
#
_model_server_result.job_id            oVGMOqIm9EQSzCl-dbUg7g 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-31 14:23:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6nbt 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    6NBT 
#
_exptl.entry_id    6NBT 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              150.36 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SAMARIUM (III) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    13 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.05 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6NBT 
_cell.length_a            104.612 
_cell.length_b            50.979 
_cell.length_c            83.018 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6NBT 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,S 1 1 
B,K,L,M,N,O,P,Q,R,T 2 1 
B,K,L,M,N,O,P,Q,R,T 3 1,2 
A,C,D,E,F,G,H,I,J,S 3 3,4 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_455 -x-1,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -104.612 0 0 
3 'crystal symmetry operation' 3_455 x-1/2,y+1/2,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 -52.306 25.4895 0 
4 'crystal symmetry operation' 4_455 -x-1/2,y+1/2,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -52.306 25.4895 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LYS 78 A LYS 54 1_555 A N MSE 79 A MSE 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale2 A C MSE 79 A MSE 55 1_555 A N ARG 80 A ARG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale3 B C ALA 24 B ALA 0 1_555 B N MSE 25 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? 
covale ? covale4 B C MSE 25 B MSE 1 1_555 B N TYR 26 B TYR 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale5 B C LYS 78 B LYS 54 1_555 B N MSE 79 B MSE 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale6 B C MSE 79 B MSE 55 1_555 B N ARG 80 B ARG 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 99 A ASP 75 1_555 G SM SM . A SM 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 111 A GLU 87 1_555 G SM SM . A SM 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 182 A GLU 158 1_555 O SM SM . B SM 305 4_454 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 194 A GLU 170 1_555 F SM SM . A SM 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.444 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 201 A GLU 177 1_555 E SM SM . A SM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.099 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 201 A GLU 177 1_555 I SM SM . A SM 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.445 ? 
metalc ? metalc7 A N ASN 202 A ASN 178 1_555 H SM SM . A SM 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.476 ? 
metalc ? metalc8 A O ASN 202 A ASN 178 1_555 H SM SM . A SM 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? 
metalc ? metalc9 A N ASP 203 A ASP 179 1_555 H SM SM . A SM 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? 
metalc ? metalc10 A OE1 GLN 217 A GLN 193 1_555 I SM SM . A SM 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.313 ? 
metalc ? metalc11 A O PHE 218 A PHE 194 1_555 E SM SM . A SM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc12 A OD1 ASP 220 A ASP 196 1_555 N SM SM . B SM 304 3_545 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 223 A ILE 199 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc14 A O THR 225 A THR 201 1_555 C CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc15 C CA CA . A CA 301 4_454 B O THR 225 B THR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc16 C CA CA . A CA 301 1_555 T O HOH . B HOH 403 4_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc17 C CA CA . A CA 301 1_555 T O HOH . B HOH 413 4_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc18 C CA CA . A CA 301 1_555 T O HOH . B HOH 417 4_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc19 C CA CA . A CA 301 1_555 T O HOH . B HOH 420 4_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc20 D CA CA . A CA 302 1_555 S O HOH . A HOH 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc21 D CA CA . A CA 302 1_555 S O HOH . A HOH 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc22 D CA CA . A CA 302 1_555 S O HOH . A HOH 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? 
metalc ? metalc23 I SM SM . A SM 307 3_455 B OE1 GLN 137 B GLN 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc24 B OE2 GLU 36 B GLU 12 1_555 Q SM SM . B SM 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASP 99 B ASP 75 1_555 P SM SM . B SM 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? 
metalc ? metalc26 B NZ LYS 130 B LYS 106 1_555 N SM SM . B SM 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.392 ? 
metalc ? metalc27 B OE2 GLU 171 B GLU 147 1_555 N SM SM . B SM 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? 
metalc ? metalc28 B OE1 GLU 182 B GLU 158 1_555 M SM SM . B SM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc29 B OE2 GLU 182 B GLU 158 1_555 M SM SM . B SM 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc30 B OE1 GLU 194 B GLU 170 1_555 L SM SM . B SM 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc31 B OE1 GLU 201 B GLU 177 1_555 K SM SM . B SM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.452 ? 
metalc ? metalc32 B OE2 GLU 201 B GLU 177 1_555 K SM SM . B SM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
metalc ? metalc33 B O ASN 202 B ASN 178 1_555 R CA CA . B CA 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc34 B OE1 GLN 217 B GLN 193 1_555 K SM SM . B SM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.433 ? 
metalc ? metalc35 B O PHE 218 B PHE 194 1_555 K SM SM . B SM 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? 
metalc ? metalc36 B NZ LYS 219 B LYS 195 1_555 N SM SM . B SM 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.238 ? 
#
_chem_comp.formula           'Sm 3' 
_chem_comp.formula_weight    150.36 
_chem_comp.id                SM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SAMARIUM (III) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6NBT 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009559 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001182 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.019616 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012137 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 301 1 CA CC4 . 
D 2 CA A 1 302 2 CA CC4 . 
E 3 SM A 1 303 1 SM SM . 
F 3 SM A 1 304 3 SM SM . 
G 3 SM A 1 305 6 SM SM . 
H 3 SM A 1 306 7 SM SM . 
I 3 SM A 1 307 11 SM SM . 
J 3 SM A 1 308 12 SM SM . 
K 3 SM B 1 301 2 SM SM . 
L 3 SM B 1 302 4 SM SM . 
M 3 SM B 1 303 5 SM SM . 
N 3 SM B 1 304 8 SM SM . 
O 3 SM B 1 305 9 SM SM . 
P 3 SM B 1 306 10 SM SM . 
Q 3 SM B 1 307 13 SM SM . 
R 2 CA B 1 308 1 CA CA . 
S 4 HOH A 1 401 71 HOH HOH . 
S 4 HOH A 2 402 24 HOH HOH . 
S 4 HOH A 3 403 8 HOH HOH . 
S 4 HOH A 4 404 16 HOH HOH . 
S 4 HOH A 5 405 65 HOH HOH . 
S 4 HOH A 6 406 12 HOH HOH . 
S 4 HOH A 7 407 45 HOH HOH . 
S 4 HOH A 8 408 2 HOH CC4 . 
S 4 HOH A 9 409 74 HOH HOH . 
S 4 HOH A 10 410 10 HOH HOH . 
S 4 HOH A 11 411 9 HOH HOH . 
S 4 HOH A 12 412 43 HOH HOH . 
S 4 HOH A 13 413 14 HOH HOH . 
S 4 HOH A 14 414 56 HOH HOH . 
S 4 HOH A 15 415 62 HOH HOH . 
S 4 HOH A 16 416 46 HOH HOH . 
S 4 HOH A 17 417 57 HOH HOH . 
S 4 HOH A 18 418 7 HOH HOH . 
S 4 HOH A 19 419 25 HOH HOH . 
S 4 HOH A 20 420 2 HOH CC4 . 
S 4 HOH A 21 421 28 HOH HOH . 
S 4 HOH A 22 422 13 HOH HOH . 
S 4 HOH A 23 423 20 HOH HOH . 
S 4 HOH A 24 424 68 HOH HOH . 
S 4 HOH A 25 425 18 HOH HOH . 
S 4 HOH A 26 426 21 HOH HOH . 
S 4 HOH A 27 427 47 HOH HOH . 
S 4 HOH A 28 428 11 HOH HOH . 
S 4 HOH A 29 429 44 HOH HOH . 
S 4 HOH A 30 430 35 HOH HOH . 
S 4 HOH A 31 431 55 HOH HOH . 
S 4 HOH A 32 432 36 HOH HOH . 
S 4 HOH A 33 433 30 HOH HOH . 
S 4 HOH A 34 434 22 HOH HOH . 
S 4 HOH A 35 435 59 HOH HOH . 
S 4 HOH A 36 436 27 HOH HOH . 
S 4 HOH A 37 437 2 HOH CC4 . 
T 4 HOH B 1 401 77 HOH HOH . 
T 4 HOH B 2 402 60 HOH HOH . 
T 4 HOH B 3 403 1 HOH CC4 . 
T 4 HOH B 4 404 61 HOH HOH . 
T 4 HOH B 5 405 52 HOH HOH . 
T 4 HOH B 6 406 51 HOH HOH . 
T 4 HOH B 7 407 53 HOH HOH . 
T 4 HOH B 8 408 42 HOH HOH . 
T 4 HOH B 9 409 39 HOH HOH . 
T 4 HOH B 10 410 63 HOH HOH . 
T 4 HOH B 11 411 15 HOH HOH . 
T 4 HOH B 12 412 2 HOH HOH . 
T 4 HOH B 13 413 1 HOH CC4 . 
T 4 HOH B 14 414 33 HOH HOH . 
T 4 HOH B 15 415 5 HOH HOH . 
T 4 HOH B 16 416 23 HOH HOH . 
T 4 HOH B 17 417 1 HOH CC4 . 
T 4 HOH B 18 418 6 HOH HOH . 
T 4 HOH B 19 419 38 HOH HOH . 
T 4 HOH B 20 420 1 HOH CC4 . 
T 4 HOH B 21 421 40 HOH HOH . 
T 4 HOH B 22 422 4 HOH HOH . 
T 4 HOH B 23 423 1 HOH HOH . 
T 4 HOH B 24 424 17 HOH HOH . 
T 4 HOH B 25 425 3 HOH HOH . 
T 4 HOH B 26 426 31 HOH HOH . 
T 4 HOH B 27 427 58 HOH HOH . 
T 4 HOH B 28 428 54 HOH HOH . 
T 4 HOH B 29 429 49 HOH HOH . 
T 4 HOH B 30 430 32 HOH HOH . 
T 4 HOH B 31 431 64 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           SM 
_atom_site.label_atom_id         SM 
_atom_site.label_comp_id         SM 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         K 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -47.698 
_atom_site.Cartn_y               -4.295 
_atom_site.Cartn_z               -25.014 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        113.63 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          SM 
_atom_site.auth_comp_id          SM 
_atom_site.auth_seq_id           301 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           195 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           435 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#