data_6PSN # _model_server_result.job_id fv0ubufucyEfXN3yKFvfHA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-01 20:42:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6psn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":801}' # _entry.id 6PSN # _exptl.entry_id 6PSN _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6PSN _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6PSN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 12 A ASP 179 1_555 I CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 12 A ASP 179 1_555 I CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 12 A ASP 179 1_555 J CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 14 A ASP 181 1_555 I CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 14 A ASP 181 1_555 J CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc6 A O ILE 16 A ILE 183 1_555 I CA CA . A CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc7 A O SER 55 A SER 222 1_555 J CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc8 A O LYS 58 A LYS 225 1_555 J CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 68 A ASP 235 1_555 J CA CA . A CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 12 B ASP 179 1_555 K CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc11 B OD2 ASP 12 B ASP 179 1_555 K CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 12 B ASP 179 1_555 L CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 14 B ASP 181 1_555 K CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 14 B ASP 181 1_555 L CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc15 B O ILE 16 B ILE 183 1_555 K CA CA . B CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc16 B O SER 55 B SER 222 1_555 L CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc17 B O LYS 58 B LYS 225 1_555 L CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 68 B ASP 235 1_555 L CA CA . B CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc19 C OD1 ASP 12 C ASP 179 1_555 M CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 12 C ASP 179 1_555 M CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc21 C OD2 ASP 12 C ASP 179 1_555 N CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc22 C OD1 ASP 14 C ASP 181 1_555 M CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc23 C OD2 ASP 14 C ASP 181 1_555 N CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc24 C O ILE 16 C ILE 183 1_555 M CA CA . C CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc25 C O SER 55 C SER 222 1_555 N CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc26 C O LYS 58 C LYS 225 1_555 N CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 68 C ASP 235 1_555 N CA CA . C CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASP 12 D ASP 179 1_555 O CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 12 D ASP 179 1_555 O CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc30 D OD2 ASP 12 D ASP 179 1_555 P CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc31 D OD1 ASP 14 D ASP 181 1_555 O CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc32 D OD2 ASP 14 D ASP 181 1_555 P CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc33 D O ILE 16 D ILE 183 1_555 O CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc34 D O SER 55 D SER 222 1_555 P CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc35 D O LYS 58 D LYS 225 1_555 P CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc36 D OD2 ASP 68 D ASP 235 1_555 P CA CA . D CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc37 E OD1 ASP 12 E ASP 179 1_555 Q CA CA . E CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc38 E OD2 ASP 12 E ASP 179 1_555 Q CA CA . E CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc39 E OD2 ASP 12 E ASP 179 1_555 R CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc40 E OD1 ASP 14 E ASP 181 1_555 Q CA CA . E CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc41 E OD2 ASP 14 E ASP 181 1_555 R CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc42 E O ILE 16 E ILE 183 1_555 Q CA CA . E CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc43 E O SER 55 E SER 222 1_555 R CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc44 E O LYS 58 E LYS 225 1_555 R CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc45 E OD2 ASP 68 E ASP 235 1_555 R CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc46 F OD1 ASP 12 F ASP 179 1_555 S CA CA . F CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc47 F OD2 ASP 12 F ASP 179 1_555 S CA CA . F CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc48 F OD2 ASP 12 F ASP 179 1_555 T CA CA . F CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc49 F OD1 ASP 14 F ASP 181 1_555 S CA CA . F CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc50 F OD2 ASP 14 F ASP 181 1_555 T CA CA . F CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc51 F O ILE 16 F ILE 183 1_555 S CA CA . F CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? metalc ? metalc52 F O SER 55 F SER 222 1_555 T CA CA . F CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc53 F O LYS 58 F LYS 225 1_555 T CA CA . F CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc54 F OD2 ASP 68 F ASP 235 1_555 T CA CA . F CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc55 G OD1 ASP 12 G ASP 179 1_555 U CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc56 G OD2 ASP 12 G ASP 179 1_555 U CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc57 G OD2 ASP 12 G ASP 179 1_555 V CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc58 G OD1 ASP 14 G ASP 181 1_555 U CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc59 G OD2 ASP 14 G ASP 181 1_555 V CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc60 G O ILE 16 G ILE 183 1_555 U CA CA . G CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc61 G O SER 55 G SER 222 1_555 V CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc62 G O LYS 58 G LYS 225 1_555 V CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc63 G OD2 ASP 68 G ASP 235 1_555 V CA CA . G CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6PSN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 3 CA A 1 801 801 CA CA . J 3 CA A 1 802 802 CA CA . K 3 CA B 1 801 801 CA CA . L 3 CA B 1 802 802 CA CA . M 3 CA C 1 801 801 CA CA . N 3 CA C 1 802 802 CA CA . O 3 CA D 1 801 801 CA CA . P 3 CA D 1 802 802 CA CA . Q 3 CA E 1 801 801 CA CA . R 3 CA E 1 802 802 CA CA . S 3 CA F 1 801 801 CA CA . T 3 CA F 1 802 802 CA CA . U 3 CA G 1 801 801 CA CA . V 3 CA G 1 802 802 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 171.54 _atom_site.Cartn_y 201.547 _atom_site.Cartn_z 137.784 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 228.46 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 801 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 102 _model_server_stats.parse_time_ms 28 _model_server_stats.create_model_time_ms 84 _model_server_stats.query_time_ms 797 _model_server_stats.encode_time_ms 38 _model_server_stats.element_count 1 #