data_6QC6 # _model_server_result.job_id cn-AtyT2pIFUbM92D0VNzA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:32:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6qc6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"IB","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6QC6 # _exptl.entry_id 6QC6 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 790.145 _entity.id 53 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 53 _struct_asym.id IB _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 I SG CYS 59 S6 CYS 59 1_555 I SG CYS 87 S6 CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? disulf ? disulf2 Y SG CYS 17 AK CYS 17 1_555 Y SG CYS 74 AK CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 Y SG CYS 94 AK CYS 94 1_555 Y SG CYS 114 AK CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 BA SG CYS 35 A8 CYS 35 1_555 BA SG CYS 65 A8 CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf5 BA SG CYS 45 A8 CYS 45 1_555 BA SG CYS 55 A8 CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf6 BA SG CYS 77 A8 CYS 77 1_555 BA SG CYS 109 A8 CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf7 BA SG CYS 87 A8 CYS 87 1_555 BA SG CYS 99 A8 CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 CA SG CYS 76 BJ CYS 76 1_555 CA SG CYS 83 BJ CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf9 CA SG CYS 112 BJ CYS 112 1_555 CA SG CYS 124 BJ CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf10 EA SG CYS 32 S5 CYS 32 1_555 EA SG CYS 65 S5 CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf11 EA SG CYS 42 S5 CYS 42 1_555 EA SG CYS 55 S5 CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf12 LA SG CYS 58 B7 CYS 58 1_555 LA SG CYS 89 B7 CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf13 LA SG CYS 68 B7 CYS 68 1_555 LA SG CYS 79 B7 CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 360 V1 CYS 359 1_555 TA FE4 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 363 V1 CYS 362 1_555 TA FE3 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 366 V1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 406 V1 CYS 405 1_555 TA FE2 SF4 . V1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 103 V2 CYS 103 1_555 VA FE1 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 108 V2 CYS 108 1_555 VA FE1 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 144 V2 CYS 144 1_555 VA FE2 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 148 V2 CYS 148 1_555 VA FE2 FES . V2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 41 S1 CYS 41 1_555 YA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc10 C SG CYS 52 S1 CYS 52 1_555 YA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 55 S1 CYS 55 1_555 YA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 69 S1 CYS 69 1_555 YA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc13 C NE2 HIS 101 S1 HIS 101 1_555 WA FE3 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 105 S1 CYS 105 1_555 WA FE2 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 108 S1 CYS 108 1_555 WA FE4 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 114 S1 CYS 114 1_555 WA FE1 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 153 S1 CYS 153 1_555 XA FE2 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc18 C SG CYS 156 S1 CYS 156 1_555 XA FE1 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 159 S1 CYS 159 1_555 XA FE3 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 203 S1 CYS 203 1_555 XA FE4 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 54 S7 CYS 54 1_555 ZA FE4 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 55 S7 CYS 55 1_555 ZA FE3 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 119 S7 CYS 119 1_555 ZA FE1 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc24 F SG CYS 149 S7 CYS 149 1_555 ZA FE2 SF4 . S7 SF4 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 77 S8 CYS 77 1_555 BB FE3 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 80 S8 CYS 80 1_555 BB FE4 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 83 S8 CYS 83 1_555 BB FE2 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 87 S8 CYS 87 1_555 AB FE4 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 