data_6ND8 # _model_server_result.job_id aMT0-sLwWN4L0a4eWXoVwg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-22 03:30:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6nd8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"PA","auth_seq_id":401}' # _entry.id 6ND8 # _exptl.entry_id 6ND8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 137.327 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'BARIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ND8 _cell.length_a 131.134 _cell.length_b 131.134 _cell.length_c 251.522 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ND8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 76 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? trimeric 3 author_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 ? trimeric 3 author_defined_assembly 3 ? trimeric 3 author_defined_assembly 4 ? trimeric 3 author_defined_assembly 5 ? trimeric 3 author_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,S,T,U,V,W,X,Y,DB 1 1 D,E,F,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,EB,FB 2 1 G,H,I,GA,HA,IA,JA,KA 3 1 J,K,L,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 4 1 M,N,O,SA,TA,UA,VA,WA 5 1 P,Q,R,XA,YA,ZA,AB,BB,CB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 V N N ? 5 EA N N ? 5 JA N N ? 5 PA N N ? 5 UA N N ? 5 ZA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 4 1_555 A SG CYS 15 A CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 32 A CYS 32 1_555 A SG CYS 129 A CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 81 A CYS 81 1_555 B SG CYS 74 B CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 104 A CYS 104 1_555 A SG CYS 121 A CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 1 B CYS 1 1_555 B SG CYS 12 B CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 29 B CYS 29 1_555 B SG CYS 120 B CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 B SG CYS 112 B CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 4 D CYS 4 1_555 D SG CYS 15 D CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 32 D CYS 32 1_555 D SG CYS 129 D CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 81 D CYS 81 1_555 E SG CYS 74 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 104 D CYS 104 1_555 D SG CYS 121 D CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf12 E SG CYS 1 E CYS 1 1_555 E SG CYS 12 E CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf13 E SG CYS 29 E CYS 29 1_555 E SG CYS 120 E CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf14 E SG CYS 95 E CYS 95 1_555 E SG CYS 112 E CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf15 G SG CYS 4 G CYS 4 1_555 G SG CYS 15 G CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf16 G SG CYS 32 G CYS 32 1_555 G SG CYS 129 G CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf17 G SG CYS 81 G CYS 81 1_555 H SG CYS 74 H CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf18 G SG CYS 104 G CYS 104 1_555 G SG CYS 121 G CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf19 H SG CYS 1 H CYS 1 1_555 H SG CYS 12 H CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf20 H SG CYS 29 H CYS 29 1_555 H SG CYS 120 H CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf21 H SG CYS 95 H CYS 95 1_555 H SG CYS 112 H CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf22 J SG CYS 4 J CYS 4 1_555 J SG CYS 15 J CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? disulf ? disulf23 J SG CYS 32 J CYS 32 1_555 J SG CYS 129 J CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf24 J SG CYS 81 J CYS 81 1_555 K SG CYS 74 K CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? disulf ? disulf25 J SG CYS 104 J CYS 104 1_555 J SG CYS 121 J CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf26 K SG CYS 1 K CYS 1 1_555 K SG CYS 12 K CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf27 K SG CYS 29 K CYS 29 1_555 K SG CYS 120 K CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf28 K SG CYS 95 K CYS 95 1_555 K SG CYS 112 K CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf29 M SG CYS 4 M CYS 4 1_555 M SG CYS 15 M CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf30 M SG CYS 32 M CYS 32 1_555 M SG CYS 129 M CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? disulf ? disulf31 M SG CYS 81 M CYS 81 1_555 N SG CYS 74 N CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf32 M SG CYS 104 M CYS 104 1_555 M SG CYS 121 M CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? disulf ? disulf33 N SG CYS 1 N CYS 1 1_555 N SG CYS 12 N CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf34 N SG CYS 29 N CYS 29 1_555 N SG CYS 120 N CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf35 N SG CYS 95 N CYS 95 1_555 N SG CYS 112 N CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? disulf ? disulf36 P SG CYS 4 P CYS 4 1_555 P SG CYS 15 P CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf37 P SG CYS 32 P CYS 32 1_555 P SG CYS 129 P CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? disulf ? disulf38 P SG CYS 81 P CYS 81 1_555 Q SG CYS 74 Q CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf39 P SG CYS 104 P CYS 104 1_555 P SG CYS 121 P CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? disulf ? disulf40 Q SG CYS 1 Q CYS 1 1_555 Q SG CYS 12 Q CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf41 Q SG CYS 29 Q CYS 29 1_555 Q SG CYS 120 Q CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf42 