data_6R7R # _model_server_result.job_id U8DWzweZsJFe27SG5JLb9g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 11:31:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6r7r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":504}' # _entry.id 6R7R # _exptl.entry_id 6R7R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 133.103 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'D-ASPARTIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6R7R _cell.length_a 116.55 _cell.length_b 116.55 _cell.length_c 314.77 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6R7R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 Q N N ? 3 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc14 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc15 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc16 B OG SER 95 B SER 95 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc17 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc18 B O THR 311 B THR 311 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc19 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc22 B O SER 352 B SER 352 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc23 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc24 B O THR 355 B THR 355 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc25 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc27 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc28 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc29 C OG SER 95 C SER 95 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc30 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc31 C O THR 311 C THR 311 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc32 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc35 C O SER 352 C SER 352 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc36 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc37 C O THR 355 C THR 355 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc38 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? metalc ? metalc40 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? # _chem_comp.formula 'C4 H7 N O4' _chem_comp.formula_weight 133.103 _chem_comp.id DAS _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'D-ASPARTIC ACID' _chem_comp.type 'd-peptide linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA DAS sing 107 n n N H DAS sing 108 n n N H2 DAS sing 109 n n CA C DAS sing 110 n n CA CB DAS sing 111 n n CA HA DAS sing 112 n n C O DAS doub 113 n n C OXT DAS sing 114 n n CB CG DAS sing 115 n n CB HB2 DAS sing 116 n n CB HB3 DAS sing 117 n n CG OD1 DAS doub 118 n n CG OD2 DAS sing 119 n n OD2 HD2 DAS sing 120 n n OXT HXT DAS sing 121 n n # _atom_sites.entry_id 6R7R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00858 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004954 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009907 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003177 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 NA A 1 501 501 NA NA . E 2 NA A 1 502 502 NA NA . F 2 NA A 1 503 503 NA NA . G 3 DAS A 1 504 504 DAS DAS . H 4 PEG A 1 505 505 PEG PEG . I 4 PEG A 1 506 506 PEG PEG . J 4 PEG A 1 507 507 PEG PEG . K 5 PG4 A 1 508 508 PG4 PG4 . L 6 DMU A 1 509 509 DMU DMU . M 7 PGE A 1 510 510 PGE PGE . N 2 NA B 1 501 501 NA NA . O 2 NA B 1 502 502 NA NA . P 2 NA B 1 503 503 NA NA . Q 3 DAS B 1 504 504 DAS DAS . R 4 PEG B 1 505 505 PEG PEG . S 4 PEG B 1 506 506 PEG PEG . T 4 PEG B 1 507 507 PEG PEG . U 4 PEG B 1 508 508 PEG PEG . V 8 P6G B 1 509 509 P6G P6G . W 8 P6G B 1 510 510 P6G P6G . X 7 PGE B 1 511 511 PGE PGE . Y 7 PGE B 1 512 512 PGE PGE . Z 9 1PE B 1 513 513 1PE 1PE . AA 2 NA C 1 501 501 NA NA . BA 2 NA C 1 502 502 NA NA . CA 2 NA C 1 503 503 NA NA . DA 3 DAS C 1 504 504 DAS DAS . EA 4 PEG C 1 505 505 PEG PEG . FA 4 PEG C 1 506 506 PEG PEG . GA 4 PEG C 1 507 507 PEG PEG . HA 4 PEG C 1 508 508 PEG PEG . IA 4 PEG C 1 509 509 PEG PEG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N DAS . . . G 3 75.948 24.038 348.579 1 129.53 ? N DAS 504 A 1 HETATM 2 C CA DAS . . . G 3 76.383 22.732 348.079 1 123.53 ? CA DAS 504 A 1 HETATM 3 C C DAS . . . G 3 77.045 22.744 346.673 1 113.47 ? C DAS 504 A 1 HETATM 4 O O DAS . . . G 3 76.392 22.296 345.746 1 101.47 ? O DAS 504 A 1 HETATM 5 C CB DAS . . . G 3 77.253 22.037 349.127 1 114.99 ? CB DAS 504 A 1 HETATM 6 C CG DAS . . . G 3 78.009 23.017 349.971 1 113.53 ? CG DAS 504 A 1 HETATM 7 O OD1 DAS . . . G 3 79.221 22.806 350.207 1 112.01 ? OD1 DAS 504 A 1 HETATM 8 O OD2 DAS . . . G 3 77.379 24.004 350.399 1 110.02 ? OD2 DAS 504 A 1 HETATM 9 O OXT DAS . . . G 3 78.176 23.179 346.38 1 102.99 ? OXT DAS 504 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 302 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 9 #