data_6QEL # _model_server_result.job_id jSbbhuD8sZK6LVXoOQLr5w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:44:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6qel # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"IA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 6QEL # _exptl.entry_id 6QEL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 492.201 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6QEL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6QEL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 1' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 AA N N ? 5 CA N N ? 5 EA N N ? 5 GA N N ? 5 IA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 238 A THR 238 1_555 N MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 262 A GLU 262 1_555 N MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc3 M O2B ADP . A ADP 1001 1_555 N MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc4 B OG1 THR 238 B THR 238 1_555 P MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc5 B OE1 GLU 262 B GLU 262 1_555 P MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc6 B OE2 GLU 262 B GLU 262 1_555 P MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc7 O O2B ADP . B ADP 1001 1_555 P MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? metalc ? metalc8 C OG1 THR 238 C THR 238 1_555 R MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc9 C OE1 GLU 262 C GLU 262 1_555 R MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc10 C OE2 GLU 262 C GLU 262 1_555 R MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc11 Q O2B ADP . C ADP 1001 1_555 R MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc12 D OG1 THR 238 D THR 238 1_555 T MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc13 D OE1 GLU 262 D GLU 262 1_555 T MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc14 D OE2 GLU 262 D GLU 262 1_555 T MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc15 S O2B ADP . D ADP 1001 1_555 T MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc16 E OG1 THR 238 E THR 238 1_555 V MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc17 E OE1 GLU 262 E GLU 262 1_555 V MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc18 E OE2 GLU 262 E GLU 262 1_555 V MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc19 U O2B ADP . E ADP 1001 1_555 V MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? metalc ? metalc20 F OG1 THR 238 F THR 238 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc21 F OE1 GLU 262 F GLU 262 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc22 F OE2 GLU 262 F GLU 262 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc23 W O2B ADP . F ADP 1001 1_555 X MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc24 G OD1 ASN 113 G ASN 113 1_555 Z MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc25 Y O2B ADP . G ADP 301 1_555 Z MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc26 Y O3B ADP . G ADP 301 1_555 Z MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc27 H OD1 ASN 113 H ASN 113 1_555 BA MG MG . H MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? metalc ? metalc28 I OD1 ASN 113 I ASN 113 1_555 DA MG MG . I MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.876 ? metalc ? metalc29 I OD1 ASP 169 I ASP 169 1_555 DA MG MG . I MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc30 J OD1 ASN 113 J ASN 113 1_555 FA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc31 J OD1 ASP 169 J ASP 169 1_555 FA MG MG . J MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc32 K OD1 ASN 113 K ASN 113 1_555 HA MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? metalc ? metalc33 K OD1 ASP 169 K ASP 169 1_555 HA MG MG . K MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc34 L OD1 ASN 113 L ASN 113 1_555 JA MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc35 L OD1 ASP 169 L ASP 169 1_555 JA MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc36 IA O2B 08T . L 08T 301 1_555 JA MG MG . L MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? # _chem_comp.formula 'C10 H14 Be F3 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 492.201 _chem_comp.id 08T _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O3' C3' 08T sing 1 n n O2' C2' 08T sing 2 n n C3' C4' 08T sing 3 n n C3' C2' 08T sing 4 n n C4' C5' 08T sing 5 n n C4' O4' 08T sing 6 n n C2' C1' 08T sing 7 n n C5' O5' 08T sing 8 n n O4' C1' 08T sing 9 n n C1' N9 08T sing 10 n n N3 C2 08T doub 11 n y N3 C4 08T sing 12 n y O2A PA 08T doub 13 n n C2 N1 08T sing 14 n y O5' PA 08T sing 15 n n C4 N9 08T sing 16 n y C4 C5 08T doub 17 n y N9 C8 08T sing 18 n y PA O1A 08T sing 19 n n PA O3A 08T sing 20 n n N1 C6 08T doub 21 n y C5 C6 08T sing 22 n y C5 N7 08T sing 23 n y O3A PB 08T sing 24 n n C8 N7 08T doub 25 n y C6 N6 08T sing 26 n n O1B PB 08T doub 27 n n PB O3B 08T sing 28 n n PB O2B 08T sing 29 n n F1 BE 08T sing 30 n n BE F3 08T sing 31 n n O3B BE 08T sing 32 n n BE F2 08T sing 33 n n C5' H1 08T sing 34 n n C5' H2 08T sing 35 n n C4' H3 08T sing 36 n n C3' H4 08T sing 37 n n O3' H5 08T sing 38 n n C2' H6 08T sing 39 n n O2' H7 08T sing 40 n n C1' H8 08T sing 41 n n O1A H9 08T sing 42 n n C2 H10 08T sing 43 n n O2B H11 08T sing 44 n n N6 H12 08T sing 45 n n N6 H13 08T sing 46 n n C8 H14 08T sing 47 n n # _atom_sites.entry_id 6QEL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 ADP A 1 1001 1001 ADP ADP . N 4 MG A 1 1002 1002 MG MG . O 3 ADP B 1 1001 1001 ADP ADP . P 4 MG B 1 1002 1002 MG MG . Q 3 ADP C 1 1001 1001 ADP ADP . R 4 MG C 1 1002 1002 MG MG . S 3 ADP D 1 1001 1001 ADP ADP . T 4 MG D 1 1002 1002 MG MG . U 3 ADP E 1 1001 1001 ADP ADP . V 4 MG E 1 1002 1002 MG MG . W 3 ADP F 1 1001 1001 ADP ADP . X 4 MG F 1 1002 1002 MG MG . Y 3 ADP G 1 301 301 ADP ADP . Z 4 MG G 1 302 302 MG MG . AA 5 08T H 1 301 301 08T 08T . BA 4 MG H 1 302 302 MG MG . CA 5 08T I 1 301 301 08T 08T . DA 4 MG I 1 302 302 MG MG . EA 5 08T J 1 301 301 08T 08T . FA 4 MG J 1 302 302 MG MG . GA 5 08T K 1 301 301 08T 08T . HA 4 MG K 1 302 302 MG MG . IA 5 08T L 1 301 301 08T 08T . JA 4 MG L 1 302 302 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA 08T . . . IA 5 127.697 129.656 116.802 1 45.14 ? PA 08T 301 L 1 HETATM 2 P PB 08T . . . IA 5 130.134 130.023 115.387 1 45.14 ? PB 08T 301 L 1 HETATM 3 BE BE 08T . . . IA 5 131.673 132.445 115.29 1 45.14 ? BE 08T 301 L 1 HETATM 4 C C5' 08T . . . IA 5 125.517 130.611 115.765 1 45.14 ? C5' 08T 301 L 1 HETATM 