data_6R7Y # _model_server_result.job_id HiVMkVKJaFC_gseu-8PNsg _model_server_result.datetime_utc '2025-01-16 03:12:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6r7y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":702}' # _entry.id 6R7Y # _exptl.entry_id 6R7Y _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6R7Y _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6R7Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 259 A GLU 259 1_555 E CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 444 A ASN 444 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLN 445 A GLN 445 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 448 A GLU 448 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 448 A GLU 448 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.025 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 448 A GLU 448 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 497 A ASP 497 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 500 A GLU 500 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 500 A GLU 500 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 500 A GLU 500 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 529 A GLU 529 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 529 A GLU 529 1_555 C CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 529 A GLU 529 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 533 A ASP 533 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 533 A ASP 533 1_555 D CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc16 A O ALA 610 A ALA 610 1_555 E CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc17 A O ILE 613 A ILE 613 1_555 E CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 615 A ASP 615 1_555 E CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 259 B GLU 259 1_555 H CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASN 444 B ASN 444 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLN 445 B GLN 445 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc22 B OE1 GLU 448 B GLU 448 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc23 B OE1 GLU 448 B GLU 448 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.026 ? metalc ? metalc24 B OE2 GLU 448 B GLU 448 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 497 B ASP 497 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc26 B OE1 GLU 500 B GLU 500 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc27 B OE2 GLU 500 B GLU 500 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc28 B OE1 GLU 500 B GLU 500 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.83 ? metalc ? metalc29 B OE1 GLU 529 B GLU 529 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc30 B OE2 GLU 529 B GLU 529 1_555 F CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 529 B GLU 529 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 533 B ASP 533 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc33 B OD2 ASP 533 B ASP 533 1_555 G CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc34 B O ALA 610 B ALA 610 1_555 H CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc35 B O ILE 613 B ILE 613 1_555 H CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc36 B OD1 ASP 615 B ASP 615 1_555 H CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6R7Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 701 701 CA CA . D 2 CA A 1 702 702 CA CA . E 2 CA A 1 703 703 CA CA . F 2 CA B 1 701 701 CA CA . G 2 CA B 1 702 702 CA CA . H 2 CA B 1 703 703 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 94.872 _atom_site.Cartn_y 122.516 _atom_site.Cartn_z 88.634 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 30.02 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 702 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 325 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #