data_6PGW # _model_server_result.job_id Aj3Ig1pYsmRfNucivUPXmA _model_server_result.datetime_utc '2025-07-01 18:48:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6pgw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":704}' # _entry.id 6PGW # _exptl.entry_id 6PGW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 117.97 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6PGW _cell.length_a 69.92 _cell.length_b 58.896 _cell.length_c 70.956 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6PGW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 15 A GLU 226 1_555 B CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 15 A GLU 226 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 25 A ASP 236 1_555 K NA NA . A NA 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc4 A O LEU 26 A LEU 237 1_555 K NA NA . A NA 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc5 A O THR 61 A THR 272 1_555 K NA NA . A NA 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 71 A ASP 282 1_555 B CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 73 A GLU 284 1_555 B CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 73 A GLU 284 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 104 A ASP 315 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc10 A O ILE 105 A ILE 316 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 106 A ASN 317 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 107 A ASP 318 1_555 B CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 107 A ASP 318 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc14 A O ASN 108 A ASN 319 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 126 A GLU 337 1_555 E CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 126 A GLU 337 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 141 A ASP 352 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 141 A ASP 352 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 143 A ASP 354 1_555 C CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 143 A ASP 354 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc21 A O ASN 147 A ASN 358 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 178 A ASP 389 1_555 E CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc23 A OE2 GLU 180 A GLU 391 1_555 E CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc24 A OE1 GLU 180 A GLU 391 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc25 A OE2 GLU 180 A GLU 391 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.107 ? metalc ? metalc26 A OD2 ASP 193 A ASP 404 1_555 D CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 211 A ASP 422 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc28 A O GLU 212 A GLU 423 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASN 213 A ASN 424 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc30 A OD2 ASP 214 A ASP 425 1_555 E CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc31 A OD1 ASP 214 A ASP 425 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc32 A O ASN 215 A ASN 426 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc33 A OE2 GLU 230 A GLU 441 1_555 H CA CA . A CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc34 A OE1 GLU 230 A GLU 441 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc35 A OD1 ASP 245 A ASP 456 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc36 A OD2 ASP 245 A ASP 456 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc37 A OD1 ASP 247 A ASP 458 1_555 F CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc38 A OD2 ASP 247 A ASP 458 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc39 A O ASN 251 A ASN 462 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc40 A OD1 ASN 287 A ASN 498 1_555 H CA CA . A CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc41 A OE2 GLU 289 A GLU 500 1_555 H CA CA . A CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc42 A OE1 GLU 289 A GLU 500 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc43 A OE2 GLU 289 A GLU 500 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc44 A OD2 ASP 302 A ASP 513 1_555 G CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc45 A OD1 ASP 320 A ASP 531 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc46 A O VAL 321 A VAL 532 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASN 322 A ASN 533 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc48 A OD2 ASP 323 A ASP 534 1_555 H CA CA . A CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc49 A OD1 ASP 323 A ASP 534 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? metalc ? metalc50 A O ASN 324 A ASN 535 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc51 A OD1 ASP 359 A ASP 570 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 359 A ASP 570 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc53 A OD1 ASP 361 A ASP 572 1_555 I CA CA . A CA 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc54 A OD2 ASP 361 A ASP 572 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc55 A O ASN 365 A ASN 576 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc56 A OD2 ASP 411 A ASP 622 1_555 J CA CA . A CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc57 B CA CA . A CA 701 1_555 L O HOH . A HOH 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc58 B CA CA . A CA 701 1_555 L O HOH . A HOH 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc59 E CA CA . A CA 704 1_555 L O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc60 E CA CA . A CA 704 1_555 L O HOH . A HOH 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc61 H CA CA . A CA 707 1_555 L O HOH . A HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc62 H CA CA . A CA 707 1_555 L O HOH . A HOH 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc63 K NA NA . A NA 710 1_555 L O HOH . A HOH 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6PGW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014302 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.007594 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016979 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015957 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CA A 1 701 1007 CA CA . C 2 CA A 1 702 1008 CA CA . D 2 CA A 1 703 1009 CA CA . E 2 CA A 1 704 1010 CA CA . F 2 CA A 1 705 1011 CA CA . G 2 CA A 1 706 1012 CA CA . H 2 CA A 1 707 1013 CA CA . I 2 CA A 1 708 1014 CA CA . J 2 CA A 1 709 1015 CA CA . K 3 NA A 1 710 1016 NA NA . L 4 HOH A 1 801 1103 HOH HOH . L 4 HOH A 2 802 1115 HOH HOH . L 4 HOH A 3 803 1106 HOH HOH . L 4 HOH A 4 804 1104 HOH HOH . L 4 HOH A 5 805 1114 HOH HOH . L 4 HOH A 6 806 1110 HOH HOH . L 4 HOH A 7 807 1109 HOH HOH . L 4 HOH A 8 808 1108 HOH HOH . L 4 HOH A 9 809 1101 HOH HOH . L 4 HOH A 10 810 1102 HOH HOH . L 4 HOH A 11 811 1111 HOH HOH . L 4 HOH A 12 812 1105 HOH HOH . L 4 HOH A 13 813 1118 HOH HOH . L 4 HOH A 14 814 1112 HOH HOH . L 4 HOH A 15 815 1107 HOH HOH . L 4 HOH A 16 816 1117 HOH HOH . L 4 HOH A 17 817 1116 HOH HOH . L 4 HOH A 18 818 1113 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -26.131 _atom_site.Cartn_y 3.582 _atom_site.Cartn_z 1.362 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 83.22 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 704 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 243 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #