data_6OL1
#
_model_server_result.job_id            oJfyP9Y3aPc2ACZbJTuvLA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 10:23:17' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6ol1 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    6OL1 
#
_exptl.entry_id    6OL1 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          98.81 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6OL1 
_cell.length_a            105.529 
_cell.length_b            102.54 
_cell.length_c            171.116 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6OL1 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
C,D,K,L,M,N,O,P 1 1 
A,B,E,F,G,H,I,J 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O SER 133 C SER 146 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc2 A O SER 137 C SER 150 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc3 A O GLY 186 C GLY 199 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 360 C THR 373 1_555 E NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc5 A OG1 THR 360 C THR 373 1_555 E NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? 
metalc ? metalc6 A O ALA 363 C ALA 376 1_555 E NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 365 C ASN 378 1_555 E NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc8 A O ALA 407 C ALA 420 1_555 E NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc9 B O SER 133 D SER 146 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc10 B O SER 137 D SER 150 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc11 B O THR 360 D THR 373 1_555 H NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc12 B OG1 THR 360 D THR 373 1_555 H NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc13 B O ALA 363 D ALA 376 1_555 H NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASN 365 D ASN 378 1_555 H NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc15 B O ALA 407 D ALA 420 1_555 H NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc16 C O SER 133 A SER 146 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc17 C O SER 137 A SER 150 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc18 C O GLY 186 A GLY 199 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc19 C O THR 360 A THR 373 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? 
metalc ? metalc20 C OG1 THR 360 A THR 373 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc21 C O ALA 363 A ALA 376 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? 
metalc ? metalc22 C OD1 ASN 365 A ASN 378 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc23 C O ALA 407 A ALA 420 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? 
metalc ? metalc24 D O SER 133 B SER 146 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc25 D O SER 137 B SER 150 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? 
metalc ? metalc26 D O THR 360 B THR 373 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? 
metalc ? metalc27 D OG1 THR 360 B THR 373 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc28 D O ALA 363 B ALA 376 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc29 D OD1 ASN 365 B ASN 378 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc30 D O ALA 407 B ALA 420 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6OL1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009476 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001468 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009752 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005914 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 NA C 1 501 3 NA NA . 
F 2 NA C 1 502 5 NA NA . 
G 3 SIN C 1 503 3 SIN SIN . 
H 2 NA D 1 501 4 NA NA . 
I 2 NA D 1 502 7 NA NA . 
J 3 SIN D 1 503 4 SIN SIN . 
K 2 NA A 1 501 1 NA NA . 
L 2 NA A 1 502 8 NA NA . 
M 3 SIN A 1 503 1 SIN SIN . 
N 2 NA B 1 501 2 NA NA . 
O 2 NA B 1 502 6 NA NA . 
P 3 SIN B 1 503 2 SIN SIN . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -16.585 
_atom_site.Cartn_y               -43.565 
_atom_site.Cartn_z               -69.702 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        101.73 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           257 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#