data_6QC5 # _model_server_result.job_id nKQmRu_SpCtJYQILVi-QPg _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 09:50:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6qc5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AB","auth_seq_id":300}' # _entry.id 6QC5 # _exptl.entry_id 6QC5 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 45 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 45 TA N N ? 45 WA N N ? 45 XA N N ? 45 AB N N ? 45 BB N N ? 45 CB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 Z SG CYS 17 AK CYS 17 1_555 Z SG CYS 74 AK CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 Z SG CYS 94 AK CYS 94 1_555 Z SG CYS 114 AK CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 CA SG CYS 35 A8 CYS 35 1_555 CA SG CYS 65 A8 CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf4 CA SG CYS 45 A8 CYS 45 1_555 CA SG CYS 55 A8 CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf5 CA SG CYS 77 A8 CYS 77 1_555 CA SG CYS 109 A8 CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? disulf ? disulf6 CA SG CYS 87 A8 CYS 87 1_555 CA SG CYS 99 A8 CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 DA SG CYS 76 BJ CYS 76 1_555 DA SG CYS 83 BJ CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 DA SG CYS 112 BJ CYS 112 1_555 DA SG CYS 124 BJ CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf9 FA SG CYS 32 S5 CYS 32 1_555 FA SG CYS 65 S5 CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 FA SG CYS 42 S5 CYS 42 1_555 FA SG CYS 55 S5 CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf11 LA SG CYS 58 B7 CYS 58 1_555 LA SG CYS 89 B7 CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf12 LA SG CYS 68 B7 CYS 68 1_555 LA SG CYS 79 B7 CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 Q OG SER 44 AA SER 44 1_555 FB P1 ZMP . AA ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? covale ? covale2 BA OG SER 44 AB SER 44 1_555 IB P1 ZMP . AB ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 360 V1 CYS 359 1_555 TA FE4 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 363 V1 CYS 362 1_555 TA FE3 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 366 V1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 406 V1 CYS 405 1_555 TA FE2 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 103 V2 CYS 103 1_555 VA FE1 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 108 V2 CYS 108 1_555 VA FE1 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 144 V2 CYS 144 1_555 VA FE2 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 148 V2 CYS 148 1_555 VA FE2 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 41 S1 CYS 41 1_555 YA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 52 S1 CYS 52 1_555 YA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 55 S1 CYS 55 1_555 YA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 69 S1 CYS 69 1_555 YA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc13 C NE2 HIS 101 S1 HIS 101 1_555 WA FE3 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 105 S1 CYS 105 1_555 WA FE2 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 108 S1 CYS 108 1_555 WA FE4 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 114 S1 CYS 114 1_555 WA FE1 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 153 S1 CYS 153 1_555 XA FE2 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 156 S1 CYS 156 1_555 XA FE1 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 159 S1 CYS 159 1_555 XA FE3 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 203 S1 CYS 203 1_555 XA FE4 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 54 S7 CYS 54 1_555 AB FE4 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 55 S7 CYS 55 1_555 AB FE3 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 119 S7 CYS 119 1_555 AB FE1 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc24 F SG CYS 149 S7 CYS 149 1_555 AB FE2 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 77 S8 CYS 77 1_555 CB FE3 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 80 S8 CYS 80 1_555 CB FE4 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 83 S8 CYS 83 1_555 CB FE2 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 87 S8 CYS 87 1_555 BB FE4 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 116 S8 CYS 116 1_555 BB FE2 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 122 S8 CYS 122 1_555 BB FE3 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 126 S8 CYS 126 1_555 CB FE1 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 59 S6 CYS 59 1_555 DB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc33 I NE2 HIS 68 S6 HIS 68 1_555 DB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 84 S6 CYS 84 1_555 DB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 87 S6 CYS 87 1_555 DB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 701 n n FE1 S3 SF4 sing 702 n n FE1 S4 SF4 sing 703 n n FE2 S1 SF4 sing 704 n n FE2 S3 SF4 sing 705 n n FE2 S4 SF4 sing 706 n n FE3 S1 SF4 sing 707 n n FE3 S2 SF4 sing 708 n n FE3 S4 SF4 sing 709 n n FE4 S1 SF4 sing 710 n n FE4 S2 SF4 sing 711 n n FE4 S3 SF4 sing 712 n n # _atom_sites.entry_id 6QC5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 V1 1 500 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN V1 1 501 501 FMN FMN . VA 47 FES V2 1 300 300 FES FES . WA 45 SF4 S1 1 801 801 SF4 SF4 . XA 45 SF4 S1 1 802 802 SF4 SF4 . YA 47 FES S1 1 803 803 FES FES . ZA 48 3PE S2 1 501 702 3PE 3PE . AB 45 SF4 S7 1 300 300 SF4 SF4 . BB 45 SF4 S8 1 201 502 SF4 SF4 . CB 45 SF4 S8 1 202 503 SF4 SF4 . DB 49 ZN S6 1 300 300 ZN ZN . EB 50 NDP A9 1 401 401 NDP NDP . FB 51 ZMP AA 1 101 101 ZMP ZMP . GB 48 3PE D5 1 701 902 3PE 3PE . HB 52 PC1 AK 1 201 503 PC1 PC1 . IB 51 ZMP AB 1 101 101 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . AB 45 299.458 377.587 390.478 1 104.94 ? FE1 SF4 300 S7 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . AB 45 296.894 377.623 391.227 1 104.94 ? FE2 SF4 300 S7 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . AB 45 297.569 376.215 389 1 104.94 ? FE3 SF4 300 S7 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . AB 45 298.271 375.314 391.352 1 104.94 ? FE4 SF4 300 S7 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . AB 45 296.106 375.552 390.637 1 104.94 ? S1 SF4 300 S7 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . AB 45 299.68 375.502 389.543 1 104.94 ? S2 SF4 300 S7 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . AB 45 298.69 377.209 392.591 1 104.94 ? S3 SF4 300 S7 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . AB 45 297.731 378.494 389.274 1 104.94 ? S4 SF4 300 S7 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 69 _model_server_stats.query_time_ms 254 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 8 #