data_6RFS # _model_server_result.job_id lu6MQwCYu8hpWPt4JiPGxQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:42:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6rfs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6RFS # _exptl.entry_id 6RFS _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 456.344 _entity.id 44 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6RFS _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6RFS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 41-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 41 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 44 _struct_asym.id TA _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 H SG CYS 168 H CYS 168 1_555 H SG CYS 172 H CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? disulf ? disulf2 M SG CYS 97 M CYS 97 1_555 M SG CYS 128 M CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? disulf ? disulf3 S SG CYS 46 U CYS 46 1_555 S SG CYS 78 U CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 S SG CYS 56 U CYS 56 1_555 S SG CYS 68 U CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? disulf ? disulf5 S SG CYS 90 U CYS 90 1_555 S SG CYS 121 U CYS 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? disulf ? disulf6 S SG CYS 100 U CYS 100 1_555 S SG CYS 111 U CYS 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf7 Z SG CYS 51 d CYS 51 1_555 Z SG CYS 63 d CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf8 NA SG CYS 26 8 CYS 26 1_555 NA SG CYS 57 8 CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf9 NA SG CYS 36 8 CYS 36 1_555 NA SG CYS 47 8 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf10 OA SG CYS 15 9 CYS 15 1_555 OA SG CYS 47 9 CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? disulf ? disulf11 OA SG CYS 25 9 CYS 25 1_555 OA SG CYS 37 9 CYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 69 A CYS 69 1_555 RA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc2 A N CYS 80 A CYS 80 1_555 RA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 80 A CYS 80 1_555 RA FE1 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 83 A CYS 83 1_555 RA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 97 A CYS 97 1_555 RA FE2 FES . A FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 A NE2 HIS 129 A HIS 129 1_555 PA FE3 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 133 A CYS 133 1_555 PA FE2 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 136 A CYS 136 1_555 PA FE4 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 PA FE1 SF4 . A SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 183 A CYS 183 1_555 QA FE2 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 186 A CYS 186 1_555 QA FE1 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 189 A CYS 189 1_555 QA FE3 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 233 A CYS 233 1_555 QA FE4 SF4 . A SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc14 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 SA FE3 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc15 B SG CYS 384 B CYS 384 1_555 SA FE1 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 387 B CYS 387 1_555 SA FE2 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 427 B CYS 427 1_555 SA FE4 SF4 . B SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc18 H SG CYS 127 H CYS 127 1_555 VA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc19 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 VA FE1 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc20 H SG CYS 168 H CYS 168 1_555 VA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc21 H SG CYS 172 H CYS 172 1_555 VA FE2 FES . H FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc22 I SG CYS 130 I CYS 130 1_555 XA FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc23 I SG CYS 133 I CYS 133 1_555 XA FE4 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc24 I SG CYS 136 I CYS 136 1_555 XA FE2 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 140 I CYS 140 1_555 WA FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 169 I CYS 169 1_555 WA FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 172 I CYS 172 1_555 WA FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 175 I CYS 175 1_555 WA FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 179 I CYS 179 1_555 XA