data_6NTR
#
_model_server_result.job_id            W9gE9yz-ufLp6b6fZd08qQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-25 20:28:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6ntr 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    6NTR 
#
_exptl.entry_id    6NTR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90.09 
_cell.angle_beta          90.02 
_cell.angle_gamma         78.66 
_cell.entry_id            6NTR 
_cell.length_a            47.36 
_cell.length_b            69.24 
_cell.length_c            83.239 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6NTR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,I,P 1 1 
B,J,K,L,Q 2 1 
C,M,R 3 1 
D,N,O,S 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ARG 31 A ARG 59 1_555 A N MSE 32 A MSE 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale2 A C MSE 32 A MSE 60 1_555 A N VAL 33 A VAL 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale3 A C ASP 55 A ASP 83 1_555 A N MSE 56 A MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale4 A C MSE 56 A MSE 84 1_555 A N ASP 57 A ASP 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale5 A C HIS 129 A HIS 157 1_555 A N MSE 130 A MSE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale6 A C MSE 130 A MSE 158 1_555 A N GLU 131 A GLU 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale7 A C VAL 178 A VAL 206 1_555 A N MSE 179 A MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale8 A C MSE 179 A MSE 207 1_555 A N GLY 180 A GLY 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale9 A C GLY 203 A GLY 231 1_555 A N MSE 204 A MSE 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale10 A C MSE 204 A MSE 232 1_555 A N PRO 205 A PRO 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale11 A C ASP 221 A ASP 249 1_555 A N MSE 222 A MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? 
covale ? covale12 A C MSE 222 A MSE 250 1_555 A N THR 223 A THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? 
covale ? covale13 A C THR 223 A THR 251 1_555 A N MSE 224 A MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale14 A C MSE 224 A MSE 252 1_555 A N ASP 225 A ASP 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale15 A C SER 230 A SER 258 1_555 A N MSE 231 A MSE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale16 A C MSE 231 A MSE 259 1_555 A N ARG 232 A ARG 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale17 B C ARG 31 B ARG 59 1_555 B N MSE 32 B MSE 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale18 B C MSE 32 B MSE 60 1_555 B N VAL 33 B VAL 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale19 B C ASP 55 B ASP 83 1_555 B N MSE 56 B MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale20 B C MSE 56 B MSE 84 1_555 B N ASP 57 B ASP 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale21 B C HIS 129 B HIS 157 1_555 B N MSE 130 B MSE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale22 B C MSE 130 B MSE 158 1_555 B N GLU 131 B GLU 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale23 B C VAL 178 B VAL 206 1_555 B N MSE 179 B MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale24 B C MSE 179 B MSE 207 1_555 B N GLY 180 B GLY 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale25 B C GLY 203 B GLY 231 1_555 B N MSE 204 B MSE 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale26 B C MSE 204 B MSE 232 1_555 B N PRO 205 B PRO 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale27 B C ASP 221 B ASP 249 1_555 B N MSE 222 B MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale28 B C MSE 222 B MSE 250 1_555 B N THR 223 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale29 B C THR 223 B THR 251 1_555 B N MSE 224 B MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale30 B C MSE 224 B MSE 252 1_555 B N ASP 225 B ASP 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale31 B C SER 230 B SER 258 1_555 B N MSE 231 B MSE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale32 B C MSE 231 B MSE 259 1_555 B N ARG 232 B ARG 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale33 C C ARG 31 C ARG 59 1_555 C N MSE 32 C MSE 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale34 C C MSE 32 C MSE 60 1_555 C N VAL 33 C VAL 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale35 C C ASP 55 C ASP 83 1_555 C N MSE 56 C MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale36 C C MSE 56 C MSE 84 1_555 C N ASP 57 C ASP 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale37 C C HIS 129 C HIS 157 1_555 C N MSE 130 C MSE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale38 C C MSE 130 C MSE 158 1_555 C N GLU 131 C GLU 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale39 C C VAL 178 C VAL 206 1_555 C N MSE 179 C MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale40 C C MSE 179 C MSE 207 1_555 C N GLY 180 C GLY 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale41 C C GLY 203 C GLY 231 1_555 C N MSE 204 C MSE 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale42 C C MSE 204 C MSE 232 1_555 C N PRO 205 C PRO 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale43 C C ASP 221 C ASP 249 1_555 C N MSE 222 C MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale44 C C MSE 222 C MSE 250 1_555 C N THR 223 C THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale45 C C THR 223 C THR 251 1_555 C N MSE 224 C MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale46 C C MSE 224 C MSE 252 1_555 C N ASP 225 C ASP 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale47 C C SER 230 C SER 258 1_555 C N MSE 231 C MSE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale48 C C MSE 231 C MSE 259 1_555 C N ARG 232 C ARG 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? 