Q SG CYS 95 Q CYS 95 1_555 Q SG CYS 112 Q CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc1 U O2 SO4 . B SO4 201 1_555 V BA BA . C BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.385 ? metalc ? metalc2 U O2 SO4 . B SO4 201 1_555 W NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc3 C OG SER 33 C SER 182 1_555 V BA BA . C BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc4 C OG SER 35 C SER 184 1_555 W NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc5 C OD1 ASP 134 C ASP 283 1_555 V BA BA . C BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc6 DA O1 SO4 . E SO4 203 1_555 EA BA BA . F BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.32 ? metalc ? metalc7 DA O2 SO4 . E SO4 203 1_555 EA BA BA . F BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.326 ? metalc ? metalc8 DA O1 SO4 . E SO4 203 1_555 FA NA NA . F NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc9 F OG SER 33 F SER 182 1_555 EA BA BA . F BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc10 F OG SER 35 F SER 184 1_555 EA BA BA . F BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc11 F OG SER 35 F SER 184 1_555 FA NA NA . F NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.145 ? metalc ? metalc12 F OD1 ASP 134 F ASP 283 1_555 EA BA BA . F BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.077 ? metalc ? metalc13 IA O1 SO4 . H SO4 202 1_555 JA BA BA . I BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc14 IA O3 SO4 . H SO4 202 1_555 JA BA BA . I BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.346 ? metalc ? metalc15 IA O3 SO4 . H SO4 202 1_555 KA NA NA . I NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc16 I OG SER 33 I SER 182 1_555 JA BA BA . I BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc17 I OG SER 35 I SER 184 1_555 JA BA BA . I BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc18 I OG SER 35 I SER 184 1_555 KA NA NA . I NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.063 ? metalc ? metalc19 I OD1 ASP 134 I ASP 283 1_555 JA BA BA . I BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.964 ? metalc ? metalc20 OA O3 SO4 . K SO4 202 1_555 QA NA NA . L NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc21 L OG SER 33 L SER 182 1_555 PA BA BA . L BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? metalc ? metalc22 TA O1 SO4 . N SO4 201 1_555 UA BA BA . O BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.408 ? metalc ? metalc23 TA O1 SO4 . N SO4 201 1_555 VA NA NA . O NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc24 O OG SER 33 O SER 182 1_555 UA BA BA . O BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? metalc ? metalc25 O OD1 ASP 134 O ASP 283 1_555 UA BA BA . O BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc26 YA O3 SO4 . Q SO4 202 1_555 ZA BA BA . R BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.498 ? metalc ? metalc27 YA O3 SO4 . Q SO4 202 1_555 CB NA NA . R NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc28 R OG SER 33 R SER 182 1_555 ZA BA BA . R BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc29 R OD1 ASP 134 R ASP 283 1_555 ZA BA BA . R BA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? # _chem_comp.formula 'Ba 2' _chem_comp.formula_weight 137.327 _chem_comp.id BA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'BARIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ND8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007626 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007626 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003976 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 4 SO4 A 1 201 402 SO4 SO4 . T 4 SO4 A 1 202 403 SO4 SO4 . U 4 SO4 B 1 201 402 SO4 SO4 . V 5 BA C 1 401 401 BA BA . W 6 NA C 1 402 403 NA NA . X 7 CL C 1 403 404 CL CL . Y 7 CL C 1 404 405 CL CL . Z 4 SO4 D 1 201 403 SO4 SO4 . AA 8 NH4 D 1 202 404 NH4 NH4 . BA 4 SO4 E 1 201 402 SO4 SO4 . CA 7 CL E 1 202 403 CL CL . DA 4 SO4 E 1 203 402 SO4 SO4 . EA 5 BA F 1 401 401 BA BA . FA 6 NA F 1 402 403 NA NA . GA 4 SO4 G 1 201 402 SO4 SO4 . HA 7 CL H 1 201 403 CL CL . IA 4 SO4 H 1 202 402 SO4 SO4 . JA 5 BA I 1 401 401 BA BA . KA 6 NA I 1 402 403 NA NA . LA 4 SO4 J 1 201 402 SO4 SO4 . MA 7 CL J 1 202 403 CL CL . NA 7 CL K 1 201 402 CL CL . OA 4 SO4 K 1 202 402 SO4 SO4 . PA 5 BA L 1 401 401 BA BA . QA 6 NA L 1 402 403 NA NA . RA 7 CL L 1 403 404 CL CL . SA 7 CL M 1 201 405 CL CL . TA 4 SO4 N 1 201 402 SO4 SO4 . UA 5 BA O 1 401 401 BA BA . VA 6 NA O 1 402 403 NA NA . WA 4 SO4 O 1 403 404 SO4 SO4 . XA 4 SO4 Q 1 201 402 SO4 SO4 . YA 4 SO4 Q 1 202 402 SO4 SO4 . ZA 5 BA R 1 401 401 BA BA . AB 4 SO4 R 1 402 403 SO4 SO4 . BB 7 CL R 1 403 405 CL CL . CB 6 NA R 1 404 404 NA NA . DB 9 HOH A 1 301 505 HOH HOH . DB 9 HOH A 2 302 504 HOH HOH . DB 9 HOH A 3 303 502 HOH HOH . DB 9 HOH A 4 304 501 HOH HOH . DB 9 HOH A 5 305 503 HOH HOH . EB 9 HOH D 1 301 405 HOH HOH . FB 9 HOH F 1 501 501 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol BA _atom_site.label_atom_id BA _atom_site.label_comp_id BA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id PA _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x -58.837 _atom_site.Cartn_y 434.665 _atom_site.Cartn_z -46.628 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 127.54 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id BA _atom_site.auth_comp_id BA _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 1 #