5 O O5' 08T . . . IA 5 126.208 129.46 116.169 1 45.14 ? O5' 08T 301 L 1 HETATM 6 C C4' 08T . . . IA 5 124.088 130.628 116.341 1 45.14 ? C4' 08T 301 L 1 HETATM 7 O O4' 08T . . . IA 5 123.368 129.766 115.681 1 45.14 ? O4' 08T 301 L 1 HETATM 8 C C3' 08T . . . IA 5 124.076 130.163 117.799 1 45.14 ? C3' 08T 301 L 1 HETATM 9 O O3' 08T . . . IA 5 122.993 130.686 118.427 1 45.14 ? O3' 08T 301 L 1 HETATM 10 C C2' 08T . . . IA 5 123.926 128.639 117.695 1 45.14 ? C2' 08T 301 L 1 HETATM 11 O O2' 08T . . . IA 5 123.265 128.123 118.918 1 45.14 ? O2' 08T 301 L 1 HETATM 12 C C1' 08T . . . IA 5 123.168 128.49 116.62 1 45.14 ? C1' 08T 301 L 1 HETATM 13 N N1 08T . . . IA 5 121.704 123.789 115.33 1 45.14 ? N1 08T 301 L 1 HETATM 14 O O1A 08T . . . IA 5 127.694 130.662 117.903 1 45.14 ? O1A 08T 301 L 1 HETATM 15 O O1B 08T . . . IA 5 130.474 129.019 114.321 1 45.14 ? O1B 08T 301 L 1 HETATM 16 F F1 08T . . . IA 5 131.928 132.482 116.631 1 45.14 ? F1 08T 301 L 1 HETATM 17 C C2 08T . . . IA 5 121.146 124.61 116.251 1 45.14 ? C2 08T 301 L 1 HETATM 18 O O2A 08T . . . IA 5 128.304 128.383 117.366 1 45.14 ? O2A 08T 301 L 1 HETATM 19 O O2B 08T . . . IA 5 130.671 129.539 116.705 1 45.14 ? O2B 08T 301 L 1 HETATM 20 F F2 08T . . . IA 5 131.127 133.628 114.901 1 45.14 ? F2 08T 301 L 1 HETATM 21 N N3 08T . . . IA 5 121.664 125.833 116.475 1 45.14 ? N3 08T 301 L 1 HETATM 22 O O3A 08T . . . IA 5 128.533 130.203 115.52 1 45.14 ? O3A 08T 301 L 1 HETATM 23 O O3B 08T . . . IA 5 130.803 131.436 115.023 1 45.14 ? O3B 08T 301 L 1 HETATM 24 F F3 08T . . . IA 5 132.834 132.234 114.612 1 45.14 ? F3 08T 301 L 1 HETATM 25 C C4 08T . . . IA 5 122.738 126.238 115.786 1 45.14 ? C4 08T 301 L 1 HETATM 26 C C5 08T . . . IA 5 123.285 125.434 114.879 1 45.14 ? C5 08T 301 L 1 HETATM 27 C C6 08T . . . IA 5 122.763 124.208 114.66 1 45.14 ? C6 08T 301 L 1 HETATM 28 N N6 08T . . . IA 5 123.141 123.157 113.766 1 45.14 ? N6 08T 301 L 1 HETATM 29 N N7 08T . . . IA 5 124.328 126.035 114.323 1 45.14 ? N7 08T 301 L 1 HETATM 30 C C8 08T . . . IA 5 124.433 127.229 114.878 1 45.14 ? C8 08T 301 L 1 HETATM 31 N N9 08T . . . IA 5 123.464 127.35 115.793 1 45.14 ? N9 08T 301 L 1 HETATM 32 H H1 08T . . . IA 5 125.993 131.398 116.063 1 45.14 ? H1 08T 301 L 1 HETATM 33 H H2 08T . . . IA 5 125.454 130.622 114.799 1 45.14 ? H2 08T 301 L 1 HETATM 34 H H3 08T . . . IA 5 123.683 131.5 116.271 1 45.14 ? H3 08T 301 L 1 HETATM 35 H H4 08T . . . IA 5 124.898 130.411 118.242 1 45.14 ? H4 08T 301 L 1 HETATM 36 H H5 08T . . . IA 5 122.341 130.698 117.885 1 45.14 ? H5 08T 301 L 1 HETATM 37 H H6 08T . . . IA 5 124.791 128.22 117.593 1 45.14 ? H6 08T 301 L 1 HETATM 38 H H7 08T . . . IA 5 122.575 128.591 119.07 1 45.14 ? H7 08T 301 L 1 HETATM 39 H H8 08T . . . IA 5 122.238 128.452 116.888 1 45.14 ? H8 08T 301 L 1 HETATM 40 H H10 08T . . . IA 5 120.398 124.334 116.739 1 45.14 ? H10 08T 301 L 1 HETATM 41 H H12 08T . . . IA 5 122.791 122.377 113.817 1 45.14 ? H12 08T 301 L 1 HETATM 42 H H13 08T . . . IA 5 123.76 123.326 113.192 1 45.14 ? H13 08T 301 L 1 HETATM 43 H H14 08T . . . IA 5 125.086 127.862 114.672 1 45.14 ? H14 08T 301 L 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 74 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 43 #