data_6R7R # _model_server_result.job_id FV-94pUUmghsrlS525TgUw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 11:36:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6r7r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":513}' # _entry.id 6R7R # _exptl.entry_id 6R7R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 238.278 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6R7R _cell.length_a 116.55 _cell.length_b 116.55 _cell.length_c 314.77 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6R7R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 154 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 9 _struct_asym.id Z _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TYR 91 A TYR 91 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 94 A THR 94 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc3 A OG SER 95 A SER 95 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? metalc ? metalc4 A O GLY 309 A GLY 309 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc5 A O THR 311 A THR 311 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc6 A O ASN 313 A ASN 313 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 313 A ASN 313 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 315 A ASP 315 1_555 F NA NA . A NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc9 A O SER 352 A SER 352 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc10 A O ILE 353 A ILE 353 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc11 A O THR 355 A THR 355 1_555 E NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc12 A O ASN 405 A ASN 405 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 409 A ASP 409 1_555 D NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc14 B O TYR 91 B TYR 91 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? metalc ? metalc15 B OG1 THR 94 B THR 94 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc16 B OG SER 95 B SER 95 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc17 B O GLY 309 B GLY 309 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc18 B O THR 311 B THR 311 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc19 B O ASN 313 B ASN 313 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 313 B ASN 313 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 315 B ASP 315 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc22 B O SER 352 B SER 352 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc23 B O ILE 353 B ILE 353 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc24 B O THR 355 B THR 355 1_555 N NA NA . B NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc25 B O ASN 405 B ASN 405 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 409 B ASP 409 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc27 C O TYR 91 C TYR 91 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc28 C OG1 THR 94 C THR 94 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc29 C OG SER 95 C SER 95 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc30 C O GLY 309 C GLY 309 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc31 C O THR 311 C THR 311 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc32 C O ASN 313 C ASN 313 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASN 313 C ASN 313 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 315 C ASP 315 1_555 CA NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc35 C O SER 352 C SER 352 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc36 C O ILE 353 C ILE 353 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc37 C O THR 355 C THR 355 1_555 BA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc38 C O ASN 405 C ASN 405 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? metalc ? metalc40 C OD2 ASP 409 C ASP 409 1_555 AA NA NA . C NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? # _chem_comp.formula 