data_6R7R # _model_server_result.job_id gl0JtQwwYots72gnQtOjMw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 11:48:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6r7r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":509}' # _entry.id 6R7R # _exptl.entry_id 6R7R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 282.331 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'HEXAETHYLENE GLYCOL' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6R7R _cell.length_a 116.55 _cell.length_b 116.55 _cell.length_c 314.77 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6R7R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 V N N ? 8 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc14 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc15 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc16 B OG SER 95 B SER 95 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc17 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc18 B O THR 311 B THR 311 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc19 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc22 B O SER 352 B SER 352 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc23 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc24 B O THR 355 B THR 355 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc25 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc27 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc28 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc29 C OG SER 95 C SER 95 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc30 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc31 C O THR 311 C THR 311 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc32 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc35 C O SER 352 C SER 352 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc36 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc37 C O THR 355 C THR 355 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc38 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? metalc ? metalc40 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? # _chem_comp.formula 'C12 H26 O7' _chem_comp.formula_weight 282.331 _chem_comp.id P6G _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'HEXAETHYLENE GLYCOL' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'POLYETHYLENE GLYCOL PEG400' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O1 C2 P6G sing 350 n n O1 H1 P6G sing 351 n n C2 C3 P6G sing 352 n n C2 H21 P6G sing 353 n n C2 H22 P6G sing 354 n n C3 O4 P6G sing 355 n n C3 H31 P6G sing 356 n n C3 H32 P6G sing 357 n n O4 C5 P6G sing 358 n n C5 C6 P6G sing 359 n n C5 H51 P6G sing 360 n n C5 H52 P6G sing 361 n n C6 O7 P6G sing 362 n n C6 H61 P6G sing 363 n n C6 H62 P6G sing 364 n n O7 C8 P6G sing 365 n n C8 C9 P6G sing 366 n n C8 H81 P6G sing 367 n n C8 H82 P6G sing 368 n n C9 O10 P6G sing 369 n n C9 H91 P6G sing 370 n n C9 H92 P6G sing 371 n n O10 C11 P6G sing 372 n n C11 C12 P6G sing 373 n n C11 H111 P6G sing 374 n n C11 H112 P6G sing 375 n n C12 O13 P6G sing 376 n n C12 H121 P6G sing 377 n n C12 H122 P6G sing 378 n n O13 C14 P6G sing 379 n n C14 C15 P6G sing 380 n n C14 H141 P6G sing 381 n n C14 H142 P6G sing 382 n n C15 O16 P6G sing 383 n n C15 H151 P6G sing 384 n n C15 H152 P6G sing 385 n n O16 C17 P6G sing 386 n n C17 C18 P6G sing 387 n n C17 H171 P6G sing 388 n n C17 H172 P6G sing 389 n n C18 O19 P6G sing 390 n n C18 H181 P6G sing 391 n n C18 H182 P6G sing 392 n n O19 H19 P6G sing 393 n n # _atom_sites.entry_id 6R7R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00858 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004954 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009907 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003177 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 NA A 1 501 501 NA NA . E 2 NA A 1 502 502 NA NA . F 2 NA A 1 503 503 NA NA . G 3 DAS A 1 504 504 DAS DAS . H 4 PEG A 1 505 505 PEG PEG . I 4 PEG A 1 506 506 PEG PEG . J 4 PEG A 1 507 507 PEG PEG . K 5 PG4 A 1 508 508 PG4 PG4 . L 6 DMU A 1 509 509 DMU DMU . M 7 PGE A 1 510 510 PGE PGE . N 2 NA B 1 501 501 NA NA . O 2 NA B 1 502 502 NA NA . P 2 NA B 1 503 503 NA NA . Q 3 DAS B 1 504 504 DAS DAS . R 4 PEG B 1 505 505 PEG PEG . S 4 PEG B 1 506 506 PEG PEG . T 4 PEG B 1 507 507 PEG PEG . U 4 PEG B 1 508 508 PEG PEG . V 8 P6G B 1 509 509 P6G P6G . W 8 P6G B 1 510 510 P6G P6G . X 7 PGE B 1 511 511 PGE PGE . Y 7 PGE B 1 512 512 PGE PGE . Z 9 1PE B 1 513 513 1PE 1PE . AA 2 NA C 1 501 501 NA NA . BA 2 NA C 1 502 502 NA NA . CA 2 NA C 1 503 503 NA NA . DA 3 DAS C 1 504 504 DAS DAS . EA 4 PEG C 1 505 505 PEG PEG . FA 4 PEG C 1 506 506 PEG PEG . GA 4 PEG C 1 507 507 PEG PEG . HA 4 PEG C 1 508 508 PEG PEG . IA 4 PEG C 1 509 509 PEG PEG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O1 P6G . . . V 8 63.645 -34.593 316.948 1 168.37 ? O1 P6G 509 B 1 HETATM 2 C C2 P6G . . . V 8 65.029 -34.712 317.152 1 176.05 ? C2 P6G 509 B 1 HETATM 3 C C3 P6G . . . V 8 65.635 -35.785 316.242 1 180.64 ? C3 P6G 509 B 1 HETATM 4 O O4 P6G . . . V 8 65.427 -35.468 314.891 1 182.77 ? O4 P6G 509 B 1 HETATM 5 C C5 P6G . . . V 8 66.422 -35.951 314.034 1 183.73 ? C5 P6G 509 B 1 HETATM 6 C C6 P6G . . . V 8 67.488 -34.874 313.864 1 185.21 ? C6 P6G 509 B 1 HETATM 7 O O7 P6G . . . V 8 67.449 -34.391 312.55 1 187.15 ? O7 P6G 509 B 1 HETATM 8 C C8 P6G . . . V 8 68.7 -34.034 312.022 1 189.93 ? C8 P6G 509 B 1 HETATM 9 C C9 P6G . . . V 8 69.739 -35.124 312.309 1 192.29 ? C9 P6G 509 B 1 HETATM 10 O O10 P6G . . . V 8 70.951 -34.834 311.665 1 191.27 ? O10 P6G 509 B 1 HETATM 11 C C11 P6G . . . V 8 71.912 -34.212 312.478 1 187.37 ? C11 P6G 509 B 1 HETATM 12 C C12 P6G . . . V 8 72.884 -33.398 311.617 1 180.8 ? C12 P6G 509 B 1 HETATM 13 O O13 P6G . . . V 8 73.607 -32.488 312.402 1 173.77 ? O13 P6G 509 B 1 HETATM 14 C C14 P6G . . . V 8 74.63 -33.079 313.155 1 171.35 ? C14 P6G 509 B 1 HETATM 15 C C15 P6G . . . V 8 75.814 -32.121 313.308 1 168.99 ? C15 P6G 509 B 1 HETATM 16 O O16 P6G . . . V 8 76.996 -32.817 313.016 1 166.91 ? O16 P6G 509 B 1 HETATM 17 C C17 P6G . . . V 8 78.061 -32.65 313.917 1 166.89 ? C17 P6G 509 B 1 HETATM 18 C C18 P6G . . . V 8 77.62 -32.844 315.375 1 164.63 ? C18 P6G 509 B 1 HETATM 19 O O19 P6G . . . V 8 78.187 -34.008 315.933 1 152.75 ? O19 P6G 509 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 19 #