data_6NDE # _model_server_result.job_id N2PVLXDsLkb5wVhJ440euA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 20:00:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6nde # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":202}' # _entry.id 6NDE # _exptl.entry_id 6NDE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 15 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6NDE _cell.length_a 132.351 _cell.length_b 132.351 _cell.length_c 254.244 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6NDE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 76 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 3 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 4 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 5 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,S,T,U,V,W,X,DB 1 1 D,E,F,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,EB 2 1 G,H,I,FA,GA,HA,IA,JA,KA 3 1 J,K,L,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,FB 4 1 M,N,O,SA,TA,UA,VA,WA 5 1 P,Q,R,XA,YA,ZA,AB,BB,CB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 U N N ? 4 Y N N ? 4 AA N N ? 4 CA N N ? 4 GA N N ? 4 IA N N ? 4 LA N N ? 4 OA N N ? 4 TA N N ? 4 WA N N ? 4 XA N N ? 4 YA N N ? 4 AB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 4 A CYS 4 1_555 A SG CYS 15 A CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 32 A CYS 32 1_555 A SG CYS 129 A CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 81 A CYS 81 1_555 B SG CYS 74 B CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 104 A CYS 104 1_555 A SG CYS 121 A CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 1 B CYS 1 1_555 B SG CYS 12 B CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 29 B CYS 29 1_555 B SG CYS 120 B CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 95 B CYS 95 1_555 B SG CYS 112 B CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 4 D CYS 4 1_555 D SG CYS 15 D CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 32 D CYS 32 1_555 D SG CYS 129 D CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? disulf ? disulf10 D SG CYS 81 D CYS 81 1_555 E SG CYS 74 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf11 D SG CYS 104 D CYS 104 1_555 D SG CYS 121 D CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? disulf ? disulf12 E SG CYS 1 E CYS 1 1_555 E SG CYS 12 E CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf13 E SG CYS 29 E CYS 29 1_555 E SG CYS 120 E CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? disulf ? disulf14 E SG CYS 95 E CYS 95 1_555 E SG CYS 112 E CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf15 G SG CYS 4 G CYS 4 1_555 G SG CYS 15 G CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? disulf ? disulf16 G SG CYS 32 G CYS 32 1_555 G SG CYS 129 G CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? disulf ? disulf17 G SG CYS 81 G CYS 81 1_555 H SG CYS 74 H CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf18 G SG CYS 104 G CYS 104 1_555 G SG CYS 121 G CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? disulf ? disulf19 H SG CYS 1 H CYS 1 1_555 H SG CYS 12 H CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf20 H SG CYS 29 H CYS 29 1_555 H SG CYS 120 H CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? disulf ? disulf21 H SG CYS 95 H CYS 95 1_555 H SG CYS 112 H CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf22 J SG CYS 4 J CYS 4 1_555 J SG CYS 15 J CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf23 J SG CYS 32 J CYS 32 1_555 J SG CYS 129 J CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? disulf ? disulf24 J SG CYS 81 J CYS 81 1_555 K SG CYS 74 K CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf25 J SG CYS 104 J CYS 104 1_555 J SG CYS 121 J CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf26 K SG CYS 1 K CYS 1 1_555 K SG CYS 12 K CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf27 K SG CYS 29 K CYS 29 1_555 K SG CYS 120 K CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf28 K SG CYS 95 K CYS 95 1_555 K SG CYS 112 K CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf29 M SG CYS 4 M CYS 4 1_555 M SG CYS 15 M CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf30 M SG CYS 32 M CYS 32 1_555 M SG CYS 129 M CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? disulf ? disulf31 M SG CYS 81 M CYS 81 1_555 N SG CYS 74 N CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? disulf ? disulf32 M SG CYS 104 M CYS 104 1_555 M SG CYS 121 M CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? disulf ? disulf33 N SG CYS 1 N CYS 1 1_555 N SG CYS 12 N CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf34 N SG CYS 29 N CYS 29 1_555 N SG CYS 120 N CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? disulf ? disulf35 N SG CYS 95 N CYS 95 1_555 N SG CYS 112 N CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf36 P SG CYS 4 P CYS 4 1_555 P SG CYS 15 P CYS 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf37 P SG CYS 32 P CYS 32 1_555 P SG CYS 129 P CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? disulf ? disulf38 P SG CYS 81 P CYS 81 1_555 Q SG CYS 74 Q CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf39 P SG CYS 104 P CYS 104 1_555 P SG CYS 121 P CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? disulf ? disulf40 Q SG CYS 1 Q CYS 1 1_555 Q SG CYS 12 Q CYS 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf41 Q SG CYS 29 Q CYS 29 1_555 Q SG CYS 120 Q CYS 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? disulf ? disulf42 Q SG CYS 95 Q CYS 95 1_555 Q SG CYS 112 Q CYS 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc1 U O3 SO4 . B SO4 201 1_555 W NA NA . C NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc2 C OG SER 33 C SER 182 1_555 V PR PR . C PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc3 C OG SER 35 C SER 184 1_555 V PR PR . C PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc4 C OD1 ASP 134 C ASP 283 1_555 V PR PR . C PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.695 ? metalc ? metalc5 CA O3 SO4 . E SO4 203 1_555 EA NA NA . F NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? metalc ? metalc6 F OG SER 33 F SER 182 1_555 DA PR PR . F PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc7 F OG SER 35 F SER 184 1_555 DA PR PR . F PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc8 F OG SER 35 F SER 184 1_555 EA NA NA . F NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc9 F OD1 ASP 134 F ASP 283 1_555 DA PR PR . F PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? metalc ? metalc10 IA O3 SO4 . H SO4 202 1_555 KA NA NA . I NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc11 I OG SER 33 I SER 182 1_555 JA PR PR . I PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc12 I OG SER 35 I SER 184 1_555 JA PR PR . I PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc13 I OG SER 35 I SER 184 1_555 KA NA NA . I NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc14 I OD1 ASP 134 I ASP 283 1_555 JA PR PR . I PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc15 OA O3 SO4 . K SO4 202 1_555 QA NA NA . L NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc16 L OG SER 33 L SER 182 1_555 PA PR PR . L PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc17 L OG SER 35 L SER 184 1_555 PA PR PR . L PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc18 L OD1 ASP 134 L ASP 283 1_555 PA PR PR . L PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc19 TA O4 SO4 . N SO4 201 1_555 VA NA NA . O NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc20 O OG SER 33 O SER 182 1_555 UA PR PR . O PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc21 O OG SER 35 O SER 184 1_555 UA PR PR . O PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc22 O OD1 ASP 134 O ASP 283 1_555 UA PR PR . O PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc23 YA O3 SO4 . Q SO4 202 1_555 CB NA NA . R NA 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc24 R OG SER 33 R SER 182 1_555 ZA PR PR . R PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc25 R OD1 ASP 134 R ASP 283 1_555 ZA PR PR . R PR 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 294 n n S O2 SO4 doub 295 n n S O3 SO4 sing 296 n n S O4 SO4 sing 297 n n # _atom_sites.entry_id 6NDE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007556 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007556 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003933 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 4 SO4 A 1 201 402 SO4 SO4 . T 4 SO4 A 1 202 403 SO4 SO4 . U 4 SO4 B 1 201 402 SO4 SO4 . V 5 PR C 1 401 401 PR PR . W 6 NA C 1 402 403 NA NA . X 7 CL C 1 403 405 CL CL . Y 4 SO4 D 1 201 403 SO4 SO4 . Z 8 NH4 D 1 202 404 NH4 NH4 . AA 4 SO4 E 1 201 402 SO4 SO4 . BA 7 CL E 1 202 403 CL CL . CA 4 SO4 E 1 203 402 SO4 SO4 . DA 5 PR F 1 401 401 PR PR . EA 6 NA F 1 402 403 NA NA . FA 7 CL G 1 201 404 CL CL . GA 4 SO4 G 1 202 402 SO4 SO4 . HA 7 CL H 1 201 403 CL CL . IA 4 SO4 H 1 202 402 SO4 SO4 . JA 5 PR I 1 401 401 PR PR . KA 6 NA I 1 402 403 NA NA . LA 4 SO4 J 1 201 402 SO4 SO4 . MA 7 CL J 1 202 403 CL CL . NA 7 CL K 1 201 402 CL CL . OA 4 SO4 K 1 202 402 SO4 SO4 . PA 5 PR L 1 401 401 PR PR . QA 6 NA L 1 402 403 NA NA . RA 7 CL L 1 403 404 CL CL . SA 7 CL M 1 201 405 CL CL . TA 4 SO4 N 1 201 402 SO4 SO4 . UA 5 PR O 1 401 401 PR PR . VA 6 NA O 1 402 403 NA NA . WA 4 SO4 O 1 403 404 SO4 SO4 . XA 4 SO4 Q 1 201 402 SO4 SO4 . YA 4 SO4 Q 1 202 402 SO4 SO4 . ZA 5 PR R 1 401 401 PR PR . AB 4 SO4 R 1 402 403 SO4 SO4 . BB 7 CL R 1 403 405 CL CL . CB 6 NA R 1 404 404 NA NA . DB 9 HOH A 1 501 501 HOH HOH . DB 9 HOH A 2 502 505 HOH HOH . DB 9 HOH A 3 503 502 HOH HOH . DB 9 HOH A 4 504 503 HOH HOH . DB 9 HOH A 5 505 504 HOH HOH . EB 9 HOH F 1 501 501 HOH HOH . FB 9 HOH L 1 501 405 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . GA 4 -116.104 417.043 10.095 1 130.12 ? S SO4 202 G 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . GA 4 -116.679 416.362 8.967 1 130.7 ? O1 SO4 202 G 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . GA 4 -116.716 418.339 10.227 1 164.14 ? O2 SO4 202 G 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . GA 4 -116.361 416.285 11.289 1 122.57 ? O3 SO4 202 G 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . GA 4 -114.675 417.188 9.898 1 86.55 ? O4 SO4 202 G 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 26 _model_server_stats.create_model_time_ms 38 _model_server_stats.query_time_ms 345 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 5 #