FE1 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc30 K SG CYS 85 K CYS 85 1_555 YA FE3 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc31 K SG CYS 86 K CYS 86 1_555 YA FE2 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc32 K SG CYS 150 K CYS 150 1_555 YA FE1 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc33 K O CYS 180 K CYS 180 1_555 YA FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc34 K SG CYS 180 K CYS 180 1_555 YA FE4 SF4 . K SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc35 M SG CYS 97 M CYS 97 1_555 ZA ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc36 M NE2 HIS 110 M HIS 110 1_555 ZA ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc37 M SG CYS 125 M CYS 125 1_555 ZA ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc38 M SG CYS 128 M CYS 128 1_555 ZA ZN ZN . M ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? covale ? covale1 N OG SER 66 O SER 66 1_555 AB P1 ZMP . O ZMP 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? # _chem_comp.formula 'C17 H21 N4 O9 P' _chem_comp.formula_weight 456.344 _chem_comp.id FMN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' # _atom_sites.entry_id 6RFS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code PA 42 SF4 A 1 801 801 SF4 SF4 . QA 42 SF4 A 1 802 802 SF4 SF4 . RA 43 FES A 1 803 803 FES FES . SA 42 SF4 B 1 501 501 SF4 SF4 . TA 44 FMN B 1 502 502 FMN FMN . UA 45 NDP E 1 401 401 NDP NDP . VA 43 FES H 1 301 301 FES FES . WA 42 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . XA 42 SF4 I 1 302 302 SF4 SF4 . YA 42 SF4 K 1 301 301 SF4 SF4 . ZA 46 ZN M 1 201 201 ZN ZN . AB 47 ZMP O 1 201 201 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 FMN . . . TA 44 185.518 295.313 339.433 1 172.93 ? N1 FMN 502 B 1 HETATM 2 C C2 FMN . . . TA 44 184.927 296.372 340.28 1 172.93 ? C2 FMN 502 B 1 HETATM 3 O O2 FMN . . . TA 44 184.459 296.084 341.332 1 172.93 ? O2 FMN 502 B 1 HETATM 4 N N3 FMN . . . TA 44 184.919 297.785 339.808 1 172.93 ? N3 FMN 502 B 1 HETATM 5 C C4 FMN . . . TA 44 185.5 298.11 338.514 1 172.93 ? C4 FMN 502 B 1 HETATM 6 O O4 FMN . . . TA 44 185.507 299.223 338.115 1 172.93 ? O4 FMN 502 B 1 HETATM 7 C C4A FMN . . . TA 44 186.107 297.011 337.672 1 172.93 ? C4A FMN 502 B 1 HETATM 8 N N5 FMN . . . TA 44 186.681 297.355 336.384 1 172.93 ? N5 FMN 502 B 1 HETATM 9 C C5A FMN . . . TA 44 187.285 296.283 335.538 1 172.93 ? C5A FMN 502 B 1 HETATM 10 C C6 FMN . . . TA 44 187.84 296.614 334.295 1 172.93 ? C6 FMN 502 B 1 HETATM 11 C C7 FMN . . . TA 44 188.401 295.601 333.513 1 172.93 ? C7 FMN 502 B 1 HETATM 12 C C7M FMN . . . TA 44 188.961 296.164 332.181 1 172.93 ? C7M FMN 502 B 1 HETATM 13 C C8 FMN . . . TA 44 188.408 294.271 333.964 1 172.93 ? C8 FMN 502 B 1 HETATM 14 C C8M FMN . . . TA 44 189.011 293.111 333.139 1 172.93 ? C8M FMN 502 B 1 HETATM 15 C C9 FMN . . . TA 44 187.851 293.943 335.201 1 172.93 ? C9 FMN 502 B 1 HETATM 16 C C9A FMN . . . TA 44 187.292 294.957 335.988 1 172.93 ? C9A FMN 502 B 1 HETATM 17 N N10 FMN . . . TA 44 186.694 294.611 337.303 1 172.93 ? N10 FMN 502 B 1 HETATM 18 C C10 FMN . . . TA 44 186.109 295.647 338.135 1 172.93 ? C10 FMN 502 B 1 HETATM 19 C C1' FMN . . . TA 44 186.719 293.218 337.749 1 172.93 ? C1' FMN 502 B 1 HETATM 20 C C2' FMN . . . TA 44 187.873 293.093 338.746 1 172.93 ? C2' FMN 502 B 1 HETATM 21 O O2' FMN . . . TA 44 188.935 292.428 338.148 1 172.93 ? O2' FMN 502 B 1 HETATM 22 C C3' FMN . . . TA 44 187.301 292.352 339.942 1 172.93 ? C3' FMN 502 B 1 HETATM 23 O O3' FMN . . . TA 44 187.452 293.152 341.07 1 172.93 ? O3' FMN 502 B 1 HETATM 24 C C4' FMN . . . TA 44 188.012 291.015 340.14 1 172.93 ? C4' FMN 502 B 1 HETATM 25 O O4' FMN . . . TA 44 188.204 290.412 338.898 1 172.93 ? O4' FMN 502 B 1 HETATM 26 C C5' FMN . . . TA 44 187.121 290.12 340.994 1 172.93 ? C5' FMN 502 B 1 HETATM 27 O O5' FMN . . . TA 44 186.929 290.737 342.247 1 172.93 ? O5' FMN 502 B 1 HETATM 28 P P FMN . . . TA 44 185.684 290.185 343.198 1 172.93 ? P FMN 502 B 1 HETATM 29 O O1P FMN . . . TA 44 184.414 290.092 342.394 1 172.93 ? O1P FMN 502 B 1 HETATM 30 O O2P FMN . . . TA 44 186.048 288.832 343.749 1 172.93 ? O2P FMN 502 B 1 HETATM 31 O O3P FMN . . . TA 44 185.497 291.166 344.324 1 172.93 ? O3P FMN 502 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 391 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 31 #