data_6PSD
#
_model_server_result.job_id            9UI0hvy52aI5Bi0VJEo-tg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-21 08:46:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6psd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    6PSD 
#
_exptl.entry_id    6PSD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          104.01 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6PSD 
_cell.length_a            57.29 
_cell.length_b            161.99 
_cell.length_c            56.9 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6PSD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 7 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 8 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,I,Q,Y,FA 1 1 
B,J,R,Z,GA 2 1 
C,K,S,AA,HA 3 1 
D,L,T,IA 4 1 
E,M,U,BA,JA 5 1 
F,N,V,CA 6 1 
G,O,W,DA 7 1 
H,P,X,EA,KA 8 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 52 E ASP 97 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 54 E ASP 99 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 56 E ASN 101 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? 
metalc ? metalc4 A O TYR 58 E TYR 103 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 63 E GLU 108 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 63 E GLU 108 1_555 Q CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 52 C ASP 97 1_555 R CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc8 B OD1 ASP 54 C ASP 99 1_555 R CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc9 B O TYR 58 C TYR 103 1_555 R CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc10 B OE2 GLU 63 C GLU 108 1_555 R CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.898 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 52 A ASP 97 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 54 A ASP 99 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc13 C OD2 ASP 54 A ASP 99 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.117 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASN 56 A ASN 101 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc15 C O TYR 58 A TYR 103 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc16 C OE1 GLU 63 A GLU 108 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc17 C OE2 GLU 63 A GLU 108 1_555 S CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc18 S CA CA . A CA 201 1_555 AA O HOH . A HOH 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? 
metalc ? metalc19 D OD1 ASP 52 G ASP 97 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc20 D OD1 ASP 54 G ASP 99 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? 
metalc ? metalc21 D OD1 ASN 56 G ASN 101 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? 
metalc ? metalc22 D O TYR 58 G TYR 103 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc23 D OE1 GLU 63 G GLU 108 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc24 D OE2 GLU 63 G GLU 108 1_555 T CA CA . G CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc25 E OD1 ASP 52 I ASP 97 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc26 E OD1 ASP 54 I ASP 99 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc27 E OD1 ASN 56 I ASN 101 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc28 E O TYR 58 I TYR 103 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc29 E OE1 GLU 63 I GLU 108 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc30 E OE2 GLU 63 I GLU 108 1_555 U CA CA . I CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc31 F OD1 ASP 52 K ASP 97 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
metalc ? metalc32 F OD1 ASP 54 K ASP 99 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc33 F OD2 ASP 54 K ASP 99 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc34 F OD1 ASN 56 K ASN 101 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.077 ? 
metalc ? metalc35 F O TYR 58 K TYR 103 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc36 F OE1 GLU 63 K GLU 108 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc37 F OE2 GLU 63 K GLU 108 1_555 V CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc38 G OD1 ASP 52 M ASP 97 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc39 G OD1 ASP 54 M ASP 99 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc40 G OD2 ASP 54 M ASP 99 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.187 ? 
metalc ? metalc41 G OD1 ASN 56 M ASN 101 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc42 G O TYR 58 M TYR 103 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc43 G OE1 GLU 63 M GLU 108 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc44 G OE2 GLU 63 M GLU 108 1_555 W CA CA . M CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? 
metalc ? metalc45 H OD1 ASP 52 O ASP 97 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc46 H OD1 ASP 54 O ASP 99 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc47 H OD2 ASP 54 O ASP 99 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? 
metalc ? metalc48 H O TYR 58 O TYR 103 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc49 H OE1 GLU 63 O GLU 108 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc50 H OE2 GLU 63 O GLU 108 1_555 X CA CA . O CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6PSD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.017455 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.004355 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006173 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.018114 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 3 CA E 1 201 201 CA CA . 
R 3 CA C 1 201 201 CA CA . 
S 3 CA A 1 201 201 CA CA . 
T 3 CA G 1 201 201 CA CA . 
U 3 CA I 1 201 201 CA CA . 
V 3 CA K 1 201 201 CA CA . 
W 3 CA M 1 201 201 CA CA . 
X 3 CA O 1 201 201 CA CA . 
Y 4 HOH E 1 302 302 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 2 303 303 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 3 306 306 HOH HOH . 
Y 4 HOH E 4 307 307 HOH HOH . 
Z 4 HOH C 1 301 301 HOH HOH . 
Z 4 HOH C 2 302 302 HOH HOH . 
Z 4 HOH C 3 303 303 HOH HOH . 
Z 4 HOH C 4 304 304 HOH HOH . 
Z 4 HOH C 5 305 305 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 1 301 301 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 2 302 302 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 3 303 303 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 4 304 304 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 5 305 305 HOH HOH . 
AA 4 HOH A 6 307 307 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 1 301 301 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 2 302 302 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 3 303 303 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 4 304 304 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 5 305 305 HOH HOH . 
BA 4 HOH I 6 306 306 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 1 301 301 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 2 302 302 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 3 303 303 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 4 304 304 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 5 305 305 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 6 306 306 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 7 307 307 HOH HOH . 
CA 4 HOH K 8 308 308 HOH HOH . 
DA 4 HOH M 1 301 301 HOH HOH . 
DA 4 HOH M 2 302 302 HOH HOH . 
DA 4 HOH M 3 303 303 HOH HOH . 
EA 4 HOH O 1 301 301 HOH HOH . 
EA 4 HOH O 2 302 302 HOH HOH . 
FA 4 HOH F 1 501 501 HOH HOH . 
FA 4 HOH F 2 502 502 HOH HOH . 
FA 4 HOH F 3 503 503 HOH HOH . 
GA 4 HOH D 1 501 501 HOH HOH . 
GA 4 HOH D 2 502 502 HOH HOH . 
GA 4 HOH D 3 503 503 HOH HOH . 
GA 4 HOH D 4 504 504 HOH HOH . 
HA 4 HOH B 1 501 501 HOH HOH . 
HA 4 HOH B 2 502 502 HOH HOH . 
IA 4 HOH H 1 501 501 HOH HOH . 
JA 4 HOH J 1 501 501 HOH HOH . 
JA 4 HOH J 2 502 502 HOH HOH . 
KA 4 HOH P 1 501 501 HOH HOH . 
KA 4 HOH P 2 502 502 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         U 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -18.458 
_atom_site.Cartn_y               24.511 
_atom_site.Cartn_z               -40.162 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        51.42 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           201 
_atom_site.auth_asym_id          I 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              82 
_model_server_stats.parse_time_ms           19 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           447 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#