data_6R7R
#
_model_server_result.job_id            5oxYjSkN00fOY4ZFq01K1A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 11:27:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6r7r 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6R7R 
#
_exptl.entry_id    6R7R 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    9 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            6R7R 
_cell.length_a            116.55 
_cell.length_b            116.55 
_cell.length_c            314.77 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6R7R 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 AA N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? 
metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc13 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc14 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc15 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc16 B OG SER 95 B SER 95 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? 
metalc ? metalc17 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc18 B O THR 311 B THR 311 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc19 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? 
metalc ? metalc22 B O SER 352 B SER 352 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc23 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc24 B O THR 355 B THR 355 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc25 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc26 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? 
metalc ? metalc27 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc28 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? 
metalc ? metalc29 C OG SER 95 C SER 95 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc30 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc31 C O THR 311 C THR 311 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc32 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc34 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc35 C O SER 352 C SER 352 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc36 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? 
metalc ? metalc37 C O THR 355 C THR 355 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc38 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? 
metalc ? metalc40 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6R7R 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00858 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.004954 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009907 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003177 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 NA A 1 501 501 NA NA . 
E 2 NA A 1 502 502 NA NA . 
F 2 NA A 1 503 503 NA NA . 
G 3 DAS A 1 504 504 DAS DAS . 
H 4 PEG A 1 505 505 PEG PEG . 
I 4 PEG A 1 506 506 PEG PEG . 
J 4 PEG A 1 507 507 PEG PEG . 
K 5 PG4 A 1 508 508 PG4 PG4 . 
L 6 DMU A 1 509 509 DMU DMU . 
M 7 PGE A 1 510 510 PGE PGE . 
N 2 NA B 1 501 501 NA NA . 
O 2 NA B 1 502 502 NA NA . 
P 2 NA B 1 503 503 NA NA . 
Q 3 DAS B 1 504 504 DAS DAS . 
R 4 PEG B 1 505 505 PEG PEG . 
S 4 PEG B 1 506 506 PEG PEG . 
T 4 PEG B 1 507 507 PEG PEG . 
U 4 PEG B 1 508 508 PEG PEG . 
V 8 P6G B 1 509 509 P6G P6G . 
W 8 P6G B 1 510 510 P6G P6G . 
X 7 PGE B 1 511 511 PGE PGE . 
Y 7 PGE B 1 512 512 PGE PGE . 
Z 9 1PE B 1 513 513 1PE 1PE . 
AA 2 NA C 1 501 501 NA NA . 
BA 2 NA C 1 502 502 NA NA . 
CA 2 NA C 1 503 503 NA NA . 
DA 3 DAS C 1 504 504 DAS DAS . 
EA 4 PEG C 1 505 505 PEG PEG . 
FA 4 PEG C 1 506 506 PEG PEG . 
GA 4 PEG C 1 507 507 PEG PEG . 
HA 4 PEG C 1 508 508 PEG PEG . 
IA 4 PEG C 1 509 509 PEG PEG . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         N 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               65.285 
_atom_site.Cartn_y               -19.478 
_atom_site.Cartn_z               340.572 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        169.64 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              26 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    13 
_model_server_stats.query_time_ms           300 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#