'C10 H22 O6' _chem_comp.formula_weight 238.278 _chem_comp.id 1PE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PENTAETHYLENE GLYCOL' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms PEG400 # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag OH2 C12 1PE sing 1 n n OH2 HO2 1PE sing 2 n n C12 C22 1PE sing 3 n n C12 H121 1PE sing 4 n n C12 H122 1PE sing 5 n n C22 OH3 1PE sing 6 n n C22 H221 1PE sing 7 n n C22 H222 1PE sing 8 n n OH3 C23 1PE sing 9 n n C13 C23 1PE sing 10 n n C13 OH4 1PE sing 11 n n C13 H131 1PE sing 12 n n C13 H132 1PE sing 13 n n C23 H231 1PE sing 14 n n C23 H232 1PE sing 15 n n OH4 C24 1PE sing 16 n n C14 C24 1PE sing 17 n n C14 OH5 1PE sing 18 n n C14 H141 1PE sing 19 n n C14 H142 1PE sing 20 n n C24 H241 1PE sing 21 n n C24 H242 1PE sing 22 n n OH5 C25 1PE sing 23 n n C15 C25 1PE sing 24 n n C15 OH6 1PE sing 25 n n C15 H151 1PE sing 26 n n C15 H152 1PE sing 27 n n C25 H251 1PE sing 28 n n C25 H252 1PE sing 29 n n OH6 C26 1PE sing 30 n n C16 C26 1PE sing 31 n n C16 OH7 1PE sing 32 n n C16 H161 1PE sing 33 n n C16 H162 1PE sing 34 n n C26 H261 1PE sing 35 n n C26 H262 1PE sing 36 n n OH7 HO7 1PE sing 37 n n # _atom_sites.entry_id 6R7R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00858 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004954 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009907 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003177 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 NA A 1 501 501 NA NA . E 2 NA A 1 502 502 NA NA . F 2 NA A 1 503 503 NA NA . G 3 DAS A 1 504 504 DAS DAS . H 4 PEG A 1 505 505 PEG PEG . I 4 PEG A 1 506 506 PEG PEG . J 4 PEG A 1 507 507 PEG PEG . K 5 PG4 A 1 508 508 PG4 PG4 . L 6 DMU A 1 509 509 DMU DMU . M 7 PGE A 1 510 510 PGE PGE . N 2 NA B 1 501 501 NA NA . O 2 NA B 1 502 502 NA NA . P 2 NA B 1 503 503 NA NA . Q 3 DAS B 1 504 504 DAS DAS . R 4 PEG B 1 505 505 PEG PEG . S 4 PEG B 1 506 506 PEG PEG . T 4 PEG B 1 507 507 PEG PEG . U 4 PEG B 1 508 508 PEG PEG . V 8 P6G B 1 509 509 P6G P6G . W 8 P6G B 1 510 510 P6G P6G . X 7 PGE B 1 511 511 PGE PGE . Y 7 PGE B 1 512 512 PGE PGE . Z 9 1PE B 1 513 513 1PE 1PE . AA 2 NA C 1 501 501 NA NA . BA 2 NA C 1 502 502 NA NA . CA 2 NA C 1 503 503 NA NA . DA 3 DAS C 1 504 504 DAS DAS . EA 4 PEG C 1 505 505 PEG PEG . FA 4 PEG C 1 506 506 PEG PEG . GA 4 PEG C 1 507 507 PEG PEG . HA 4 PEG C 1 508 508 PEG PEG . IA 4 PEG C 1 509 509 PEG PEG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O OH2 1PE . . . Z 9 74.973 -17.142 350.85 1 106.98 ? OH2 1PE 513 B 1 HETATM 2 C C12 1PE . . . Z 9 76.383 -17.16 350.876 1 122.45 ? C12 1PE 513 B 1 HETATM 3 C C22 1PE . . . Z 9 76.982 -16.459 349.647 1 136.3 ? C22 1PE 513 B 1 HETATM 4 O OH3 1PE . . . Z 9 77.727 -15.317 349.994 1 142.12 ? OH3 1PE 513 B 1 HETATM 5 C C13 1PE . . . Z 9 78.475 -13.661 348.428 1 147.01 ? C13 1PE 513 B 1 HETATM 6 C C23 1PE . . . Z 9 77.363 -14.105 349.378 1 139.82 ? C23 1PE 513 B 1 HETATM 7 O OH4 1PE . . . Z 9 79.663 -13.378 349.124 1 154.81 ? OH4 1PE 513 B 1 HETATM 8 C C14 1PE . . . Z 9 82.062 -13.674 349.431 1 155.8 ? C14 1PE 513 B 1 HETATM 9 C C24 1PE . . . Z 9 80.816 -13.991 348.593 1 155.94 ? C24 1PE 513 B 1 HETATM 10 O OH5 1PE . . . Z 9 82.704 -14.854 349.844 1 153.07 ? OH5 1PE 513 B 1 HETATM 11 C C15 1PE . . . Z 9 83.468 -15.099 352.134 1 158.79 ? C15 1PE 513 B 1 HETATM 12 C C25 1PE . . . Z 9 82.33 -15.298 351.123 1 153.81 ? C25 1PE 513 B 1 HETATM 13 O OH6 1PE . . . Z 9 83.41 -16.055 353.17 1 161.22 ? OH6 1PE 513 B 1 HETATM 14 C C16 1PE . . . Z 9 81.931 -17.403 354.53 1 153.4 ? C16 1PE 513 B 1 HETATM 15 C C26 1PE . . . Z 9 82.267 -16.002 353.995 1 156.58 ? C26 1PE 513 B 1 HETATM 16 O OH7 1PE . . . Z 9 81.021 -17.382 355.609 1 151.88 ? OH7 1PE 513 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 14 _model_server_stats.element_count 16 #