data_6RFQ # _model_server_result.job_id Mlvd55nZqWBS2tEBLdLxVA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:41:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6rfq # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DB","auth_seq_id":301}' # _entry.id 6RFQ # _exptl.entry_id 6RFQ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 42 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6RFQ _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6RFQ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 41-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 41 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 42 PA N N ? 42 QA N N ? 42 SA N N ? 42 WA N N ? 42 XA N N ? 42 DB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 R SG CYS 46 U CYS 46 1_555 R SG CYS 78 U CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf2 R SG CYS 56 U CYS 56 1_555 R SG CYS 68 U CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? disulf ? disulf3 R SG CYS 90 U CYS 90 1_555 R SG CYS 121 U CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? disulf ? disulf4 R SG CYS 100 U CYS 100 1_555 R SG CYS 111 U CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? disulf ? disulf5 Z SG CYS 51 d CYS 51 1_555 Z SG CYS 63 d CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? disulf ? disulf6 NA SG CYS 26 8 CYS 26 1_555 NA SG CYS 57 8 CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? disulf ? disulf7 NA SG CYS 36 8 CYS 36 1_555 NA SG CYS 47 8 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 15 9 CYS 15 1_555 OA SG CYS 47 9 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? disulf ? disulf9 OA SG CYS 25 9 CYS 25 1_555 OA SG CYS 37 9 CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? covale ? covale1 M OG SER 66 O SER 66 1_555 EB P1 ZMP . O ZMP 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? covale ? covale2 O OG SER 89 Q SER 89 1_555 FB P1 ZMP . Q ZMP 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 69 A CYS 69 1_555 RA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 80 A CYS 80 1_555 RA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 83 A CYS 83 1_555 RA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 97 A CYS 97 1_555 RA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 129 A HIS 129 1_555 PA FE3 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 PA FE2 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 PA FE4 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 PA FE1 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 183 A CYS 183 1_555 QA FE2 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 186 A CYS 186 1_555 QA FE1 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 189 A CYS 189 1_555 QA FE3 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 233 A CYS 233 1_555 QA FE4 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 SA FE3 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 384 B CYS 384 1_555 SA FE1 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 387 B CYS 387 1_555 SA FE2 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 427 B CYS 427 1_555 SA FE4 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc17 H SG CYS 127 H CYS 127 1_555 VA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc18 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 VA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc19 H SG CYS 168 H CYS 168 1_555 VA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc20 H SG CYS 172 H CYS 172 1_555 VA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc21 I SG CYS 130 I CYS 130 1_555 XA FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc22 I SG CYS 133 I CYS 133 1_555 XA FE4 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc23 I SG CYS 136 I CYS 136 1_555 XA FE2 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc24 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 WA FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 169 I CYS 169 1_555 WA FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 172 I CYS 172 1_555 WA FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 175 I CYS 175 1_555 WA FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 179 I CYS 179 1_555 XA FE1 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc29 K SG CYS 85 K CYS 85 1_555 DB FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc30 K SG CYS 86 K CYS 86 1_555 DB FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc31 K SG CYS 150 K CYS 150 1_555 DB FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc32 K O CYS 180 K CYS 180 1_555 DB FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc33 K SG CYS 180 K CYS 180 1_555 DB FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 1212 n n FE1 S3 SF4 sing 1213 n n FE1 S4 SF4 sing 1214 n n FE2 S1 SF4 sing 1215 n n FE2 S3 SF4 sing 1216 n n FE2 S4 SF4 sing 1217 n n FE3 S1 SF4 sing 1218 n n FE3 S2 SF4 sing 1219 n n FE3 S4 SF4 sing 1220 n n FE4 S1 SF4 sing 1221 n n FE4 S2 SF4 sing 1222 n n FE4 S3 SF4 sing 1223 n n # _atom_sites.entry_id 6RFQ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code PA 42 SF4 A 1 801 801 SF4 SF4 . QA 42 SF4 A 1 802 802 SF4 SF4 . RA 43 FES A 1 803 803 FES FES . SA 42 SF4 B 1 501 501 SF4 SF4 . TA 44 FMN B 1 502 502 FMN FMN . UA 45 NDP E 1 401 401 NDP NDP . VA 43 FES H 1 301 301 FES FES . WA 42 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . XA 42 SF4 I 1 302 302 SF4 SF4 . YA 46 3PE I 1 303 303 3PE 3PE . ZA 46 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . AB 47 LMN J 1 202 202 LMN LMN . BB 46 3PE J 1 203 203 3PE 3PE . CB 48 CDL J 1 204 204 CDL CDL . DB 42 SF4 K 1 301 301 SF4 SF4 . EB 49 ZMP O 1 201 201 ZMP ZMP . FB 49 ZMP Q 1 201 201 ZMP ZMP . GB 50 PLC W 1 401 401 PLC PLC . HB 50 PLC W 1 402 402 PLC PLC . IB 48 CDL X 1 201 201 CDL CDL . JB 48 CDL g 1 201 201 CDL CDL . KB 46 3PE g 1 202 202 3PE 3PE . LB 47 LMN j 1 101 101 LMN LMN . MB 50 PLC n 1 1101 1101 PLC PLC . NB 51 T7X 2 1 501 501 T7X T7X . OB 52 CPL 2 1 502 502 CPL CPL . PB 51 T7X 2 1 503 503 T7X T7X . QB 46 3PE 4 1 501 501 3PE 3PE . RB 48 CDL 4 1 502 502 CDL CDL . SB 46 3PE 4 1 503 503 3PE 3PE . TB 51 T7X 4 1 504 504 T7X T7X . UB 46 3PE 4 1 505 505 3PE 3PE . VB 46 3PE 5 1 901 901 3PE 3PE . WB 50 PLC 5 1 902 902 PLC PLC . XB 46 3PE 5 1 903 903 3PE 3PE . YB 46 3PE 6 1 301 301 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . DB 42 219.268 288.615 270.064 1 29.04 ? FE1 SF4 301 K 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . DB 42 217.651 289.562 268.07 1 29.04 ? FE2 SF4 301 K 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . DB 42 216.896 287.421 269.596 1 29.04 ? FE3 SF4 301 K 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . DB 42 217.039 290.05 270.472 1 29.04 ? FE4 SF4 301 K 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . DB 42 215.602 289.193 268.935 1 29.04 ? S1 SF4 301 K 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . DB 42 217.711 288.172 271.586 1 29.04 ? S2 SF4 301 K 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . DB 42 218.9 290.793 269.538 1 29.04 ? S3 SF4 301 K 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . DB 42 218.594 287.505 268.192 1 29.04 ? S4 SF4 301 K 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 90 _model_server_stats.query_time_ms 299 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 8 #