116 S8 CYS 116 1_555 AB FE2 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 122 S8 CYS 122 1_555 AB FE3 SF4 . S8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 126 S8 CYS 126 1_555 BB FE1 SF4 . S8 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 59 S6 CYS 59 1_555 CB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc33 I NE2 HIS 68 S6 HIS 68 1_555 CB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 84 S6 CYS 84 1_555 CB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 87 S6 CYS 87 1_555 CB ZN ZN . S6 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? covale ? covale1 Q OG SER 44 AA SER 44 1_555 EB P1 ZMP . AA ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? covale ? covale2 AA OG SER 44 AB SER 44 1_555 JB P1 ZMP . AB ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? # _chem_comp.formula 'C44 H88 N O8 P' _chem_comp.formula_weight 790.145 _chem_comp.id PC1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE # _atom_sites.entry_id 6QC6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 V1 1 500 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN V1 1 501 501 FMN FMN . VA 47 FES V2 1 300 300 FES FES . WA 45 SF4 S1 1 801 801 SF4 SF4 . XA 45 SF4 S1 1 802 802 SF4 SF4 . YA 47 FES S1 1 803 803 FES FES . ZA 45 SF4 S7 1 300 300 SF4 SF4 . AB 45 SF4 S8 1 201 502 SF4 SF4 . BB 45 SF4 S8 1 202 503 SF4 SF4 . CB 48 ZN S6 1 300 300 ZN ZN . DB 49 NDP A9 1 401 401 NDP NDP . EB 50 ZMP AA 1 101 101 ZMP ZMP . FB 51 3PE D1 1 501 501 3PE 3PE . GB 52 CDL D5 1 901 901 CDL CDL . HB 51 3PE D4 1 501 702 3PE 3PE . IB 53 PC1 D4 1 502 503 PC1 PC1 . JB 50 ZMP AB 1 101 101 ZMP ZMP . KB 51 3PE B8 1 201 902 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O12 PC1 . . . IB 53 368.907 308.328 339.306 1 83.48 ? O12 PC1 502 D4 1 HETATM 2 P P PC1 . . . IB 53 368.835 309.074 338.033 1 83.48 ? P PC1 502 D4 1 HETATM 3 O O14 PC1 . . . IB 53 367.523 309.549 337.541 1 83.48 ? O14 PC1 502 D4 1 HETATM 4 O O13 PC1 . . . IB 53 369.521 308.143 336.936 1 83.48 ? O13 PC1 502 D4 1 HETATM 5 C C11 PC1 . . . IB 53 368.877 307.849 335.678 1 83.48 ? C11 PC1 502 D4 1 HETATM 6 C C12 PC1 . . . IB 53 368.01 306.67 336.021 1 83.48 ? C12 PC1 502 D4 1 HETATM 7 N N PC1 . . . IB 53 366.862 306.399 335.09 1 83.48 ? N PC1 502 D4 1 HETATM 8 C C13 PC1 . . . IB 53 366.059 305.243 335.601 1 83.48 ? C13 PC1 502 D4 1 HETATM 9 C C14 PC1 . . . IB 53 365.981 307.605 335.001 1 83.48 ? C14 PC1 502 D4 1 HETATM 10 C C15 PC1 . . . IB 53 367.379 306.071 333.724 1 83.48 ? C15 PC1 502 D4 1 HETATM 11 O O11 PC1 . . . IB 53 369.832 310.312 338.157 1 83.48 ? O11 PC1 502 D4 1 HETATM 12 C C1 PC1 . . . IB 53 369.505 311.424 339.017 1 83.48 ? C1 PC1 502 D4 1 HETATM 13 C C2 PC1 . . . IB 53 370.443 311.464 340.195 1 83.48 ? C2 PC1 502 D4 1 HETATM 14 O O21 PC1 . . . IB 53 371.073 312.783 340.207 1 83.48 ? O21 PC1 502 D4 1 HETATM 15 C C21 PC1 . . . IB 53 370.448 313.77 340.862 1 83.48 ? C21 PC1 502 D4 1 HETATM 16 O O22 PC1 . . . IB 53 369.427 313.623 341.476 1 83.48 ? O22 PC1 502 D4 1 HETATM 17 C C22 PC1 . . . IB 53 371.181 315.07 340.714 1 83.48 ? C22 PC1 502 D4 1 HETATM 18 C C23 PC1 . . . IB 53 371.923 315.494 341.971 1 83.48 ? C23 PC1 502 D4 1 HETATM 19 C C3 PC1 . . . IB 53 371.541 310.441 340.092 1 83.48 ? C3 PC1 502 D4 1 HETATM 20 O O31 PC1 . . . IB 53 372.061 310.154 341.411 1 83.48 ? O31 PC1 502 D4 1 HETATM 21 C C31 PC1 . . . IB 53 371.624 309.035 341.994 1 83.48 ? C31 PC1 502 D4 1 HETATM 22 O O32 PC1 . . . IB 53 370.824 308.293 341.495 1 83.48 ? O32 PC1 502 D4 1 HETATM 23 C C32 PC1 . . . IB 53 372.268 308.82 343.331 1 83.48 ? C32 PC1 502 D4 1 HETATM 24 C C33 PC1 . . . IB 53 371.419 309.294 344.501 1 83.48 ? C33 PC1 502 D4 1 HETATM 25 C C34 PC1 . . . IB 53 371.298 310.804 344.561 1 83.48 ? C34 PC1 502 D4 1 HETATM 26 C C35 PC1 . . . IB 53 372.64 311.511 344.526 1 83.48 ? C35 PC1 502 D4 1 HETATM 27 C C36 PC1 . . . IB 53 372.571 313.019 344.679 1 83.48 ? C36 PC1 502 D4 1 HETATM 28 C C37 PC1 . . . IB 53 373.923 313.708 344.611 1 83.48 ? C37 PC1 502 D4 1 # _model_server_stats.io_time_ms 36 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 378 _model_server_stats.query_time_ms 307 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 28 #