covale ? covale49 D C ARG 31 D ARG 59 1_555 D N MSE 32 D MSE 60 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale50 D C ARG 31 D ARG 59 1_555 D N MSE 32 D MSE 60 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale51 D C MSE 32 D MSE 60 1_555 D N VAL 33 D VAL 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale52 D C ASP 55 D ASP 83 1_555 D N MSE 56 D MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale53 D C MSE 56 D MSE 84 1_555 D N ASP 57 D ASP 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale54 D C HIS 129 D HIS 157 1_555 D N MSE 130 D MSE 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale55 D C MSE 130 D MSE 158 1_555 D N GLU 131 D GLU 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale56 D C VAL 178 D VAL 206 1_555 D N MSE 179 D MSE 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale57 D C MSE 179 D MSE 207 1_555 D N GLY 180 D GLY 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale58 D C GLY 203 D GLY 231 1_555 D N MSE 204 D MSE 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale59 D C MSE 204 D MSE 232 1_555 D N PRO 205 D PRO 233 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? 
covale ? covale60 D C ASP 221 D ASP 249 1_555 D N MSE 222 D MSE 250 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? 
covale ? covale61 D C MSE 222 D MSE 250 1_555 D N THR 223 D THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? 
covale ? covale62 D C THR 223 D THR 251 1_555 D N MSE 224 D MSE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale63 D C MSE 224 D MSE 252 1_555 D N ASP 225 D ASP 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale64 D C SER 230 D SER 258 1_555 D N MSE 231 D MSE 259 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale65 D C MSE 231 D MSE 259 1_555 D N ARG 232 D ARG 260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 83 n n 
C1 C2 EDO sing 84 n n 
C1 H11 EDO sing 85 n n 
C1 H12 EDO sing 86 n n 
O1 HO1 EDO sing 87 n n 
C2 O2 EDO sing 88 n n 
C2 H21 EDO sing 89 n n 
C2 H22 EDO sing 90 n n 
O2 HO2 EDO sing 91 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6NTR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.021115 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.004235 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.01473 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.000022 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012014 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 GOL A 1 301 301 GOL GOL . 
F 3 EDO A 1 302 302 EDO EDO . 
G 3 EDO A 1 303 303 EDO EDO . 
H 3 EDO A 1 304 304 EDO EDO . 
I 3 EDO A 1 305 305 EDO EDO . 
J 2 GOL B 1 301 301 GOL GOL . 
K 3 EDO B 1 302 302 EDO EDO . 
L 3 EDO B 1 303 303 EDO EDO . 
M 3 EDO C 1 301 301 EDO EDO . 
N 3 EDO D 1 301 301 EDO EDO . 
O 3 EDO D 1 302 302 EDO EDO . 
P 4 HOH A 1 401 402 HOH HOH . 
P 4 HOH A 2 402 403 HOH HOH . 
P 4 HOH A 3 403 404 HOH HOH . 
P 4 HOH A 4 404 405 HOH HOH . 
P 4 HOH A 5 405 406 HOH HOH . 
P 4 HOH A 6 406 407 HOH HOH . 
P 4 HOH A 7 407 401 HOH HOH . 
P 4 HOH A 8 408 408 HOH HOH . 
P 4 HOH A 9 409 409 HOH HOH . 
P 4 HOH A 10 410 410 HOH HOH . 
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